靶向代謝組學：靶向代謝組學（Targeted Metabolomics）是代謝組學研究的重要組成部分，也是全代謝組研究的延伸與拓展。相對于全代謝組分析而言，靶向代謝組分析具有特異性強，檢測靈敏度高和定量準確等幾個特點。通過對血液、尿液或其他體液以及組織中某一特...

代謝組學樣本收集植物組織：葉片、莖、花：1）取整片葉片/一段莖/一朵花，放入離心管或錫箔紙中并標記，迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min。2）將裝有樣本的離心管迅速放入自封袋中（每組一袋），在自封袋中放入標簽紙注明樣本信息。3）迅速放入-80 ℃冰箱凍存。足...

蛋白質(zhì)磷酸化修飾鑒定方法： Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳：Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳通過連接在丙烯酰胺分子上的雙核金屬（如Mn2+）配合物對磷酸基團的親和，造成磷酸化蛋白遷移的滯留，再將電泳結(jié)果轉(zhuǎn)移到PVD...

蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用是蛋白質(zhì)發(fā)揮功能的主要機制之一,在DNA損傷修復,自噬和代謝等過程中都扮演著非常重要的角色,蛋白相互作用異常便會導致疾病的發(fā)生.在蛋白質(zhì)的賴氨酸,絲氨酸和蘇氨酸等氨基酸殘基上,可發(fā)生甲基化,乙?；?磷酸化和泛素化等200多種翻譯后修飾,這...

靶向代謝組學的一般分析流程為：1. 數(shù)據(jù)采集 第1步是得到標準品。如果無法從市場上買到，就必須定制合成。然后通過優(yōu)化產(chǎn)物離子碰撞能量以得到的信號，再通過測定三重串聯(lián)四極桿測定代謝物的 MRM 躍遷值。2. 定量 接下來用定量分析軟件對 MRM 數(shù)據(jù)進行處理，得...

代謝組學應用方向：腸道菌群代謝組學，運用代謝組學檢測腸菌代謝物的動態(tài)變化，了解腸道菌群在宿主中的代謝狀態(tài)，直觀的研究腸道菌群與疾病發(fā)生的發(fā)展的關(guān)系，為疾病的預防，調(diào)高宿主的健康水平提供新的思路。經(jīng)典脂質(zhì)組學：對生物體、組織或細胞中的脂質(zhì)以及與其相互作用的分子進...

蛋白質(zhì)乙?；揎楄b定流程：1. 組織/細胞破碎，提取、提純目的蛋白質(zhì)。2. 使用胰蛋白酶將目的蛋白酶解成多肽片段。3. 使用高效特異性乙?；贵w對乙?；揎楇亩芜M行免疫富集。4. 使用LC-MS/MS對富集的乙?；亩芜M行鑒定分析。5. 數(shù)據(jù)分析，并對鑒定的乙...

代謝組學細胞樣本收集：懸浮細胞：1）連同培養(yǎng)基轉(zhuǎn)移到1.5 mL的進口離心管中。2）低速離心5 min（低于3000 rpm），使細胞沉淀于離心管的底部（1*107個細胞為宜）。3）倒掉培養(yǎng)基（盡量倒干凈），用預冷的PBS反復沖洗2 ~ 3次，低速離心5 mi...

蛋白質(zhì)乙?；揎椀墓δ埽耗壳皩σ阴；揎椀墓δ苎芯恐饕性趯毎D(zhuǎn)錄調(diào)控，以及對代謝通路的調(diào)控這兩個方面。在眾多乙?；揎椀牡鞍踪|(zhì)中，研究較多的要數(shù)細胞核中包圍DNA的組蛋白了。組蛋白和DNA纏繞構(gòu)成核小體，組蛋白的甲基化、乙?；揎椖軌蛘{(diào)節(jié)DNA纏繞的松緊...

