翻譯后修飾蛋白組學(xué)分析：蛋白質(zhì)組學(xué)的研究的工作不只聚焦于細(xì)胞不同生長(zhǎng)時(shí)期或是疾病條件下的蛋白質(zhì)表達(dá)水平變化，許多至關(guān)重要的生命進(jìn)程不只由蛋白質(zhì)相對(duì)豐度控制，更重要的是被時(shí)空特異分布的、可逆的翻譯后修飾所調(diào)控，因而揭示翻譯后修飾發(fā)生規(guī)律是解析蛋白質(zhì)復(fù)雜多樣的生物...

蛋白質(zhì)磷酸化修飾組學(xué)技術(shù)優(yōu)點(diǎn)：1、全方面性：磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)以整個(gè)細(xì)胞蛋白為研究對(duì)象，研究?jī)?nèi)容包括了細(xì)胞內(nèi)具有生命功能的蛋白，如細(xì)胞增生、細(xì)胞分裂和細(xì)胞分化等相關(guān)蛋白，因而研究更為全方面。2、可靠性：傳統(tǒng)的生物學(xué)研究蛋白質(zhì)磷酸化往往針對(duì)特定條件，以兩個(gè)蛋白或更...

定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析（QuantitativeProteomics）是對(duì)一個(gè)基因組表達(dá)的全部蛋白質(zhì)或一個(gè)復(fù)雜混合體系內(nèi)所有蛋白質(zhì)進(jìn)行精確鑒定和定量?？捎糜诤Y選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達(dá)蛋白，結(jié)合生物信息學(xué)揭示細(xì)胞生理病理等功能，同時(shí)也可對(duì)某些關(guān)鍵蛋白...

蛋白質(zhì)糖基化修飾組學(xué)技術(shù)：糖基化是在酶的控制下,蛋白質(zhì)或脂質(zhì)附加上糖類的過(guò)程,發(fā)生于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和高爾基體等部位。在糖基轉(zhuǎn)移酶作用下將糖轉(zhuǎn)移至蛋白質(zhì),和蛋白質(zhì)上的氨基酸殘基共價(jià)結(jié)合。蛋白質(zhì)經(jīng)過(guò)糖基化作用,形成糖蛋白。糖基化是對(duì)蛋白的重要的修飾作用,有調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)功能作...

蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)學(xué)的研究應(yīng)用：蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)是研究細(xì)胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學(xué)，包括對(duì)蛋白質(zhì)表達(dá)模式和蛋白質(zhì)組功能模式的研究。蛋白質(zhì)組學(xué)的發(fā)展對(duì)尋找疾病的診斷標(biāo)志、篩選藥物靶點(diǎn)、毒理學(xué)研究等有重要意義，也因...

蛋白質(zhì)糖基化修飾組學(xué)技術(shù)：糖基化是在酶的控制下,蛋白質(zhì)或脂質(zhì)附加上糖類的過(guò)程,發(fā)生于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和高爾基體等部位。在糖基轉(zhuǎn)移酶作用下將糖轉(zhuǎn)移至蛋白質(zhì),和蛋白質(zhì)上的氨基酸殘基共價(jià)結(jié)合。蛋白質(zhì)經(jīng)過(guò)糖基化作用,形成糖蛋白。糖基化是對(duì)蛋白的重要的修飾作用,有調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)功能作...

定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析：特點(diǎn)：（1）不同樣本標(biāo)記之后混樣，統(tǒng)一處理上機(jī)，減少了分別上機(jī)造成的實(shí)驗(yàn)誤差，并利用同位素標(biāo)簽的豐度來(lái)檢測(cè)，定量更準(zhǔn)確，重復(fù)性更好；（2）由于需要標(biāo)記試劑標(biāo)記，因此成本相對(duì)較高；（3）通量高，在一次實(shí)驗(yàn)中比較多可同時(shí)比較8個(gè)樣品；（4）利用...

PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析流程是怎樣的？要做PRM首先要明確目標(biāo)蛋白（或多肽）是什么，設(shè)計(jì)和建立針對(duì)這些目標(biāo)蛋白PRM質(zhì)譜采集方法，然后對(duì)待測(cè)樣品進(jìn)行PRM數(shù)據(jù)采集，將得到的原始譜圖數(shù)據(jù)導(dǎo)入分析軟件提取子離子信息進(jìn)行定量。另外，如果配制已知濃度的標(biāo)準(zhǔn)肽段，用...

PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析流程是怎樣的？要做PRM首先要明確目標(biāo)蛋白（或多肽）是什么，設(shè)計(jì)和建立針對(duì)這些目標(biāo)蛋白PRM質(zhì)譜采集方法，然后對(duì)待測(cè)樣品進(jìn)行PRM數(shù)據(jù)采集，將得到的原始譜圖數(shù)據(jù)導(dǎo)入分析軟件提取子離子信息進(jìn)行定量。另外，如果配制已知濃度的標(biāo)準(zhǔn)肽段，用...

