轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科，從RNA水平研究基因的表達(dá)情況。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是通過(guò)二代測(cè)序平臺(tái)快速全方面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列，可以用來(lái)研...

蛋白質(zhì)磷酸化修飾鑒定方法：質(zhì)譜鑒定法：在質(zhì)譜分析中，先使試樣中各組分電離生成不同荷質(zhì)比的離子，然后經(jīng)加速電場(chǎng)的作用，生成離子束，進(jìn)入質(zhì)量分析器。在質(zhì)量分析器中，在磁場(chǎng)的作用下，質(zhì)荷比相同的離子會(huì)被聚焦到同一點(diǎn)上，不同質(zhì)荷比的離子聚焦于不同點(diǎn)上，因此獲得區(qū)分不同...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。...

藥物代謝和代謝組學(xué)區(qū)別：代謝組學(xué)與藥物代謝不同是它關(guān)注的對(duì)象不是外源性的藥物而是生物體本身就有的內(nèi)源性代謝物。這些代謝物是糖，脂肪，蛋白質(zhì)，核酸，膽汁酸等等代謝得到的。還有共生菌代謝的，是一個(gè)龐大的混合物。目的是通過(guò)樣本的對(duì)比，發(fā)現(xiàn)潛在標(biāo)志物，指導(dǎo)疾病早期診斷...

蛋白質(zhì)翻譯后修飾組學(xué)：蛋白質(zhì)翻譯后修飾(Post-translational modification, PTM)是指對(duì)翻譯后的蛋白質(zhì)進(jìn)行共價(jià)加工的過(guò)程。它通過(guò)在一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基加上修飾基團(tuán)，可以改變蛋白質(zhì)的物理、化學(xué)性質(zhì)，進(jìn)而影響蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象和活性狀...

蛋白組學(xué)技術(shù)：蛋白質(zhì)組學(xué)研究的首要任務(wù)是建立獲取和分析蛋白質(zhì)的常規(guī)、可靠、有效的技術(shù)。為達(dá)到這一要求，就需要樣品準(zhǔn)備、數(shù)據(jù)獲取標(biāo)準(zhǔn)化及自動(dòng)化，也就是要有可重復(fù)的高通量的技術(shù)。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)手段在不斷完善，其工作流程，包括蛋白質(zhì)樣本的制備、分離、定量及鑒定。由雙...

蛋白磷酸化檢測(cè)方法：質(zhì)譜檢測(cè)方法優(yōu)勢(shì)：1. 準(zhǔn)確度高，能夠同時(shí)檢測(cè)多個(gè)蛋白的多個(gè)磷酸化位點(diǎn)。2. 適用于大規(guī)模分析蛋白磷酸化水平。3. 不依賴于磷酸化抗體。在實(shí)際應(yīng)用中，Western Blot與質(zhì)譜分析方法各有各的好，誰(shuí)也無(wú)法完全被另一種方法所替代。所以在選...

轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理?xiàng)l件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合，表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以對(duì)所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白...

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)：也被稱為整個(gè)轉(zhuǎn)錄組鳥(niǎo)測(cè)序（wts）。RNA-seq包含三個(gè)步驟：測(cè)序文庫(kù)的建立，在特定平臺(tái)中測(cè)序和生物信息學(xué)分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術(shù)對(duì)從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進(jìn)行測(cè)序...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)路線及研究意義：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái)，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針，即可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)，提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào)...

我們究竟怎么研究蛋白質(zhì)組學(xué)呢？抗體免疫的方法呢，其實(shí)就是ELISA，Western及蛋白質(zhì)芯片。通過(guò)合成大量蛋白質(zhì)特異的抗體，能夠進(jìn)行定性檢測(cè)及相對(duì)定量分析，只要你有好用的抗體，那么就可以通過(guò)免疫反應(yīng)讓抗體快速的識(shí)別你感興趣的蛋白質(zhì)，然后用例如HRP發(fā)光等標(biāo)記...

蛋白質(zhì)翻譯后修飾的檢測(cè)方法：質(zhì)譜是蛋白質(zhì)翻譯后修飾檢測(cè)的常用技術(shù)之一，可以用于已知和未知的翻譯后修飾檢測(cè)。蛋白質(zhì)翻譯后修飾（post-translational modifications，PTMs），如磷酸化、乙?；⒎核鼗?、SUMO化、糖基化等，大幅度的增...

