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RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué):也被稱為整個(gè)轉(zhuǎn)錄組鳥測序(wts)。RNA-seq包含三個(gè)步驟:測序文庫的建立,在特定平臺中測序和生物信息學(xué)分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術(shù)對從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進(jìn)行測序。簡而言之,就是對剪切變體、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達(dá)水平和特定等位基因的表達(dá)情況進(jìn)行定性和定量分析。RNA-Seq原理:在對基因組測序和分析研究的同時(shí),復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測序技術(shù)平臺分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平情況,更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息,精確地識別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性(SPN),進(jìn)一步解析復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用:RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析(質(zhì)控,mapping,差異基因表達(dá)分析,SNV分析等)。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,不同組織:研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種,同一組織:研究基因在不同處理下,不同條件下的表達(dá)變化。同一組織,不同物種:研究基因的進(jìn)化關(guān)系。時(shí)間序列實(shí)驗(yàn):基因在不同時(shí)期的表達(dá)情況與發(fā)育的關(guān)系?;蚍诸悾赫业郊?xì)胞特異,疾病相關(guān),處理相關(guān)的基因表達(dá)模式,用于診斷疾病和預(yù)測等?;蚓W(wǎng)絡(luò)和通路:基因在細(xì)胞活動(dòng)中的功能,基因間的相互作用。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計(jì)探針。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序流程:1、樣品RNA準(zhǔn)備。2、測序文庫構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增。4、高通量測序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況:1、同一物種在發(fā)育過程中的各時(shí)間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異;2、不同品系之間存在的差異表達(dá)基因;3、不同的外界條件處理,如細(xì)菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫,對基因表達(dá)的影響;4、同一個(gè)體,不同組織之間的基因表達(dá)差異。簡而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptome)廣義上指某一生理?xiàng)l件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA);狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組具有很強(qiáng)的時(shí)間和空間特性,是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn),掌握了生物個(gè)體基因轉(zhuǎn)錄水平的變化,可深入了解其生命活動(dòng)特征和調(diào)控機(jī)制。通過新一代高通量測序,能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本的基因序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。
RNA-Seq,是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法:首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集,然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測序,在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝,從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本,進(jìn)而可以形成對該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析,則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化,針對關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路(Pathway)的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測范圍廣,高于6個(gè)數(shù)量級的動(dòng)態(tài)檢測范圍。山東SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法
轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)路線及研究意義:轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計(jì)探針,即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測,提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號,更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍,是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具?;诟咄繙y序平臺的轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息,從而進(jìn)行基因表達(dá)水平研究、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)研究、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)變異研究等。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
上海拜譜生物科技有限公司總部位于東川路555號丙樓1171室,是一家從事生物科技、醫(yī)療科技、化工科技和檢測科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),技術(shù)轉(zhuǎn)讓,技術(shù)咨詢,技術(shù)服務(wù),軟件開發(fā),化工原料及產(chǎn)品(除危險(xiǎn)化學(xué)品,監(jiān)控化學(xué)品,煙花爆竹,民用物,易制毒化學(xué)品)、儀器儀表的銷售。。。....的公司。拜譜生物擁有一支經(jīng)驗(yàn)豐富、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團(tuán)隊(duì),以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)。拜譜生物致力于把技術(shù)上的創(chuàng)新展現(xiàn)成對用戶產(chǎn)品上的貼心,為用戶帶來良好體驗(yàn)。拜譜生物始終關(guān)注商務(wù)服務(wù)行業(yè)。滿足市場需求,提高產(chǎn)品價(jià)值,是我們前行的力量。