GC-MS非靶向與代謝組學(xué)的關(guān)系？代謝組學(xué)是運(yùn)用多種技術(shù)手段，研究生物體系中小分子代謝物（包括氨基酸、糖和磷酸糖、生物胺和脂質(zhì)等）的種類、數(shù)量及變化規(guī)律的科學(xué)，是系統(tǒng)生物學(xué)的重要組成部分。其中GC-MS非靶向代謝組學(xué)是對(duì)生物體內(nèi)源性代謝物進(jìn)行系統(tǒng)全方面的分析平...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序結(jié)果的影響因素？RNA的降解嚴(yán)重影響測(cè)序的質(zhì)量，RNA降解后，加入poly-A后無(wú)法捕獲純化mRNA，因此，隨機(jī)引物反轉(zhuǎn)錄無(wú)法得到全部的cDNA，導(dǎo)致測(cè)序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫(kù)中的poly-A多聚物的存在會(huì)對(duì)測(cè)序信號(hào)產(chǎn)生干擾，影響測(cè)...

代謝組學(xué)發(fā)展前景：較低的費(fèi)用，是促使代謝組學(xué)在臨床上易于接受的另一個(gè)原因。與其他“組學(xué)”研究相比，代謝組學(xué)的費(fèi)用更低，研究人員可以通過(guò)代謝組學(xué)研究篩檢出代謝產(chǎn)物，然后采用更昂貴的基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的方法對(duì)有意義的代謝產(chǎn)物進(jìn)一步加以研究。首先，必須識(shí)別出代謝產(chǎn)...

質(zhì)譜分析蛋白翻譯后修飾原理：相較于沒(méi)有發(fā)生翻譯后修飾的蛋白，翻譯后修飾蛋白會(huì)在特定肽段序列有分子量的增加。在蛋白翻譯后修飾方式的質(zhì)譜分析過(guò)程中，蛋白會(huì)首先被酶切成肽段，然后進(jìn)入質(zhì)譜進(jìn)行分析；通過(guò)質(zhì)譜分析，得到的是一系列肽段的相對(duì)分子質(zhì)量信息。對(duì)于某一個(gè)特定的肽...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域：農(nóng)林領(lǐng)域：生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制，抗逆脅迫機(jī)制，育種，物種保護(hù)研究等；畜牧業(yè)：生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制，致病機(jī)理研究，肉類及乳制品品質(zhì)研究等；海洋水產(chǎn)：生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制，漁業(yè)資源，漁業(yè)環(huán)境與水產(chǎn)品安全等；微生物：致病機(jī)理，耐藥機(jī)制，病原體-宿主相互作用研究等；生物醫(yī)藥...

蛋白翻譯后修飾檢測(cè)：由于PTMs在基礎(chǔ)生物學(xué)以及疾病發(fā)病機(jī)理中的重要性，因此非常需要對(duì)蛋白質(zhì)的翻譯后修飾進(jìn)行檢測(cè)。對(duì)蛋白翻譯后修飾進(jìn)行研究時(shí)通常需要富集步驟，因?yàn)檫@些翻譯后修飾的蛋白質(zhì)相對(duì)含量較低。大多數(shù)PTMs的檢測(cè)方法與富集策略結(jié)合在一起開(kāi)發(fā)，以提供比較好...

代謝組學(xué)概念：基因與蛋白質(zhì)的表達(dá)緊密相連，而代謝物則更多地反映了細(xì)胞所處的環(huán)境，這又與細(xì)胞的營(yíng)養(yǎng)狀態(tài)，藥物和環(huán)境污染物的作用，以及其它外界因素的影響密切相關(guān)。因此有人認(rèn)為，“基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)告訴你什么可能會(huì)發(fā)生，而代謝組學(xué)則告訴你什么確實(shí)發(fā)生了。”代謝組學(xué)...

PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析流程是怎樣的？要做PRM首先要明確目標(biāo)蛋白（或多肽）是什么，設(shè)計(jì)和建立針對(duì)這些目標(biāo)蛋白PRM質(zhì)譜采集方法，然后對(duì)待測(cè)樣品進(jìn)行PRM數(shù)據(jù)采集，將得到的原始譜圖數(shù)據(jù)導(dǎo)入分析軟件提取子離子信息進(jìn)行定量。另外，如果配制已知濃度的標(biāo)準(zhǔn)肽段，用...

蛋白質(zhì)修飾位點(diǎn)分析：基于LC-MS/MS分析能夠精確測(cè)定蛋白質(zhì)或多肽分子質(zhì)量這一特性，從而檢測(cè)蛋白質(zhì)或者多肽上位點(diǎn)發(fā)生何種修飾?？蓹z測(cè)修飾類型如下： 磷酸化、糖基化、乙?；⒎核鼗?、丙?；⒍□；⒈；⑽於；㈢牾；渭谆?、二甲基化、三甲基化。1...

蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾自下而上分析策略：常用的糖蛋白分離和富集技術(shù)有：a. 凝集素親和技術(shù)；b. 肼化學(xué)富集；c. 親水性相互作用色譜法；d. β-消除/邁克爾加成反應(yīng)?；谫|(zhì)譜的糖蛋白鑒定和糖基化位點(diǎn)測(cè)定方法有：a. PNGase F酶法；b. Endo H酶...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究特定的細(xì)胞、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出所有RNA的學(xué)科，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是指利用高通量測(cè)序方法，研究特定的細(xì)胞、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出的所有mRNA，用于揭示不同功能狀態(tài)下的基因表達(dá)、結(jié)構(gòu)的差異，闡明分子機(jī)制。應(yīng)用領(lǐng)域...

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)：RNA-seq技術(shù)可以檢測(cè)到低水平表達(dá)、未識(shí)別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面，與基因芯片相比，RNA-Seq有一個(gè)更廣的檢測(cè)動(dòng)態(tài)范圍，可以研究編碼和非編碼RNA，更易于基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物，檢測(cè)到等位基因的具...

代謝組學(xué)研究方法： 對(duì)于代謝產(chǎn)物來(lái)說(shuō)，不只只有質(zhì)譜峰這個(gè)特征。更進(jìn)一步說(shuō)，質(zhì)譜（MS）并不能檢測(cè)出所有的代謝產(chǎn)物，并不是因?yàn)橘|(zhì)譜的靈敏度不夠，而是由于質(zhì)譜只能檢測(cè)離子化的物質(zhì)，但有些代謝產(chǎn)物在質(zhì)譜儀中不能被離子化。采用核磁共振（NMR）的方法，可以彌補(bǔ)色譜的不...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序流程：1、樣品RNA準(zhǔn)備。2、測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增。4、高通量測(cè)序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發(fā)育過(guò)程中的各時(shí)間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異；2、不同品系之間存在...

蛋白質(zhì)組學(xué)，指對(duì)某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究，以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。研究的內(nèi)容主要包括：組成蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)氨基酸的序列特征、蛋白質(zhì)的豐度、蛋白質(zhì)活性、蛋白質(zhì)的修飾、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)之間...

代謝組學(xué)樣本收集注意事項(xiàng)：1.對(duì)于動(dòng)物組織樣本無(wú)法滿足50mg/樣，如海馬組織，大腦組織等，可考慮同組混樣以達(dá)到50mg/樣的要求。2.對(duì)于含水量高的果實(shí)進(jìn)行取樣很難保持高度均一性（如番茄的果皮、果肉等），建議將整個(gè)果實(shí)進(jìn)行液氮研磨后凍干混勻，對(duì)混勻后的粉末進(jìn)...

蛋白組學(xué)樣本寄送前是否需要精確計(jì)數(shù)或是稱量？不同樣本寄送會(huì)有不同的送樣要求，按照收集方法提供可以保證實(shí)驗(yàn)用量充足。不需要精確計(jì)數(shù)或是稱量，項(xiàng)目開(kāi)展前會(huì)進(jìn)行蛋白濃度的測(cè)定，后續(xù)也是不同樣本等蛋白量處理、上機(jī)檢測(cè)，但是要保證每個(gè)樣本的寄樣量達(dá)到實(shí)驗(yàn)要求。常規(guī)定量蛋...

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫(kù)？全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序需要構(gòu)建2個(gè)測(cè)序文庫(kù)，一個(gè)小RNA文庫(kù)和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫(kù)，然后分別上機(jī)測(cè)序。小RNA長(zhǎng)度較短，一般小于50nt，采用測(cè)序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達(dá)...

GC-MS非靶向與代謝組學(xué)的關(guān)系？代謝組學(xué)是運(yùn)用多種技術(shù)手段，研究生物體系中小分子代謝物（包括氨基酸、糖和磷酸糖、生物胺和脂質(zhì)等）的種類、數(shù)量及變化規(guī)律的科學(xué)，是系統(tǒng)生物學(xué)的重要組成部分。其中GC-MS非靶向代謝組學(xué)是對(duì)生物體內(nèi)源性代謝物進(jìn)行系統(tǒng)全方面的分析平...

代謝組學(xué)樣本收集指南：1.血漿樣本收集：（1）從合適的靜脈采集血液（典型10mL）到標(biāo)記的肝素鋰血漿收集管中（肝素鋰用作抗凝劑）。（2）立即于4 °C離心（3000g）20min，上清液即為血漿。（3）離心完畢，取出血漿收集管，取上清液（血漿），分等份（0.5...