定量蛋白質(zhì)組學技術(shù)：TMT定量蛋白組學技術(shù)：TMT(TandemMassTags)定量蛋白質(zhì)組學技術(shù)多肽體外標記定量技術(shù)。這種技術(shù)采用多個（2-10）穩(wěn)定同位素標簽，特異性標記多肽的氨基基團進行串聯(lián)質(zhì)譜分析，能夠同時比較多達10種不同樣本中蛋白質(zhì)的相對含量，可...

普通轉(zhuǎn)錄組學測序適用于哪些情況？普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發(fā)育過程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學測序必須做生物學重復么？需要幾個重復？生物學重復是生物實驗所必須的，轉(zhuǎn)錄組測序也不例外，至少3次生物學重復。準備...

蛋白磷酸化修飾過程：蛋白磷酸化修飾這一過程是通過蛋白激酶催化，將磷酸基團從ATP轉(zhuǎn)移到多肽底物的絲氨酸、蘇氨酸，或酪氨酸殘基上。并且磷酸化修飾的過程是可逆的，去磷酸化反應由蛋白磷酸酶催化完成。蛋白磷酸化檢測方法：Western Blot檢測方法：Western...

代謝組學如何控制臨床樣本的質(zhì)量？對于臨床的樣本建議每組比較低的25個生物學重復，達到30例以上比較好。因為臨床樣本受外界環(huán)境和遺傳背景影響較大，需要很多生物學重復來消除這些外在影響。此外，在樣本收集過程中，應保持收養(yǎng)的時間段和操作程序盡可能一致。代謝組學樣本收...

定量蛋白質(zhì)組學技術(shù)：TMT定量蛋白組學技術(shù)：TMT(TandemMassTags)定量蛋白質(zhì)組學技術(shù)多肽體外標記定量技術(shù)。這種技術(shù)采用多個（2-10）穩(wěn)定同位素標簽，特異性標記多肽的氨基基團進行串聯(lián)質(zhì)譜分析，能夠同時比較多達10種不同樣本中蛋白質(zhì)的相對含量，可...

單細胞轉(zhuǎn)錄組學測試步驟：第1步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多，物理切割，酶消化，F(xiàn)ACS分選等。假如已經(jīng)分到了一個單細胞，跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的，難建庫成功...

蛋白質(zhì)組學在醫(yī)學的研究應用：蛋白質(zhì)組學(Proteomics)是研究細胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學，包括對蛋白質(zhì)表達模式和蛋白質(zhì)組功能模式的研究。蛋白質(zhì)組學的發(fā)展對尋找疾病的診斷標志、篩選藥物靶點、毒理學研究等有重要意義，也因...

蛋白質(zhì)翻譯后修飾在蛋白質(zhì)中磷酸化位點分析時應該注意些什么問題？覆蓋率：覆蓋率越高，檢測和鑒定含有修飾基團的肽幾率就越大。修飾位點的占有率：被修飾的蛋白質(zhì)的百分比低，則檢測到修飾肽的機會會隨之減少。如果百分比較高（> 30％），則有助于識別修飾位點。棕櫚?；鞍?..

質(zhì)譜分析蛋白翻譯后修飾原理：相較于沒有發(fā)生翻譯后修飾的蛋白，翻譯后修飾蛋白會在特定肽段序列有分子量的增加。在蛋白翻譯后修飾方式的質(zhì)譜分析過程中，蛋白會首先被酶切成肽段，然后進入質(zhì)譜進行分析；通過質(zhì)譜分析，得到的是一系列肽段的相對分子質(zhì)量信息。對于某一個特定的肽...

蛋白質(zhì)組學主要以全蛋白組（組織、細胞）、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對象，通過對蛋白組進行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析，揭示生物學功能、作用機制、疾病診斷的標志物以及預測蛋白的上、下游變化關(guān)系。蛋白質(zhì)組學可以克服核酸水...

宏轉(zhuǎn)錄組學也稱為環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學，指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時期菌群群體全部基因轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應機制，探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機理。其適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領域。宏轉(zhuǎn)錄組學以生態(tài)環(huán)境中...