蛋白組究竟研究的是什么呢？第1，蛋白質(zhì)定性，或者說(shuō)大規(guī)模檢測(cè)某些蛋白質(zhì)是否存在于樣品當(dāng)中；第2，蛋白質(zhì)定量，也就是大規(guī)模檢測(cè)某些蛋白質(zhì)的含量（包括一定含量與相對(duì)含量）；第3，蛋白質(zhì)翻譯后修飾，這些修飾主要包括磷酸化，泛素化，糖基化，乙酰化等等，也包括對(duì)這些翻譯...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)，基因組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別：蛋白組學(xué)針對(duì)的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段，在通過(guò)質(zhì)量反推蛋白序列，之后進(jìn)行搜索，標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序...

蛋白質(zhì)組學(xué)，指對(duì)某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究，以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。研究的內(nèi)容主要包括：組成蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)氨基酸的序列特征、蛋白質(zhì)的豐度、蛋白質(zhì)活性、蛋白質(zhì)的修飾、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)之間...

蛋白質(zhì)乙?；揎椊M學(xué)技術(shù)：乙酰化修飾是體內(nèi)高度保守的可逆轉(zhuǎn)的蛋白修飾，對(duì)細(xì)胞核內(nèi)轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的刺激有著非常重要的作用。此外，還存在大量的非組蛋白乙?；揎梾⑴c了代謝通路及代謝酶活性的調(diào)節(jié)。乙?；揎椊M學(xué)技術(shù)服務(wù)采用肽段預(yù)分離降低高豐度組蛋白對(duì)蛋白乙?；b定的影...

代謝組學(xué)有哪些研究方式？根據(jù)有沒(méi)有研究目標(biāo)或方向來(lái)確定，在不確定代謝物或者代謝途徑時(shí)可使用非靶向代謝組學(xué)尋找切入點(diǎn)，在有目標(biāo)時(shí)則使用靶向定量進(jìn)行深入研究，針對(duì)性研究脂質(zhì)的則可以使用脂質(zhì)組學(xué)技術(shù)。另外比較新的，譜領(lǐng)生物還提供基于穩(wěn)定性同位素示蹤技術(shù)的代謝流組學(xué)技...

藥物代謝和代謝組學(xué)區(qū)別：代謝組學(xué)與藥物代謝不同是它關(guān)注的對(duì)象不是外源性的藥物而是生物體本身就有的內(nèi)源性代謝物。這些代謝物是糖，脂肪，蛋白質(zhì)，核酸，膽汁酸等等代謝得到的。還有共生菌代謝的，是一個(gè)龐大的混合物。目的是通過(guò)樣本的對(duì)比，發(fā)現(xiàn)潛在標(biāo)志物，指導(dǎo)疾病早期診斷...

蛋白磷酸化檢測(cè)方法：一、Western Blot檢測(cè)方法優(yōu)勢(shì)：1. WB方法簡(jiǎn)便，多數(shù)實(shí)驗(yàn)室具備Western Blot設(shè)備條件。2. 許多磷酸化抗體十分靈敏，能夠檢測(cè)低至10ug的蛋白樣品。3. 對(duì)于豐度低的蛋白，可以先通過(guò)IP使用目標(biāo)蛋白的抗體對(duì)目標(biāo)蛋白進(jìn)...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來(lái)去提取RNA，然后建庫(kù)測(cè)序，獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表...

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測(cè)序分析技術(shù)之一。常見(jiàn)設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較，尋找差異基因、標(biāo)志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本，并進(jìn)行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析也相對(duì)成熟，從RNA提取、構(gòu)建文庫(kù)、上機(jī)測(cè)序再到結(jié)果解析既可以自己...

蛋白質(zhì)磷酸化修飾組學(xué)：磷酸化蛋白質(zhì)是由蛋白激酶將ATP或GTP分子上的磷酸基團(tuán)轉(zhuǎn)移到底物蛋白特定的氨基酸側(cè)鏈上形成的。蛋白質(zhì)磷酸化是一種可逆的蛋白質(zhì)翻譯后修飾。在哺乳動(dòng)物的細(xì)胞生命周期中，至少有三分之一的蛋白質(zhì)發(fā)生磷酸化修飾。磷酸化修飾參與許多信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑和細(xì)...

全轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)優(yōu)勢(shì)：文庫(kù)優(yōu)化：針對(duì)不同長(zhǎng)度的序列采用兩種文庫(kù)構(gòu)建方法，采用去核糖體的鏈特異性文庫(kù)可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。數(shù)據(jù)全：全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序完成后可獲取4類主要RNA（miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA）數(shù)...

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：狹義的轉(zhuǎn)錄組默認(rèn)只包含mRNA，但是廣義的轉(zhuǎn)錄組指的是細(xì)胞或組織中所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，其中包含mRNA和非編碼RNA（non-codingRNA,ncRNA）。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調(diào)控功能的smallRNA（以miRNA為表示），長(zhǎng)...

代謝組學(xué)尿液樣本收集：1）取空腹晨尿、中段尿（臨床）或晨間1 h尿（動(dòng)物）于50 mL離心管中；2）4 ℃ 下10000 rpm離心10 min取上清，用1.5 mL離心管分裝，保存于-80 ℃。3）動(dòng)物1 h尿量不夠的情況下，可分多次收集尿液；如需收取24 ...

蛋白質(zhì)翻譯后修飾在蛋白質(zhì)中磷酸化位點(diǎn)分析時(shí)應(yīng)該注意些什么問(wèn)題？覆蓋率：覆蓋率越高，檢測(cè)和鑒定含有修飾基團(tuán)的肽幾率就越大。修飾位點(diǎn)的占有率：被修飾的蛋白質(zhì)的百分比低，則檢測(cè)到修飾肽的機(jī)會(huì)會(huì)隨之減少。如果百分比較高（> 30％），則有助于識(shí)別修飾位點(diǎn)。棕櫚酰化蛋白...

乙?；揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)分析：乙酰化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)分析是指從蛋白質(zhì)組學(xué)的水平分析蛋白質(zhì)乙?；揎棧ㄒ阴；鞍踪|(zhì)的鑒定和定量。提供基于質(zhì)譜的乙?；鞍捉M研究服務(wù)。蛋白質(zhì)乙?；ńM蛋白乙?；头墙M蛋白乙酰化。組蛋白乙?；饕琴嚢彼嵋阴；言诨蜣D(zhuǎn)錄調(diào)控作用方...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)和基因組學(xué)目前有實(shí)用價(jià)值嗎?二者實(shí)用價(jià)值非常大，尤其是對(duì)有瘤的患者的醫(yī)治，簡(jiǎn)直顛覆了傳統(tǒng)醫(yī)治的模式。轉(zhuǎn)錄組和基因組月在生物學(xué)研究中有著重要價(jià)值。例如研究某個(gè)基因功能的時(shí)候，可以構(gòu)建該基因的敲除或者過(guò)表達(dá)生物，然后對(duì)比野生型進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析看看該基因涉及什...

蛋白質(zhì)磷酸化修飾組學(xué)：磷酸化蛋白質(zhì)是由蛋白激酶將ATP或GTP分子上的磷酸基團(tuán)轉(zhuǎn)移到底物蛋白特定的氨基酸側(cè)鏈上形成的。蛋白質(zhì)磷酸化是一種可逆的蛋白質(zhì)翻譯后修飾。在哺乳動(dòng)物的細(xì)胞生命周期中，至少有三分之一的蛋白質(zhì)發(fā)生磷酸化修飾。磷酸化修飾參與許多信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑和細(xì)...

蛋白質(zhì)磷酸化修飾鑒定方法：質(zhì)譜鑒定法：在質(zhì)譜分析中，先使試樣中各組分電離生成不同荷質(zhì)比的離子，然后經(jīng)加速電場(chǎng)的作用，生成離子束，進(jìn)入質(zhì)量分析器。在質(zhì)量分析器中，在磁場(chǎng)的作用下，質(zhì)荷比相同的離子會(huì)被聚焦到同一點(diǎn)上，不同質(zhì)荷比的離子聚焦于不同點(diǎn)上，因此獲得區(qū)分不同...