RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學技術優(yōu)勢:RNA-seq技術可以檢測到低水平表達、未識別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面,與基因芯片相比,RNA-Seq有一個更廣的檢測動態(tài)范圍,可以研究編碼和非編碼RNA,更易于基因網(wǎng)絡的構建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物,檢測到等位基因的具體表達方式,也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中,一個主要優(yōu)勢是可以分析整個轉(zhuǎn)錄序列,而不是有限制數(shù)量的基因,并且,研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的,他們可以相互結合使用,產(chǎn)生更多的生物學上重要的信息。轉(zhuǎn)錄組學可以在單核苷酸水平對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測。貴州外泌體轉(zhuǎn)錄組學服務
RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學:也被稱為整個轉(zhuǎn)錄組鳥測序(wts)。RNA-seq包含三個步驟:測序文庫的建立,在特定平臺中測序和生物信息學分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術對從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進行測序。簡而言之,就是對剪切變體、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達水平和特定等位基因的表達情況進行定性和定量分析。RNA-Seq原理:在對基因組測序和分析研究的同時,復雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測序技術平臺分析轉(zhuǎn)錄組的結構和表達水平情況,更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息,精確地識別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性(SPN),進一步解析復雜的轉(zhuǎn)錄組信息。貴州外泌體轉(zhuǎn)錄組學服務轉(zhuǎn)錄組具有組織特異性的特點。
轉(zhuǎn)錄組學測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?轉(zhuǎn)錄組學測序具有以下優(yōu)勢:(1)可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度,同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題;(2)靈敏度高,可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;(3)可以對任意物種進行全基因組分析,無需預先設計特異性探針,因此無需了解物種基因信息,能夠直接對任何物種進行轉(zhuǎn)錄組分析,同時能夠檢測未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR區(qū)域。(4)檢測范圍廣,高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍,能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。
什么叫轉(zhuǎn)錄組學?廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個特定細胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡以及它們與細胞功能的關系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和.研究生物細胞中轉(zhuǎn)錄組的發(fā)生和變化規(guī)律的科學就稱為轉(zhuǎn)錄組學(tran—scriptomics)。轉(zhuǎn)錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。
轉(zhuǎn)錄組學應用領域:農(nóng)林領域:生長發(fā)育機制,抗逆脅迫機制,育種,物種保護研究等;畜牧業(yè):生長發(fā)育機制,致病機理研究,肉類及乳制品品質(zhì)研究等;海洋水產(chǎn):生長發(fā)育機制,漁業(yè)資源,漁業(yè)環(huán)境與水產(chǎn)品安全等;微生物:致病機理,耐藥機制,病原體-宿主相互作用研究等;生物醫(yī)藥:生物標志物,疾病機理機制,疾病分型,藥物開發(fā),個性化醫(yī)治等;環(huán)境科學:發(fā)酵過程優(yōu)化,生物燃料生產(chǎn),環(huán)境危害風險評估研究等;食品科學:食品儲藏及加工條件優(yōu)化,食品組分及品質(zhì)鑒定,功能性食品開發(fā),食品安全監(jiān)檢測等。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學有著巨大的應用前景。四川外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學
轉(zhuǎn)錄學組測序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復雜性的強大工具。貴州外泌體轉(zhuǎn)錄組學服務
普通轉(zhuǎn)錄組學測序適用于哪些情況?普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于兩大類:一是不同的生長階段或者發(fā)育過程;二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學測序必須做生物學重復么?需要幾個重復?生物學重復是生物實驗所必須的,轉(zhuǎn)錄組測序也不例外,至少3次生物學重復。準備生物重復樣品時,通過對實驗的預先設計和控制,盡可能將與實驗處理無關的背景條件控制在同一水平,減少批次效應對結果的影響。轉(zhuǎn)錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測序只能測到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測序通過構建兩個測序文庫(一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫)是可以測到以上4種RNA的。貴州外泌體轉(zhuǎn)錄組學服務
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