靶向代謝組學(xué):靶向代謝組學(xué)(Targeted Metabolomics)是代謝組學(xué)研究的重要組成部分,也是全代謝組研究的延伸與拓展。相對(duì)于全代謝組分析而言,靶向代謝組分析具有特異性強(qiáng),檢測(cè)靈敏度高和定量準(zhǔn)確等幾個(gè)特點(diǎn)。通過(guò)對(duì)血液、尿液或其他體液以及組織中某一特定的代謝物的富集與準(zhǔn)確定量定性分析,一方面可以結(jié)合其它實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)揭示相關(guān)的分子生物學(xué)作用機(jī)制,另一方面,也可以為后續(xù)代謝分子標(biāo)志物的深入研究和開(kāi)發(fā)利用提供有力支持。靶向代謝組學(xué)可以用于:驗(yàn)證有非靶向代謝組學(xué)實(shí)驗(yàn)提出的假說(shuō);進(jìn)行基于假說(shuō)的探索性實(shí)驗(yàn),針對(duì)特定代謝物,研究代謝模型。代謝組學(xué)的研究對(duì)象與層次有哪些?哈爾濱植物靶向代謝組學(xué)定性分析
代謝組學(xué)什么類型的樣本更適合,樣本采集需要注意什么?絕大多數(shù)可以可靠收集的生物樣本都適用于代謝組學(xué)研究。常見(jiàn)的樣本主要有:臨床和動(dòng)物的血清、血漿、尿液、糞便、各類組織、體液;細(xì)胞和微生物、培養(yǎng)液和發(fā)酵液;植物的根、莖、葉、花等。代謝每時(shí)每刻都在發(fā)生變化,我們需要研究的是某個(gè)或多個(gè)瞬時(shí)狀態(tài),因此樣本采集一般需要保證“快速、一致、簡(jiǎn)單”的,采集后通過(guò)低溫淬滅(如液氮淬滅或低溫凍存等)的方法阻止離體后的樣本的代謝活動(dòng)。另外,不同的檢測(cè)要求也需要配合不同的收集方法,具體步驟請(qǐng)參照譜領(lǐng)生物樣本收集步驟文件。深圳代謝組學(xué)檢測(cè)價(jià)格代謝組學(xué)主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產(chǎn)物的小分子代謝物(分子量<1000)。
代謝組學(xué)研究方法: 對(duì)于代謝產(chǎn)物來(lái)說(shuō),不只只有質(zhì)譜峰這個(gè)特征。更進(jìn)一步說(shuō),質(zhì)譜(MS)并不能檢測(cè)出所有的代謝產(chǎn)物,并不是因?yàn)橘|(zhì)譜的靈敏度不夠,而是由于質(zhì)譜只能檢測(cè)離子化的物質(zhì),但有些代謝產(chǎn)物在質(zhì)譜儀中不能被離子化。采用核磁共振(NMR)的方法,可以彌補(bǔ)色譜的不足。過(guò)去,只有毒理學(xué)方面的研究使用核磁共振,而質(zhì)譜只在植物代謝研究中采用。如今,這兩種方法在代謝組學(xué)研究中已經(jīng)普遍使用。為在不同樣品間進(jìn)行有意義的比較,研究人員必須結(jié)合使用這兩種方法獲得的大量數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。此外,還需要結(jié)合基因組學(xué)研究獲得的數(shù)據(jù)。
靶向代謝組學(xué)分析成功的關(guān)鍵因素是準(zhǔn)確度、高通量和可靠性。靶向代謝組學(xué)鑒定一般采用 GC/MS 系統(tǒng)的選擇性離子監(jiān)測(cè) (SIM),或在三重串聯(lián)四極桿 LC/MS 系統(tǒng)上用多反應(yīng)離子監(jiān)測(cè) (MRM) 進(jìn)行靶向 MS/MS。SIM 比全掃描圖譜采集具有更高的靈敏度,在單四極桿質(zhì)譜中,這種靈敏度增強(qiáng)的原因是延長(zhǎng)了所選擇離子的采集時(shí)間。因?yàn)楸O(jiān)測(cè)的是一個(gè)很小的質(zhì)量窗口,所以質(zhì)量色譜圖只表示對(duì)極為特定質(zhì)量的檢測(cè)。在大多數(shù)情況下,靈敏度可以提高 10 倍。MRM 是進(jìn)行質(zhì)譜定量的選擇方法,與 SIM 相比更為靈敏、更加特異??梢援a(chǎn)生獨(dú)特的碎片離子,可對(duì)非常復(fù)雜基質(zhì)中的目標(biāo)化合物進(jìn)行監(jiān)測(cè)和定量。代謝組學(xué)著重研究的是生物整體、組織代謝途徑及其所受內(nèi)在或者外在因素的影響及隨時(shí)間變化的規(guī)律。
