作為單細(xì)胞測序的一個(gè)重要里程碑，10x genomic公司于2016年2月推出10x Chromium Single Cell Gene Expression Solution，此平臺整合了儀器、試劑盒和信息學(xué)軟件，能精確對接illumina測序儀，因此可實(shí)現(xiàn)大量大細(xì)胞的快速高效標(biāo)記、測序和分析，獲得單細(xì)胞水平的基因表達(dá)譜和差異情況，并通過對復(fù)雜細(xì)胞群體進(jìn)行深入細(xì)致分析，繪制大規(guī)模單細(xì)胞表達(dá)圖譜。 以量化細(xì)胞內(nèi)的群體異質(zhì)性，并逐個(gè)鑒定細(xì)胞類型、細(xì)胞狀態(tài)和動(dòng)態(tài)細(xì)胞躍遷。除了有望鑒定新的細(xì)胞亞型和稀有細(xì)胞群體，單細(xì)胞技術(shù)還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)和基因調(diào)控關(guān)系。烈冰單細(xì)胞測序，助力您的深入科學(xué)探究。武...

RNA測序（RNA-seq）或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法作為一類強(qiáng)大的工具，可提供混合樣本的基因表達(dá)平均數(shù)據(jù)，幫助科學(xué)家開始揭示這種異質(zhì)性。隨后，技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細(xì)胞技術(shù)上達(dá)到新高度——使得科學(xué)家能夠定義細(xì)胞類型特異的基因表達(dá)，從過去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動(dòng)其表達(dá)模式的細(xì)胞異質(zhì)性。這讓研究人員能夠更詳細(xì)地表征組織異質(zhì)性，鑒定稀有細(xì)胞類型，并逐個(gè)細(xì)胞地仔細(xì)分析其分子機(jī)制。當(dāng)獲得了對其研究的生物系統(tǒng)更為真實(shí)的圖譜后，研究人員就有了更為堅(jiān)實(shí)可靠的知識基礎(chǔ)，并能在這個(gè)基礎(chǔ)上規(guī)劃下一步實(shí)驗(yàn)，以獲取更深入的可行動(dòng)見解。截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測序文章近20篇。長沙二代測序單細(xì)胞測...

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細(xì)胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí)，往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被沉默，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析，即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育，但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間，而是一個(gè)虛擬的時(shí)間，是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個(gè)樣本中，也會存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此，不論測定了多少樣本，我們都可以采用擬時(shí)序分析對樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。強(qiáng)勢發(fā)文！烈冰...

基因和基因產(chǎn)物并不是單獨(dú)運(yùn)作的，而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復(fù)雜通路、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng)，這些合在一起實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞、組織和生物體的運(yùn)作。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用，對于了解生物系統(tǒng)如何運(yùn)作至關(guān)重要?！睘榱送苿?dòng)科學(xué)發(fā)現(xiàn)，科學(xué)家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復(fù)雜性的研究工具。對于越來越多的研究人員來說，單細(xì)胞RNA測序和單細(xì)胞多組學(xué)——即在單細(xì)胞分辨率下對基因表達(dá)及其他基于DNA、RNA或蛋白質(zhì)的分析物進(jìn)行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學(xué)問題上已證實(shí)是行之有效的。十二年測序經(jīng)驗(yàn)，累計(jì)服務(wù)與5000余項(xiàng)重要科研項(xiàng)目。上海10X Genomics單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班單...

對于單細(xì)胞測序而言，常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜，在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項(xiàng)分析，并且數(shù)據(jù)分析時(shí)以細(xì)胞聚類（cell cluster）為討論對象，而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象，因此單細(xì)胞測序項(xiàng)目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴(yán)格，但是單細(xì)胞測序，特別是目的為圖譜研究時(shí)，需要通過提高樣本復(fù)雜度（增加樣本數(shù)），盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細(xì)胞圖譜信息。因此，單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)設(shè)計(jì)時(shí)首先需要保證生物學(xué)重復(fù)，不同樣本來源的樣本建議單獨(dú)進(jìn)行細(xì)胞解離和捕獲、建庫、測序，以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù)，單個(gè)樣本分別捕獲細(xì)胞時(shí)，后續(xù)分析除了整體分析以外，還可以做單樣本分析，保證分析的完備準(zhǔn)確性。烈冰單細(xì)胞...

