蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用是蛋白質(zhì)發(fā)揮功能的主要機(jī)制之一,在DNA損傷修復(fù),自噬和代謝等過程中都扮演著非常重要的角色,蛋白相互作用異常便會導(dǎo)致疾病的發(fā)生.在蛋白質(zhì)的賴氨酸,絲氨酸和蘇氨酸等氨基酸殘基上,可發(fā)生甲基化,乙?；?磷酸化和泛素化等200多種翻譯后修飾,這些修飾通常能改變蛋白質(zhì)的電性,疏水性和空間結(jié)構(gòu)等屬性,為與之結(jié)合的蛋白提供結(jié)合的錨定或產(chǎn)生位阻效應(yīng),像一把開關(guān)在時(shí)空上精確調(diào)控蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的發(fā)生以及動(dòng)態(tài)變化.結(jié)構(gòu)研究表明,蛋白質(zhì)之間的相互作用通常由臨近的幾個(gè)氨基酸殘基直接結(jié)合,替換該區(qū)域的氨基酸殘基,通常能破壞結(jié)合,使其失去部分功能或酶活性,可以針對性地開發(fā)和設(shè)計(jì)抑制劑,用于疾病的診療。蛋白質(zhì)翻譯后修飾是指對翻譯后的蛋白質(zhì)進(jìn)行共價(jià)加工的過程。廣東棕櫚?；揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)分析方法
質(zhì)譜分析乙酰化蛋白質(zhì)組：質(zhì)譜分析技術(shù)可以對蛋白質(zhì)組中的乙?；鞍走M(jìn)行鑒定、乙?；稽c(diǎn)定位以及定量。當(dāng)質(zhì)譜用于乙?；康鞍捉M研究中時(shí)，因?yàn)橐阴；鞍踪|(zhì)在生物樣本中含量低、動(dòng)態(tài)范圍廣，需要先對乙?；亩芜M(jìn)行富集，然后再對富集得到的乙?；亩螛悠愤M(jìn)行定量分析。質(zhì)譜定量乙酰化蛋白組采用肽段預(yù)分離降低高豐度蛋白的影響，結(jié)合免疫共沉淀通過高效的抗體富集乙?；碾亩危瑥亩鴮?shí)現(xiàn)大規(guī)模乙酰化的鑒定及定量。為了鑒定和定量更多的乙酰化肽段，在酶切過程中還可使用多種不同的酶對蛋白樣品進(jìn)行酶切。上海亞硝基化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)分析蛋白磷酸化修飾過程是通過蛋白激酶催化，將磷酸基團(tuán)從ATP轉(zhuǎn)移到多肽底物的絲氨酸、或酪氨酸殘基上。
蛋白質(zhì)翻譯后修飾：蛋白質(zhì)的翻譯后修飾通過可逆的共價(jià)鍵將小分子或蛋白質(zhì)與底物蛋白質(zhì)上特定的氨基酸結(jié)合，調(diào)控著底物的酶活性、功能以及三級結(jié)構(gòu)的變化。各種蛋白質(zhì)翻譯后修飾在信號通路和網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮著重要的作用，翻譯后修飾系統(tǒng)的紊亂將導(dǎo)致一系列疾病的發(fā)生。通過實(shí)驗(yàn)的方法鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾的位點(diǎn)需要耗費(fèi)大量的資金和時(shí)間，并且酶反應(yīng)的優(yōu)化常常難以實(shí)現(xiàn)。而計(jì)算的方法則能夠快速、準(zhǔn)確的預(yù)測酶特異性的底物蛋白質(zhì)及其修飾位點(diǎn)。
蛋白質(zhì)泛素化修飾組學(xué)技術(shù)：泛素化修飾是一種重要的翻譯后修飾。泛素-蛋白酶體系統(tǒng)介導(dǎo)了真核生物體內(nèi)80%~85%的蛋白質(zhì)降解。此外，泛素化修飾還可以直接影響蛋白質(zhì)的活性和定位，調(diào)控包括細(xì)胞周期、細(xì)胞凋亡、轉(zhuǎn)錄調(diào)控、DNA 損傷修復(fù)以及免疫應(yīng)答等在內(nèi)的多種細(xì)胞活動(dòng)。樣品要求：1、SDS-PAGE條帶：5個(gè)以上可見考染條帶。2、溶液（目標(biāo)蛋白質(zhì)）：目標(biāo)蛋白總量>50μg，目標(biāo)蛋白濃度>80%。3、溶液（大規(guī)?；旌系鞍踪|(zhì)）：蛋白總量>1mg，蛋白濃度>1μg/μl。蛋白質(zhì)翻譯后修飾的作用主要是改變蛋白質(zhì)的活性。
翻譯后修飾蛋白組：翻譯后修飾蛋白組分析是指在組學(xué)水平上對存在翻譯后修飾的蛋白質(zhì)進(jìn)行分析。翻譯后修飾蛋白組是指細(xì)胞或組織等整體水平上的翻譯后修飾蛋白。蛋白質(zhì)的翻譯后修飾（Post Translational Modifications, PTMs）是蛋白質(zhì)在翻譯中或翻譯后經(jīng)歷的一個(gè)共價(jià)加工過程。蛋白翻譯后修飾通過在一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基上加修飾基團(tuán)或通過蛋白質(zhì)水解去基團(tuán)而改變蛋白質(zhì)的性質(zhì)，調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)的功能。經(jīng)過翻譯后修飾的蛋白質(zhì)稱為翻譯后修飾蛋白。目前，已知的蛋白質(zhì)翻譯后修飾主要包括糖基化、磷酸化、乙?；?、泛素化、二硫鍵配對、甲基化和亞硝基化等等。乙?；揎棇?xì)胞核內(nèi)轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的刺激有著非常重要的作用。哈爾濱蛋白質(zhì)丙二酰化修飾組學(xué)質(zhì)譜鑒定
在早期的研究中，乙?；揎椧恢北徽J(rèn)為是真核細(xì)胞所特有的一種翻譯后修飾。廣東棕櫚?；揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)分析方法
蛋白質(zhì)乙?；揎椊M學(xué)定量分析：1. SILAC細(xì)胞標(biāo)記，組織/細(xì)胞破碎，提取、提純目的蛋白質(zhì)（基于SILAC的乙?；揎椊M學(xué)定量）。2. 使用胰蛋白酶將目的蛋白酶解成多肽片段。3. 對多肽片段進(jìn)行iTRAQ標(biāo)記（基于iTRAQ的乙?；揎椊M學(xué)定量）。4. 使用高效特異性乙?；贵w對乙?；揎楇亩芜M(jìn)行免疫富集。5. 使用LC-MS/MS對富集的乙?；亩芜M(jìn)行序列分析。6. 數(shù)據(jù)分析，比對不同樣本中蛋白乙?；揎椝讲町?，并對產(chǎn)生變化的生物學(xué)意義進(jìn)行解釋。廣東棕櫚酰化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法
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