代謝組學(xué)有哪些研究方式?根據(jù)有沒(méi)有研究目標(biāo)或方向來(lái)確定,在不確定代謝物或者代謝途徑時(shí)可使用非靶向代謝組學(xué)尋找切入點(diǎn),在有目標(biāo)時(shí)則使用靶向定量進(jìn)行深入研究,針對(duì)性研究脂質(zhì)的則可以使用脂質(zhì)組學(xué)技術(shù)。另外比較新的,譜領(lǐng)生物還提供基于穩(wěn)定性同位素示蹤技術(shù)的代謝流組學(xué)技術(shù)服務(wù)來(lái)研究代謝流量問(wèn)題。什么是代謝組學(xué)?代謝組學(xué)是末期發(fā)展起來(lái)的一門(mén)新興學(xué)科,是研究關(guān)于生物體被擾動(dòng)后(如基因的改變或環(huán)境變化后)其代謝產(chǎn)物(內(nèi)源性代謝物質(zhì))種類、數(shù)量及其變化規(guī)律的科學(xué)。代謝組學(xué)著重研究的是生物整體、組織的內(nèi)源性代謝物質(zhì)的代謝途徑及其所受內(nèi)在或者外在因素的影響及隨時(shí)間變化的規(guī)律。代謝組學(xué)通過(guò)揭示內(nèi)在和外在因素影響下,生物體的代謝整體的變化軌跡來(lái)反映某種生理或病理的一系列發(fā)展過(guò)程。代謝組學(xué)關(guān)注的對(duì)象是分子量在1000以下的小分子化合物。上海GC-MS非靶向代謝組學(xué)費(fèi)用
代謝組學(xué)作為系統(tǒng)生物學(xué)的一個(gè)重要的分支,與其他組學(xué)相比有著其特有的優(yōu)勢(shì)。哈爾濱植物靶向代謝組學(xué)定性分析
GC-MS非靶向代謝組學(xué)能檢測(cè)到哪些類別的代謝物?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測(cè)分析范圍。GC/MS能檢測(cè)到有機(jī)酸、氨基酸、單糖、糖醇、胺類、脂肪酸、吲哚、單甘油酯、核苷、二糖、生育酚、甾醇和膽汁酸等代謝物。如何提高定性準(zhǔn)確度?GC/MS的定性有雙重標(biāo)準(zhǔn),一是保留指數(shù),二是質(zhì)譜信息的相似度(similarity)。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,能量較強(qiáng)且穩(wěn)定,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進(jìn)一步碎裂產(chǎn)生豐富的碎片離子。因此,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,將儀器得到的實(shí)際指紋圖譜和質(zhì)譜庫(kù)(如NIST庫(kù))進(jìn)行比對(duì)后,我們將會(huì)得到一個(gè)叫相似度的指標(biāo)。保留指數(shù)和相似度都必須滿足設(shè)定的閾值,軟件才會(huì)給出色譜峰的定性結(jié)果。然后采用標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)譜信息進(jìn)行完全比對(duì)定性,也就是說(shuō)只有經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)品比對(duì),代謝物才是被100%定性。哈爾濱植物靶向代謝組學(xué)定性分析
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