定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法學(xué)介紹：Label-free：Label-free定量，即非標(biāo)記的定量蛋白質(zhì)組學(xué)，不需要對比較樣本做特定標(biāo)記處理，只需要比較特定肽段/蛋白在不同樣品間的色譜質(zhì)譜響應(yīng)信號便可得到樣品間蛋白表達(dá)量的變化，通常用于分析大規(guī)模蛋白鑒定和定量時(shí)所產(chǎn)生的...

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢：RNA-seq技術(shù)可以檢測到低水平表達(dá)、未識別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面，與基因芯片相比，RNA-Seq有一個(gè)更廣的檢測動(dòng)態(tài)范圍，可以研究編碼和非編碼RNA，更易于基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物，檢測到等位基因的具...

蛋白質(zhì)磷酸化修飾類型：根據(jù)磷酸氨基酸殘基的不同，可將磷酸化蛋白質(zhì)分為4類，即O-磷酸鹽蛋白質(zhì)、N-磷酸鹽蛋白質(zhì)、?；姿猁}蛋白質(zhì)和S-磷酸鹽蛋白質(zhì)。1、O-磷酸鹽蛋白質(zhì)通過羥氨基酸（如絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸）的磷酸化形成。2、 N-磷酸鹽蛋白質(zhì)通過精氨酸、賴氨...

蛋白質(zhì)磷酸化修飾鑒定方法： Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳：Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳通過連接在丙烯酰胺分子上的雙核金屬（如Mn2+）配合物對磷酸基團(tuán)的親和，造成磷酸化蛋白遷移的滯留，再將電泳結(jié)果轉(zhuǎn)移到PVD...

蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)展趨勢：技術(shù)發(fā)展方面：蛋白質(zhì)組學(xué)的研究方法將出現(xiàn)多種技術(shù)并存，各有優(yōu)勢和的特點(diǎn)，而難以象基因組研究一樣形成比較一致的方法。除了發(fā)展新方法外，更強(qiáng)調(diào)各種方法間的整合和互補(bǔ)，以適應(yīng)不同蛋白質(zhì)的不同特征。另外，蛋白質(zhì)組學(xué)與其它學(xué)科的交叉也將日益明顯和重要...

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序和分析。一般來說在研究所會(huì)委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達(dá)分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，...

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)：是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，沒有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly（A）結(jié)構(gòu)，主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲(chǔ)存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化...

蛋白質(zhì)乙酰化修飾的功能：目前對乙?；揎椀墓δ苎芯恐饕性趯?xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控，以及對代謝通路的調(diào)控這兩個(gè)方面。在眾多乙?；揎椀牡鞍踪|(zhì)中，研究較多的要數(shù)細(xì)胞核中包圍DNA的組蛋白了。組蛋白和DNA纏繞構(gòu)成核小體，組蛋白的甲基化、乙?；揎椖軌蛘{(diào)節(jié)DNA纏繞的松緊...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序類型：1.根據(jù)RNA種類：可以分為mRNA測序，SmallRNA測序，LncRNA測序、CircRNA測序、全轉(zhuǎn)錄組測序等。2.根據(jù)物種特點(diǎn)：比如真核生物或者原核生物，是否有參考基因組，測序平臺(tái)的不同，分為真核有參和無參轉(zhuǎn)錄組測序，原核轉(zhuǎn)錄組測序，...

質(zhì)譜分析蛋白翻譯后修飾：相對于蛋白質(zhì)印跡等技術(shù)，質(zhì)譜技術(shù)能更有效的對蛋白質(zhì)的翻譯后修飾進(jìn)行分析，且可以對常規(guī)的Western blot 翻譯后修飾蛋白鑒定進(jìn)行補(bǔ)充。質(zhì)譜分析蛋白翻譯后修飾一般使用自下而上的基于肽段的方法。但是自下而上的質(zhì)譜方法無法保證可以完全識...

