遼寧空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細(xì)胞組織圖像和基因表達(dá)數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對(duì)組織進(jìn)行滲透，這意味著在細(xì)胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細(xì)胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合。因此，基因表達(dá)信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲(chǔ)的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的，因?yàn)閏dna - rna -雜交體的降解速度很快。此外，這是構(gòu)建可測(cè)序文庫(kù)之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來，可以在線訪問。這意味著在實(shí)踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達(dá)。因此，你可以在一個(gè)單一的實(shí)驗(yàn)中進(jìn)行新分析?？臻g轉(zhuǎn)錄組可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時(shí)用于識(shí)別潛在的細(xì)胞間相互作用。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準(zhǔn)確性高嗎？下圖是一個(gè)將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達(dá)，和已知的研究結(jié)果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準(zhǔn)備？空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)十分前沿的技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗。湖北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化，將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前可選的一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達(dá)情況，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)前沿技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗。

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進(jìn)行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，并進(jìn)行固定和透化，使細(xì)胞中的 mRNA 得到釋放，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上，從而獲取基因表達(dá)信息。空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟c。逆轉(zhuǎn)和文庫(kù)構(gòu)建：以捕獲的 RNA 為模板，進(jìn)行 cDNA 合成，和測(cè)序文庫(kù)制備?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟d。高通量上機(jī)測(cè)序：對(duì)制備好的測(cè)序文庫(kù)，進(jìn)行二代高通量短讀長(zhǎng)測(cè)序?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟e。數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果，確定哪些基因有表達(dá)，表達(dá)量高低，以及這些基因的空間位置信息。過真實(shí)研究案例聚焦包括單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞基因組、單細(xì)胞代謝組、空間轉(zhuǎn)錄組。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測(cè)基因表達(dá)的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失，使得我們?cè)跈z測(cè)基因表達(dá)的同時(shí)獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細(xì)胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測(cè)序深度不足等問題。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點(diǎn)，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。

scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補(bǔ)性質(zhì)的新方法。重慶空間轉(zhuǎn)錄組使用

HE 染色適用于空間轉(zhuǎn)錄組的組織學(xué)呈現(xiàn)方法。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

美國(guó)腦計(jì)劃啟動(dòng)的 BICCN 項(xiàng)目，該項(xiàng)目將整合不同類型細(xì)胞的分子、解剖學(xué)和生理學(xué)特性，創(chuàng)建小鼠腦細(xì)胞 3D 參考圖譜，同時(shí)也將基于人類和非人類靈長(zhǎng)類腦組織樣本，繪制腦細(xì)胞參考圖譜 ，其涉及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)主要包括 MERFISH 和 seqFISH。一些實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的重要技術(shù)，可以追溯到二十世紀(jì)七十年代，長(zhǎng)期以來，各種形式的原位雜交技術(shù)（ISH）已用于可視化空間中的基因表達(dá)。從技術(shù)原理中不難看出，空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)重要為特殊的載玻片。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，是一家服務(wù)型公司。公司業(yè)務(wù)分為科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢等，目前不斷進(jìn)行創(chuàng)新和服務(wù)改進(jìn)，為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。公司注重以質(zhì)量為中心，以服務(wù)為理念，秉持誠(chéng)信為本的理念，打造醫(yī)藥健康良好品牌。歐易生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實(shí)”的經(jīng)營(yíng)理念，全力打造公司的重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力。