蛋白質(zhì)翻譯后修飾分析策略：早期蛋白質(zhì)組研究的大部分工作集中在細胞生長的不同時期，或疾病或有絲分裂原刺激后的蛋白質(zhì)表達水平的變化。然而，許多生命過程不只受蛋白質(zhì)的相對豐度控制，還受時空分布可逆的翻譯后修飾控制。因此，揭示翻譯后修飾的規(guī)律是了解蛋白質(zhì)復雜性和多樣的...

代謝組學比較常用到的數(shù)據(jù)分析方法：多變量分析：多變量分析方法能同時處理數(shù)百或數(shù)千個變量，并且能處理變量之間的相互關(guān)系。利用變量之間的協(xié)方差或相關(guān)性，使原始數(shù)據(jù)在較低維空間上的投影能盡可能地捕獲數(shù)據(jù)中的信息。但是如果存在大量無信息變量可能會妨礙多變量分析的能力，...

代謝組學尿液樣本收集：1）取空腹晨尿、中段尿（臨床）或晨間1 h尿（動物）于50 mL離心管中；2）4 ℃ 下10000 rpm離心10 min取上清，用1.5 mL離心管分裝，保存于-80 ℃。3）動物1 h尿量不夠的情況下，可分多次收集尿液；如需收取24 ...

常規(guī)蛋白質(zhì)組學：Labelfree多肽組學：顧名思義，就是不使用任何標記方法，直接對肽段進行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單，只需要對蛋白進行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機。定量方式分為兩種：峰面積（Peakintensity）和峰計數(shù)（Spectralcou...

蛋白質(zhì)乙酰化修飾組學定量分析：1. SILAC細胞標記，組織/細胞破碎，提取、提純目的蛋白質(zhì)（基于SILAC的乙酰化修飾組學定量）。2. 使用胰蛋白酶將目的蛋白酶解成多肽片段。3. 對多肽片段進行iTRAQ標記（基于iTRAQ的乙?；揎椊M學定量）。4. 使用...

代謝組學應用方向：腸道菌群代謝組學，運用代謝組學檢測腸菌代謝物的動態(tài)變化，了解腸道菌群在宿主中的代謝狀態(tài)，直觀的研究腸道菌群與疾病發(fā)生的發(fā)展的關(guān)系，為疾病的預防，調(diào)高宿主的健康水平提供新的思路。經(jīng)典脂質(zhì)組學：對生物體、組織或細胞中的脂質(zhì)以及與其相互作用的分子進...

蛋白質(zhì)學組翻譯后修飾的研究策略：自中而下：自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一種替代方法，分析組蛋白時其原理類似于自下而上分析策略。在使用這種分析方法時，通常需要將被檢測蛋白質(zhì)消化成3-9kDa范圍內(nèi)的肽段，因此也無法保證檢測到的肽段的完整性。但是，由于儀...

蛋白組學樣本要求：常規(guī)組織：（心、肝、脾、肺、腎、腸、腦、肌肉等）PBS洗滌去除殘留血液和污染物，剔除無關(guān)的干擾組織（血管、脂肪、結(jié)締組織等）；沖洗干凈，用組織剪或手術(shù)刀將組織分離成1cm3左右的小塊；液氮速凍5min，保存于-80℃。軟骨組織：PBS洗滌去除...

蛋白質(zhì)磷酸化修飾鑒定方法： Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳：Mn2+-Phos-tag SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳通過連接在丙烯酰胺分子上的雙核金屬（如Mn2+）配合物對磷酸基團的親和，造成磷酸化蛋白遷移的滯留，再將電泳結(jié)果轉(zhuǎn)移到PVD...

代謝組學在系統(tǒng)生物學中有什么作用？它的地位如何？代謝物作為生物體表型的基礎能夠幫助我們更直觀有效地了解生命現(xiàn)象揭示生命本質(zhì)。代謝組學本質(zhì)上是指從整體上研究生物體的代謝物，是對某一生物、組織或細胞中的所有低分子量代謝產(chǎn)物進行定性與定量分析的一門科學。代謝組學以指...