PRM靶向蛋白質(zhì)組學(xué)：是一種基于Orbitrap為表示的高分辨、高精度質(zhì)譜的離子監(jiān)視技術(shù)，首先利用四級桿質(zhì)量分析器的選擇能力，用Q1選擇目標(biāo)肽段的母離子，隨后在collisioncell中對母離子進(jìn)行碎裂，然后利用Orbitrap分析器在二級質(zhì)譜中檢測所選擇的...

轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）：轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）主要通過高通量測序研究特定組織或細(xì)胞在某個(gè)時(shí)期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA的表達(dá)量，進(jìn)而對相關(guān)基因和表型的關(guān)系進(jìn)...

蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾的研究策略：自中而下：自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一種替代方法，分析組蛋白時(shí)其原理類似于自下而上分析策略。在使用這種分析方法時(shí)，通常需要將被檢測蛋白質(zhì)消化成3-9kDa范圍內(nèi)的肽段，因此也無法保證檢測到的肽段的完整性。但是，由于儀...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)（Transcriptome）廣義上指某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA)；狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組具有很強(qiáng)的時(shí)間和空間特性，是基因...

蛋白質(zhì)乙酰化修飾鑒定流程：1. 組織/細(xì)胞破碎，提取、提純目的蛋白質(zhì)。2. 使用胰蛋白酶將目的蛋白酶解成多肽片段。3. 使用高效特異性乙?；贵w對乙?；揎楇亩芜M(jìn)行免疫富集。4. 使用LC-MS/MS對富集的乙?；亩芜M(jìn)行鑒定分析。5. 數(shù)據(jù)分析，并對鑒定的乙...

代謝組學(xué)尿液樣本收集：1）取空腹晨尿、中段尿（臨床）或晨間1 h尿（動(dòng)物）于50 mL離心管中；2）4 ℃ 下10000 rpm離心10 min取上清，用1.5 mL離心管分裝，保存于-80 ℃。3）動(dòng)物1 h尿量不夠的情況下，可分多次收集尿液；如需收取24 ...

蛋白質(zhì)乙?；揎椊M學(xué)定量分析：1. SILAC細(xì)胞標(biāo)記，組織/細(xì)胞破碎，提取、提純目的蛋白質(zhì)（基于SILAC的乙酰化修飾組學(xué)定量）。2. 使用胰蛋白酶將目的蛋白酶解成多肽片段。3. 對多肽片段進(jìn)行iTRAQ標(biāo)記（基于iTRAQ的乙?；揎椊M學(xué)定量）。4. 使用...

蛋白質(zhì)磷酸化修飾類型：根據(jù)磷酸氨基酸殘基的不同，可將磷酸化蛋白質(zhì)分為4類，即O-磷酸鹽蛋白質(zhì)、N-磷酸鹽蛋白質(zhì)、?；姿猁}蛋白質(zhì)和S-磷酸鹽蛋白質(zhì)。1、O-磷酸鹽蛋白質(zhì)通過羥氨基酸（如絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸）的磷酸化形成。2、 N-磷酸鹽蛋白質(zhì)通過精氨酸、賴氨...

蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用是蛋白質(zhì)發(fā)揮功能的主要機(jī)制之一,在DNA損傷修復(fù),自噬和代謝等過程中都扮演著非常重要的角色,蛋白相互作用異常便會(huì)導(dǎo)致疾病的發(fā)生.在蛋白質(zhì)的賴氨酸,絲氨酸和蘇氨酸等氨基酸殘基上,可發(fā)生甲基化,乙?；?磷酸化和泛素化等200多種翻譯后修飾,這...

轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理?xiàng)l件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合，表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測序可以對所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白...

蛋白質(zhì)泛素化修飾組學(xué)技術(shù)：泛素化修飾是一種重要的翻譯后修飾。泛素-蛋白酶體系統(tǒng)介導(dǎo)了真核生物體內(nèi)80%~85%的蛋白質(zhì)降解。此外，泛素化修飾還可以直接影響蛋白質(zhì)的活性和定位，調(diào)控包括細(xì)胞周期、細(xì)胞凋亡、轉(zhuǎn)錄調(diào)控、DNA 損傷修復(fù)以及免疫應(yīng)答等在內(nèi)的多種細(xì)胞活動(dòng)...