烈冰生物成立于2010年，與時(shí)俱進(jìn)，堅(jiān)持為科研學(xué)者提供國際前沿的高通量測序?qū)嶒?yàn)和深度的生物信息數(shù)據(jù)分析服務(wù)，已逐步發(fā)展為單細(xì)胞多組學(xué)檢測服務(wù)****。專注于“單細(xì)胞測序系列技術(shù)服務(wù)”的專精領(lǐng)域，在上海、北京、廣州、西安和江西等地?fù)碛袛?shù)千平辦公場所，并布局多中心產(chǎn)品研發(fā)生產(chǎn)基地和營銷、運(yùn)營中心。2016年起連續(xù)被評為上海市****，60+項(xiàng)自主知識產(chǎn)權(quán)，轉(zhuǎn)化率近80%。產(chǎn)品覆蓋從單細(xì)胞測序，核測序，單細(xì)胞多組學(xué)，空間轉(zhuǎn)錄組測序等多組學(xué)聯(lián)合的實(shí)驗(yàn)+數(shù)據(jù)分析全流程服務(wù)平臺。為600+國內(nèi)高校和醫(yī)院、5000+深度合作學(xué)者用戶、10000+生命科學(xué)探索的重要科研項(xiàng)目在醫(yī)藥開發(fā)、科學(xué)研究、醫(yī)學(xué)及...

10× Genomics官方建議，當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時(shí)應(yīng)做去除死細(xì)胞操作，并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec)。需要注意到，去除死細(xì)胞的操作會損失一定的細(xì)胞數(shù)量，10× Genomics和Miltenyi Biotec都沒有給出單細(xì)胞懸液含有多少細(xì)胞數(shù)量才建議做去除死細(xì)胞的操作?；诹冶嗄陠渭?xì)胞測序?qū)嶒?yàn)經(jīng)驗(yàn)，建議當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測后，考慮對細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液（小于30%），懸液中細(xì)胞大量死亡，可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài)，失真嚴(yán)重，建議重新收集樣本進(jìn)行新...

科研的魅力之處，在于無窮盡的探尋生命的本底，通過單細(xì)胞測序，我們對組織的分子基礎(chǔ)的研究也從初級到深層，并在單細(xì)胞層面逐漸達(dá)成一致，那么不禁要問一句，組織的空間位置到底重不重要？空間異質(zhì)性是功能的關(guān)鍵特征，細(xì)胞的位置信息更能反應(yīng)細(xì)胞命運(yùn)調(diào)控機(jī)制和細(xì)胞譜系發(fā)生過程。因此時(shí)間和空間即像組織的AB面，而不可否認(rèn)的是，此時(shí)空間坐標(biāo)的記錄，像一個(gè)還未長大的娃娃，雖未觸及分子基礎(chǔ)研究的深層，但仍在努力攀登探尋生命本底的下一個(gè)高峰。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺，不依賴已有物種信息，可研究非模式物種，針對不同平臺的數(shù)據(jù)，制定多套流程；陜西高通量測序單細(xì)胞測序百萬通量平臺二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破，基于“邊合...

單細(xì)胞測序技術(shù)（Single Cell Sequencing）從一種新興的研究角度，借助已有的高通量測序手段，幫助研究者在樣本中細(xì)胞的異質(zhì)性、免疫微環(huán)境、發(fā)育學(xué)、免疫學(xué)以及其他領(lǐng)域中進(jìn)行單細(xì)胞層面的數(shù)據(jù)解析，解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題。這樣一個(gè)新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實(shí)驗(yàn)手段來支撐。BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備，保證了從單細(xì)胞懸液質(zhì)量評估到單細(xì)胞分選標(biāo)記過程中每一個(gè)實(shí)驗(yàn)步驟的準(zhǔn)確質(zhì)控。NovelBio單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)借助BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)，在實(shí)驗(yàn)實(shí)施層面對單細(xì)胞測序結(jié)果的可靠性提供了強(qiáng)有力的...

