濟南circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定

來源: 發(fā)布時間:2022-01-20

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢:RNA-seq技術(shù)可以檢測到低水平表達、未識別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面,與基因芯片相比,RNA-Seq有一個更廣的檢測動態(tài)范圍,可以研究編碼和非編碼RNA,更易于基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物,檢測到等位基因的具體表達方式,也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中,一個主要優(yōu)勢是可以分析整個轉(zhuǎn)錄序列,而不是有限制數(shù)量的基因,并且,研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的,他們可以相互結(jié)合使用,產(chǎn)生更多的生物學(xué)上重要的信息。普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。濟南circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定

什么叫轉(zhuǎn)錄組學(xué)?廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個特定細胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細胞功能的關(guān)系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和.研究生物細胞中轉(zhuǎn)錄組的發(fā)生和變化規(guī)律的科學(xué)就稱為轉(zhuǎn)錄組學(xué)(tran—scriptomics)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。深圳mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)服務(wù)轉(zhuǎn)錄組學(xué)即一個活細胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機制研究:circRNA是一種非編碼RNA,可以多種方式參與生物學(xué)功能,如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉(zhuǎn)移等。近年來研究發(fā)現(xiàn),環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復(fù)、凋亡、增殖、細胞轉(zhuǎn)運,以及介導(dǎo)瘤耐藥的細胞內(nèi)酶,進而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。有研究證實通過干擾環(huán)狀RNA的表達,可以提高瘤對藥物的敏感性,提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點。

轉(zhuǎn)錄組學(xué):轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究特定的細胞、組織或個體在特定時間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出所有RNA的學(xué)科,轉(zhuǎn)錄組測序是指利用高通量測序方法,研究特定的細胞、組織或個體在特定時間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出的所有mRNA,用于揭示不同功能狀態(tài)下的基因表達、結(jié)構(gòu)的差異,闡明分子機制。應(yīng)用領(lǐng)域:醫(yī)學(xué)研究:疾病標志物篩查、疾病的診斷和分型、疾病復(fù)發(fā)診斷、病因與病理機制探究、臨床療效評價、藥物毒理學(xué)評價。生命科學(xué)研究:非生物環(huán)境關(guān)系研究、植物與微生物、在表型鑒定中的應(yīng)用、代謝途徑及功能基因組研究、藥用植物研究中的應(yīng)用。轉(zhuǎn)錄組學(xué)包括:mRNA、ncRNA、rRNA等。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析?由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子,如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進行組裝的話,難度較大,組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理?不同的處理,不同的研究目標,差異基因的數(shù)目是不同的,從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬,那么就需要和分析人員溝通一下,查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多,注釋信息太雜亂,怎么挑選目標基因?對不同的差異組合進行維恩圖分析,挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象;根據(jù)前人的文獻報道,挑選相關(guān)差異基因,不要局限在自己研究的物種上。轉(zhuǎn)錄組具有組織特異性的特點。濟南circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定

轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。濟南circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定

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