單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個(gè)簡并堿基構(gòu)成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個(gè)堿基是A、C、G而非T的簡并堿基，而倒數(shù)第1個(gè)為簡并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個(gè)連接處，而不會結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個(gè)酶有個(gè)特點(diǎn)，就是它在轉(zhuǎn)錄到mRNA的5’端末端的時(shí)侯，會在新合成的cDNA的3’末端，多加出幾個(gè)C堿基來。轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性的特點(diǎn)。杭州mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法
RNA-Seq，是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以形成對該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化，針對關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。貴州高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜鑒定普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發(fā)育過程。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)的概念：轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的匯合，包括蛋白質(zhì)編碼的信使RNA和非編碼RNA（rRNA、tRNA和其他ncRNAs），高通量測序技術(shù)也被稱為下一代測序（NGS）技術(shù)，推進(jìn)了基因組學(xué)的研究進(jìn)展。該項(xiàng)新技術(shù)除了研究靜態(tài)基因組，近年來也開始應(yīng)用于動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)錄分析，由此衍生的技術(shù)稱為RNA序列分析（RNA-seq）隨著DNA基因芯片技術(shù)的快速發(fā)展，開創(chuàng)了這個(gè)病癥近十年的高通量轉(zhuǎn)錄組研究。RNA-Seq技術(shù)可以從轉(zhuǎn)錄水平檢測瘤中的改變基因。通過相關(guān)軟件分析，鑒定相關(guān)改變基因在瘤發(fā)生的發(fā)展中所起的作用。然后經(jīng)過刷選，進(jìn)一步挑選出相關(guān)靶基因進(jìn)行實(shí)驗(yàn)研究，有望為瘤的基因醫(yī)治提供新的靶點(diǎn)。
宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念：宏轉(zhuǎn)錄組測序是對某一特定時(shí)期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進(jìn)行高通量測序，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄組中不只包含有微生物的物種信息，還有微生物的基因表達(dá)信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群，那么宏轉(zhuǎn)錄組則能告訴我們這些微生物，這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動(dòng)植物等關(guān)系的機(jī)制。宏轉(zhuǎn)錄組分析：從以G為單位的高通量測序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步?，F(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline，直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進(jìn)行。轉(zhuǎn)錄組學(xué)包括：mRNA、ncRNA、rRNA等。
全轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序技術(shù)優(yōu)勢：文庫優(yōu)化：針對不同長度的序列采用兩種文庫構(gòu)建方法，采用去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。數(shù)據(jù)全：全轉(zhuǎn)錄組測序完成后可獲取4類主要RNA（miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA）數(shù)據(jù)，可對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)分析及整合分析。關(guān)聯(lián)全：通過對mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列測定及后續(xù)分析，深入開展全轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(ceRNA網(wǎng)絡(luò))分析。樣本類型：細(xì)胞，組織，體液、血清、血漿、全血，總RNA等。建議總RNA起始量：＞15μg，濃度≥200ng/μL）。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)。杭州mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法
轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。杭州mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性，且存在異質(zhì)性。而且這些細(xì)胞群中會存在不同類型的細(xì)胞，尤其是當(dāng)我們對整個(gè)組織進(jìn)行測序時(shí)，它們本身就是由不同類型的細(xì)胞組成的，而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測序，相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類型的差異，展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài)，所以說單細(xì)胞從這個(gè)來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測，不是用一堆細(xì)胞測。杭州mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法
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