北京全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域：農(nóng)林領(lǐng)域：生長發(fā)育機(jī)制，抗逆脅迫機(jī)制，育種，物種保護(hù)研究等；畜牧業(yè)：生長發(fā)育機(jī)制，致病機(jī)理研究，肉類及乳制品品質(zhì)研究等；海洋水產(chǎn)：生長發(fā)育機(jī)制，漁業(yè)資源，漁業(yè)環(huán)境與水產(chǎn)品安全等；微生物：致病機(jī)理，耐藥機(jī)制，病原體-宿主相互作用研究等；生物醫(yī)藥：生物標(biāo)志物，疾病機(jī)理機(jī)制，疾病分型，藥物開發(fā)，個(gè)性化醫(yī)治等；環(huán)境科學(xué)：發(fā)酵過程優(yōu)化，生物燃料生產(chǎn)，環(huán)境危害風(fēng)險(xiǎn)評估研究等；食品科學(xué)：食品儲藏及加工條件優(yōu)化，食品組分及品質(zhì)鑒定，功能性食品開發(fā)，食品安全監(jiān)檢測等。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更普遍的檢測范圍。北京全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)

什么叫轉(zhuǎn)錄組學(xué)？廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個(gè)特定細(xì)胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細(xì)胞功能的關(guān)系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和.研究生物細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄組的發(fā)生和變化規(guī)律的科學(xué)就稱為轉(zhuǎn)錄組學(xué)(tran—scriptomics)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。北京全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)轉(zhuǎn)錄組具有組織特異性的特點(diǎn)。

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念：宏轉(zhuǎn)錄組測序是對某一特定時(shí)期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進(jìn)行高通量測序，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄組中不只包含有微生物的物種信息，還有微生物的基因表達(dá)信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群，那么宏轉(zhuǎn)錄組則能告訴我們這些微生物，這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動植物等關(guān)系的機(jī)制。宏轉(zhuǎn)錄組分析：從以G為單位的高通量測序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步?，F(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline，直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進(jìn)行。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：Anydeplete技術(shù)首先通過隨機(jī)引物進(jìn)行一鏈合成，一鏈合成引入核苷酸類似物，用于酶切打斷，二鏈合成同樣引入核苷酸類似物用于保證鏈特異性。然后兩端加上接頭，接頭一條鏈也帶有核苷酸類似物，用于酶切降解。當(dāng)形成單鏈文庫后，設(shè)計(jì)特異性引物與rRNA形成文庫結(jié)合，一輪退火延伸，rRNA文庫形成雙鏈結(jié)構(gòu)。Reverseadaptor上帶有特異的酶切位點(diǎn)，當(dāng)形成雙鏈結(jié)構(gòu)酶切位點(diǎn)被識別，切去接頭，這樣rRNA形成的文庫不帶有完整的接頭，而其他文庫帶有完整接頭，通過PCR擴(kuò)增富積既能得到想要的信息，包含mRNA及LncRNA信息。同樣Anydeplete技術(shù)與10×genomics技術(shù)一樣，包含分子標(biāo)簽，可分析duplication及PCR產(chǎn)生突變位點(diǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于植物生長機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)：隨著越來越多的基因組序列相繼被測定,生命科學(xué)的研究進(jìn)入了后基因組時(shí)代,各類組學(xué)技術(shù)得到迅速地發(fā)展與普遍地應(yīng)用包括以基因?yàn)檠芯繉ο蟮幕蚪M學(xué)(Genomics)、以轉(zhuǎn)錄過程為研究對象的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)。意義：1．轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達(dá)的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制.2．通過基于基因表達(dá)譜的分子標(biāo)簽,不只可以辨別細(xì)胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3．轉(zhuǎn)錄組的研究應(yīng)用于臨床的另一個(gè)例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個(gè)亞型,尤其是對原發(fā)性惡性瘤,通過轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)譜的建立,可以詳細(xì)描繪出患者的生存期以及對藥物的反應(yīng)等。普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。哈爾濱單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法

轉(zhuǎn)錄組學(xué)即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和。北京全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢有：1、可以直接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2、靈敏度高，可以檢測細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對任意物種進(jìn)行全基因組分析，能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域;4、檢測范圍廣，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的，至少需要兩次生物學(xué)重復(fù)，3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好。以3個(gè)重復(fù)為例，加上對照的三個(gè)生物學(xué)重復(fù)，一次RNA-seq需要6個(gè)樣本。北京全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)

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