青海歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組有什么用

人類細(xì)胞圖譜項(xiàng)目的主要目標(biāo)之一是描述所有細(xì)胞類型的空間關(guān)系。同時(shí)基于表達(dá)特征對(duì)多種細(xì)胞類型進(jìn)行空間映射，有助于研究不同細(xì)胞類型之間的相互作用。已經(jīng)發(fā)展了一些策略來檢測(cè)單細(xì)胞分辨率的空間基因表達(dá)譜，如Slide-seq、seqFISH或MERFISH。為了更有效地為研究群體探索空間基因表達(dá)數(shù)據(jù)，我們構(gòu)建了SpatialDB數(shù)據(jù)庫用于空間解析的轉(zhuǎn)錄組。

人類細(xì)胞圖譜項(xiàng)目極大地推動(dòng)了單細(xì)胞水平的生命科學(xué)研究?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)的發(fā)展和空間基因表達(dá)數(shù)據(jù)的快速積累是未來的發(fā)展趨勢(shì)。我們將繼續(xù)收集新的技術(shù)和數(shù)據(jù)集來更新SpatialDB。此外，我們將整合更多的工具和數(shù)據(jù)源來分析數(shù)據(jù). 10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)主要分為兩部分：組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊。青海歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組有什么用

 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(ST)是一種方法，允許在組織樣本中可視化和定量分析轉(zhuǎn)錄組與空間分辨率。通過在載玻片上排列含有位置條形碼的寡核苷酸的組織切片，該方法聲稱可以生成具有精確位置信息的高質(zhì)量的RNA-seq cDNA文庫。條形碼芯片有1007個(gè)帶有獨(dú)特條形碼序列的引物位點(diǎn)。每個(gè)位置都有一個(gè)直徑100μm(對(duì)應(yīng)于一個(gè)組織域)中心到中心的距離是200μm。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，在空間轉(zhuǎn)錄組樣本處理、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗(yàn)，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。山東歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域研究通過對(duì) ALS 小鼠疾病進(jìn)程（癥狀前、發(fā)病、癥狀期和終末期）的脊髓組織進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個(gè)芯片上每個(gè) spot 的基因表達(dá)信息進(jìn)行聚類，然后將 spot 根據(jù)坐標(biāo)位置序列放回到組織的圖像上，同時(shí)可以對(duì)每個(gè) gene 在組織上表達(dá)的空間位置進(jìn)行定位。獲得測(cè)序數(shù)據(jù)后，首先利用 Space Ranger  軟件可以自動(dòng)化的對(duì)圖像進(jìn)行處理、數(shù)據(jù)比對(duì)和 Barcode 處理。另外一個(gè)軟件 Loupe Cell Browser 是一個(gè)適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應(yīng)用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。

廣義上來說，目前一共有4種解析“空間性轉(zhuǎn)錄組”的策略：2.第一種是利用計(jì)算機(jī)算法，根據(jù)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來模擬重構(gòu)組織的空間形態(tài)。例如Seurat，這是一個(gè)在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中***用到的R包，我們可以利用scRNA-seq數(shù)據(jù)，加上對(duì)markegene進(jìn)行原位測(cè)序的結(jié)果來重構(gòu)組織的空間信息。3.第二種，激光顯微切割+二代測(cè)序（LCM+NGS）。這種技術(shù)對(duì)儀器和實(shí)驗(yàn)人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低，如果組織非常珍貴或者研究的內(nèi)容十分精細(xì)，可以考慮這個(gè)。但是這種策略比較難被官方干運(yùn)用。4.第三種策略，就是基于高分辨圖像的原位測(cè)序。**經(jīng)典的是smFISH當(dāng)然，這種方法的通量比較低。當(dāng)然隨著技術(shù)的發(fā)現(xiàn)，剛發(fā)布的FISH-seq技術(shù)通過多輪雜交的方式，已經(jīng)把測(cè)序通量提高到了10000+個(gè)轉(zhuǎn)錄本。5.***就是“基于空間條形碼（spatialbarcodes）的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。本文主要討論的也就是這種技術(shù)。后面主要討論的都是基于這種策略。 空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測(cè)基因表達(dá)的一種技術(shù)。

Visium空間轉(zhuǎn)錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么？10X Genomics測(cè)試過很多組織類型，絕大多數(shù)都可以用于空間轉(zhuǎn)錄組的分析。下圖是他們官網(wǎng)上測(cè)試過的組織類型的列表，測(cè)試過的組織都可以運(yùn)用在空間轉(zhuǎn)錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達(dá)玻片做正式實(shí)驗(yàn)前，務(wù)必用組織優(yōu)化的玻片測(cè)試一下，看組織能否用于空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)，同時(shí)也找到比較好的組織通透時(shí)間。切片厚度基本上以10μm為主，但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。只聽名字就想嘗試，不清楚空間轉(zhuǎn)錄組的原理及通過該技術(shù)究竟能拿到什么結(jié)果。湖南10x空間轉(zhuǎn)錄組

對(duì)于 EDA 以外的任務(wù)，用戶仍然經(jīng)常需要學(xué)習(xí)新的語法，轉(zhuǎn)換對(duì)象類型，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)仍然面臨許多挑戰(zhàn)。青海歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組有什么用

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進(jìn)行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，并進(jìn)行固定和透化，使細(xì)胞中的 mRNA 得到釋放，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上，從而獲取基因表達(dá)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟c。逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建：以捕獲的 RNA 為模板，進(jìn)行 cDNA 合成，和測(cè)序文庫制備?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟d。高通量上機(jī)測(cè)序：對(duì)制備好的測(cè)序文庫，進(jìn)行二代高通量短讀長測(cè)序?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟e。數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果，確定哪些基因有表達(dá)，表達(dá)量高低，以及這些基因的空間位置信息。青海歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組有什么用

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司位于聯(lián)航路1188號(hào)25幢。公司業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢等，價(jià)格合理，品質(zhì)有保證。公司從事醫(yī)藥健康多年，有著創(chuàng)新的設(shè)計(jì)、強(qiáng)大的技術(shù)，還有一批**的專業(yè)化的隊(duì)伍，確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務(wù)。歐易生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實(shí)”的經(jīng)營理念，全力打造公司的重點(diǎn)競爭力。