翻譯后修飾蛋白的檢測方法：翻譯后修飾蛋白的檢測技術(shù)包括有免疫沉淀、western blot、質(zhì)譜技術(shù)、體外生化分析等。其中，免疫沉淀是大多數(shù)翻譯后修飾檢測中的關(guān)鍵步驟，它利用蛋白特異性抗體或某種翻譯后修飾的特異性抗體來富集目標(biāo)蛋白，之后再用western bl...

代謝組學(xué)什么類型的樣本更適合，樣本采集需要注意什么？絕大多數(shù)可以可靠收集的生物樣本都適用于代謝組學(xué)研究。常見的樣本主要有：臨床和動(dòng)物的血清、血漿、尿液、糞便、各類組織、體液；細(xì)胞和微生物、培養(yǎng)液和發(fā)酵液；植物的根、莖、葉、花等。代謝每時(shí)每刻都在發(fā)生變化，我們需...

蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾的研究策略：自中而下：自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一種替代方法，分析組蛋白時(shí)其原理類似于自下而上分析策略。在使用這種分析方法時(shí)，通常需要將被檢測蛋白質(zhì)消化成3-9kDa范圍內(nèi)的肽段，因此也無法保證檢測到的肽段的完整性。但是，由于儀...

蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾的類型：翻譯后修飾的類型包括N端fMet或Met的去除、二硫鍵的形成、化學(xué)修飾和肽鍵的裂解，其中磷酸化是比較常見的。蛋白質(zhì)的化學(xué)修飾反應(yīng)是在維持蛋白質(zhì)的完整性和功能性的基礎(chǔ)上，通過基于其氨基酸殘基的化學(xué)反應(yīng)獲得新的生物結(jié)合物。翻譯后修飾在哪...

蛋白組學(xué)樣本要求：常規(guī)組織：（心、肝、脾、肺、腎、腸、腦、肌肉等）PBS洗滌去除殘留血液和污染物，剔除無關(guān)的干擾組織（血管、脂肪、結(jié)締組織等）；沖洗干凈，用組織剪或手術(shù)刀將組織分離成1cm3左右的小塊；液氮速凍5min，保存于-80℃。軟骨組織：PBS洗滌去除...

蛋白質(zhì)乙?；揎椂x：蛋白質(zhì)在細(xì)胞中經(jīng)過翻譯后，到被運(yùn)輸?shù)较鄳?yīng)的細(xì)胞器并且發(fā)生特定的生物學(xué)作用前會(huì)經(jīng)過很重要的一步加工，那就是蛋白質(zhì)翻譯后修飾加工。蛋白質(zhì)翻譯后修飾的作用主要是改變蛋白質(zhì)的活性、定位或功能。通過蛋白質(zhì)翻譯后修飾也進(jìn)一步增加了細(xì)胞通路機(jī)制和生命活...

蛋白翻譯后修飾檢測：由于PTMs在基礎(chǔ)生物學(xué)以及疾病發(fā)病機(jī)理中的重要性，因此非常需要對蛋白質(zhì)的翻譯后修飾進(jìn)行檢測。對蛋白翻譯后修飾進(jìn)行研究時(shí)通常需要富集步驟，因?yàn)檫@些翻譯后修飾的蛋白質(zhì)相對含量較低。大多數(shù)PTMs的檢測方法與富集策略結(jié)合在一起開發(fā)，以提供比較好...

蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾分析：組蛋白是一類高度保守的蛋白質(zhì)，是染色質(zhì)的關(guān)鍵成分，是DNA包裝的結(jié)構(gòu)單位。組蛋白的功能受其翻譯后修飾介導(dǎo)。組蛋白翻譯后修飾包括通過絲氨酸或蘇氨酸殘基的磷酸化，賴氨酸或精氨酸的甲基化，賴氨酸的乙酰化和脫乙?；嚢彼岬姆核鼗突酋；葘?..

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序具有以下優(yōu)勢：（1）可以直接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度，同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題；（2）靈敏度高，可以檢測細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本；（3）可以...