哈爾濱外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)定性分析

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：狹義的轉(zhuǎn)錄組默認(rèn)只包含mRNA，但是廣義的轉(zhuǎn)錄組指的是細(xì)胞或組織中所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，其中包含mRNA和非編碼RNA（non-codingRNA,ncRNA）。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調(diào)控功能的smallRNA（以miRNA為表示），長(zhǎng)鏈非編碼RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）和環(huán)狀RNA（circularRNA,circRNA）上，而這幾類ncRNA的調(diào)控對(duì)象都和mRNA有關(guān)。因此，全轉(zhuǎn)錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序即對(duì)以上四種ncRNA進(jìn)行測(cè)序，并分析這四者之間復(fù)雜的相互作用關(guān)系。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)。哈爾濱外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)定性分析

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個(gè)簡(jiǎn)并堿基構(gòu)成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個(gè)堿基是A、C、G而非T的簡(jiǎn)并堿基，而倒數(shù)第1個(gè)為簡(jiǎn)并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個(gè)連接處，而不會(huì)結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個(gè)酶有個(gè)特點(diǎn)，就是它在轉(zhuǎn)錄到mRNA的5’端末端的時(shí)侯，會(huì)在新合成的cDNA的3’末端，多加出幾個(gè)C堿基來。武漢全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄學(xué)組費(fèi)用RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)：RNA-seq技術(shù)可以檢測(cè)到低水平表達(dá)、未識(shí)別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面，與基因芯片相比，RNA-Seq有一個(gè)更廣的檢測(cè)動(dòng)態(tài)范圍，可以研究編碼和非編碼RNA，更易于基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物，檢測(cè)到等位基因的具體表達(dá)方式，也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細(xì)胞研究中，一個(gè)主要優(yōu)勢(shì)是可以分析整個(gè)轉(zhuǎn)錄序列，而不是有限制數(shù)量的基因，并且，研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的，他們可以相互結(jié)合使用，產(chǎn)生更多的生物學(xué)上重要的信息。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機(jī)制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學(xué)功能，如細(xì)胞增殖、細(xì)胞周期、侵襲和轉(zhuǎn)移等。近年來研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復(fù)、凋亡、增殖、細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn)，以及介導(dǎo)瘤耐藥的細(xì)胞內(nèi)酶，進(jìn)而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。有研究證實(shí)通過干擾環(huán)狀RNA的表達(dá)，可以提高瘤對(duì)藥物的敏感性，提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點(diǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)路線及研究意義：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái)，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針，即可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)，提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào)，更高的檢測(cè)通量以及更普遍的檢測(cè)范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。基于高通量測(cè)序平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息，從而進(jìn)行基因表達(dá)水平研究、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)研究、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)變異研究等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域。哈爾濱外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)定性分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)有高通量、更精確的數(shù)字信號(hào)。哈爾濱外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)定性分析

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念：宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是對(duì)某一特定時(shí)期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進(jìn)行高通量測(cè)序，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測(cè)序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄組中不只包含有微生物的物種信息，還有微生物的基因表達(dá)信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群，那么宏轉(zhuǎn)錄組則能告訴我們這些微生物，這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動(dòng)植物等關(guān)系的機(jī)制。宏轉(zhuǎn)錄組分析：從以G為單位的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步。現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline，直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進(jìn)行。哈爾濱外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)定性分析

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