轉(zhuǎn)錄組學(Transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)運RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA);狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組具有很強的時間和空間特性,是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點,掌握了生物個體基因轉(zhuǎn)錄水平的變化,可深入了解其生命活動特征和調(diào)控機制。通過新一代高通量測序,能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本的基因序列信息。轉(zhuǎn)錄組學有高通量、更精確的數(shù)字信號。貴州IncRNA轉(zhuǎn)錄組學檢測價格
單細胞轉(zhuǎn)錄組學基本概念:普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當于把一群細胞混合到一起去提取RNA,獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA,然后建庫測序,獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性,且存在異質(zhì)性。而且這些細胞群中會存在不同類型的細胞,尤其是當我們對整個組織進行測序時,它們本身就是由不同類型的細胞組成的,而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測序,相當于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異,展示的是整個組織的平均的狀態(tài),所以說單細胞從這個來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個細胞測,不是用一堆細胞測。浙江轉(zhuǎn)錄組學研究內(nèi)容相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉(zhuǎn)錄學組測序無需預先針對已知序列設(shè)計探針。
轉(zhuǎn)錄組學測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?轉(zhuǎn)錄組學測序具有以下優(yōu)勢:(1)可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度,同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題;(2)靈敏度高,可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;(3)可以對任意物種進行全基因組分析,無需預先設(shè)計特異性探針,因此無需了解物種基因信息,能夠直接對任何物種進行轉(zhuǎn)錄組分析,同時能夠檢測未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR區(qū)域。(4)檢測范圍廣,高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍,能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。
轉(zhuǎn)錄組學為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析?由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子,如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進行組裝的話,難度較大,組裝結(jié)果存在較大風險。轉(zhuǎn)錄組學差異基因數(shù)目多少比較合理?不同的處理,不同的研究目標,差異基因的數(shù)目是不同的,從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬,那么就需要和分析人員溝通一下,查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學差異基因太多,注釋信息太雜亂,怎么挑選目標基因?對不同的差異組合進行維恩圖分析,挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象;根據(jù)前人的文獻報道,挑選相關(guān)差異基因,不要局限在自己研究的物種上。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學有著巨大的應(yīng)用前景。
轉(zhuǎn)錄組學測序結(jié)果的影響因素?RNA的降解嚴重影響測序的質(zhì)量,RNA降解后,加入poly-A后無法捕獲純化mRNA,因此,隨機引物反轉(zhuǎn)錄無法得到全部的cDNA,導致測序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產(chǎn)生干擾,影響測序結(jié)果的準確性;同時由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致,實驗前需要對樣本進行均一化處理,否則高豐度的表達基因會掩蓋低豐度表達基因,導致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復序列。轉(zhuǎn)錄組學狹義上指所有mRNA的組合。武漢外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)分析
轉(zhuǎn)錄組具有組織特異性的特點。貴州IncRNA轉(zhuǎn)錄組學檢測價格
轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合,表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測序可以對所有轉(zhuǎn)錄物進行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者,蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學的表達數(shù)據(jù)對生物樣本進行研究,可以從整體上解釋生物學問題,探究生物體生理和疾病機理等。轉(zhuǎn)錄組學應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機制研究:利用轉(zhuǎn)錄組學可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA(編碼RNA及非編碼RNA)的變化,有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制。貴州IncRNA轉(zhuǎn)錄組學檢測價格
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