武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序流程：1、樣品RNA準(zhǔn)備。2、測序文庫構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異；2、不同品系之間存在的差異表達基因；3、不同的外界條件處理，如細菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫，對基因表達的影響；4、同一個體，不同組織之間的基因表達差異。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以對任意物種進行全基因組分析。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics)是功能基因組學(xué)(FunctionalGenomics)研究的重要組成部分，是一門在整體水平上研究細胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。隨著人類基因組計劃HGP(HumanGenomeProject)的完成，科學(xué)家也逐漸認識到對基因結(jié)構(gòu)序列的研究只是基因組學(xué)研究的一部分，并不能揭示所有的生命奧秘，所以接下來需要解決的問題是：研究這些基因序列的功能、參與的生命過程、表達調(diào)控方式，以及這些基因在不同的時空條件下的表達差異等。這些問題都需要功能基因組學(xué)技術(shù)來解決，而轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)是功能基因組學(xué)研究的重要組成部分。對基因及其轉(zhuǎn)錄表達產(chǎn)物功能研究的功能基因組學(xué)，將為疾病控制和新藥開發(fā)、作物和畜禽品種的改良提供新思路，為人類解決健康問題、食物問題、能源問題和環(huán)境問題提供新方法。南京mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)（Transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)運RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA)；狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組具有很強的時間和空間特性，是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點，掌握了生物個體基因轉(zhuǎn)錄水平的變化，可深入了解其生命活動特征和調(diào)控機制。通過新一代高通量測序，能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本的基因序列信息。

單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性，且存在異質(zhì)性。而且這些細胞群中會存在不同類型的細胞，尤其是當(dāng)我們對整個組織進行測序時，它們本身就是由不同類型的細胞組成的，而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測序，相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異，展示的是整個組織的平均的狀態(tài)，所以說單細胞從這個來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個細胞測，不是用一堆細胞測。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于植物生長機制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)。

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測序分析技術(shù)之一。常見設(shè)計是不同樣品之間比較，尋找差異基因、標(biāo)志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本，并進行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測序分析也相對成熟，從RNA提取、構(gòu)建文庫、上機測序再到結(jié)果解析既可以自己完成，又可以在專業(yè)公司進行。概括來看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡單，序列比對-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個環(huán)節(jié)清晰流暢，可以作為剛開始接觸高通量測序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一。轉(zhuǎn)錄組具有時間特異性的特點。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序結(jié)果的影響因素？武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科，從RNA水平研究基因的表達情況。轉(zhuǎn)錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列，可以用來研究基因表達量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和預(yù)測新的轉(zhuǎn)錄本等等。轉(zhuǎn)錄組（transcriptome），是指特定生長階段某組織或細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析

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