深圳mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科，從RNA水平研究基因的表達(dá)情況。轉(zhuǎn)錄組測序是通過二代測序平臺(tái)快速全方面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列，可以用來研究基因表達(dá)量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和預(yù)測新的轉(zhuǎn)錄本等等。轉(zhuǎn)錄組（transcriptome），是指特定生長階段某組織或細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測。深圳mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)

全轉(zhuǎn)錄組測序：狹義的轉(zhuǎn)錄組默認(rèn)只包含mRNA，但是廣義的轉(zhuǎn)錄組指的是細(xì)胞或組織中所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，其中包含mRNA和非編碼RNA（non-codingRNA,ncRNA）。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調(diào)控功能的smallRNA（以miRNA為表示），長鏈非編碼RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）和環(huán)狀RNA（circularRNA,circRNA）上，而這幾類ncRNA的調(diào)控對象都和mRNA有關(guān)。因此，全轉(zhuǎn)錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉(zhuǎn)錄組測序即對以上四種ncRNA進(jìn)行測序，并分析這四者之間復(fù)雜的相互作用關(guān)系。濟(jì)南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)費(fèi)用轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性，且存在異質(zhì)性。而且這些細(xì)胞群中會(huì)存在不同類型的細(xì)胞，尤其是當(dāng)我們對整個(gè)組織進(jìn)行測序時(shí)，它們本身就是由不同類型的細(xì)胞組成的，而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測序，相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類型的差異，展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài)，所以說單細(xì)胞從這個(gè)來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測，不是用一堆細(xì)胞測。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機(jī)制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學(xué)功能，如細(xì)胞增殖、細(xì)胞周期、侵襲和轉(zhuǎn)移等。近年來研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復(fù)、凋亡、增殖、細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn)，以及介導(dǎo)瘤耐藥的細(xì)胞內(nèi)酶，進(jìn)而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。有研究證實(shí)通過干擾環(huán)狀RNA的表達(dá)，可以提高瘤對藥物的敏感性，提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點(diǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序包括mRNA和非編碼RNA。

什么叫轉(zhuǎn)錄組學(xué)？廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個(gè)特定細(xì)胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細(xì)胞功能的關(guān)系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和.研究生物細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄組的發(fā)生和變化規(guī)律的科學(xué)就稱為轉(zhuǎn)錄組學(xué)(tran—scriptomics)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組具有組織特異性的特點(diǎn)。濟(jì)南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法

轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以在單核苷酸水平對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測。深圳mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)

轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理?xiàng)l件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合，表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測序可以對所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的表達(dá)數(shù)據(jù)對生物樣本進(jìn)行研究，可以從整體上解釋生物學(xué)問題，探究生物體生理和疾病機(jī)理等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機(jī)制研究：利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可檢測瘤細(xì)胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機(jī)制。深圳mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)

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