Fluidigm C1平臺作為應(yīng)用于單細(xì)胞測序（Single Cell RNA Sequencing）領(lǐng)域的商業(yè)化分選技術(shù)，基于富魯達(dá)（Fluidigm?）的微流控技術(shù)，大約在幾個(gè)小時(shí)中可以捕獲96個(gè)左右的細(xì)胞，進(jìn)行各類的Single-Cell測序建庫。當(dāng)然，通量還是比較小。但不可否認(rèn)的是，現(xiàn)在很多非RNA類Single Cell測序，仍然在采用這樣的技術(shù)，如Single Cell DNA-Seq，Single Cell ATAC-Seq等，都是采用此技術(shù)進(jìn)行單細(xì)胞分選后再分別用不同試劑盒建庫。所以可以說，至少在10X和BD，或者其他企業(yè)推出有效的Single DNA測序技術(shù)之前，C1仍然會是...

一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲，小心得不償失，原因在這：單細(xì)胞測序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行，而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后，獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜，通過降維（pca），無監(jiān)督聚類以及可視化（t-SNE）得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式，因此即使是相同的數(shù)據(jù)，在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下，前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時(shí)，無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù)，都會對正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響，造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章，特別是很多高分文章，為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí)...

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，一列縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時(shí)候，就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。每一個(gè)油滴中會落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠，那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。從樣本處理到終端數(shù)據(jù)分析，只要您需要，烈冰提供全流程的無憂服務(wù)。北京10X Ch...

相對于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題，10X平臺普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細(xì)胞量，這個(gè)量級的測序細(xì)胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此，這兩種技術(shù)對于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上，無論是從細(xì)胞數(shù)量上來說還是表達(dá)檢測可靠性來說，都會更實(shí)用。同時(shí)依托Random Cell Label技術(shù)，使得其對于NovaSeq、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象，相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說，影響幾乎可以忽略不計(jì)（10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結(jié)果，顯示...

基于10X Geomics 動(dòng)態(tài)微流控技術(shù)，利用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切開放染色質(zhì)，形成短片段，單細(xì)胞ATAC測序在表觀基因組學(xué)水平上，揭示單細(xì)胞染色質(zhì)的可及性問題，區(qū)分細(xì)胞異質(zhì)性，獲得開放染色質(zhì)的位置、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息，是單細(xì)胞表觀遺傳學(xué)的重要突破：分析每個(gè)細(xì)胞數(shù)千個(gè)獨(dú)特的染色質(zhì)開放區(qū)域，識別細(xì)胞類型和細(xì)胞狀態(tài)；識別重要的轉(zhuǎn)錄因子，進(jìn)行譜系和發(fā)育追蹤；探究驅(qū)動(dòng)細(xì)胞類型和狀態(tài)之間基因表達(dá)差異的非編碼序列；探究細(xì)胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征等。是當(dāng)前重要的多組學(xué)研究基因表達(dá)和表觀遺傳學(xué)的手段。烈冰引進(jìn)國際主流單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺，保障細(xì)胞精度的前提下提供組織...

Fluidigm C1平臺作為應(yīng)用于單細(xì)胞測序（Single Cell RNA Sequencing）領(lǐng)域的商業(yè)化分選技術(shù)，基于富魯達(dá)（Fluidigm?）的微流控技術(shù)，大約在幾個(gè)小時(shí)中可以捕獲96個(gè)左右的細(xì)胞，進(jìn)行各類的Single-Cell測序建庫。當(dāng)然，通量還是比較小。但不可否認(rèn)的是，現(xiàn)在很多非RNA類Single Cell測序，仍然在采用這樣的技術(shù)，如Single Cell DNA-Seq，Single Cell ATAC-Seq等，都是采用此技術(shù)進(jìn)行單細(xì)胞分選后再分別用不同試劑盒建庫。所以可以說，至少在10X和BD，或者其他企業(yè)推出有效的Single DNA測序技術(shù)之前，C1仍然會是...

烈冰與國內(nèi)高校、研究所、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作，服務(wù)于600+臨床與研究機(jī)構(gòu)，1000+客戶和5000+重要科研項(xiàng)目，助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國際學(xué)術(shù)期刊（不完全統(tǒng)計(jì)），在單細(xì)胞領(lǐng)域，烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇，總IF＞300+，IF＞10+以上文章占比65%以上，包含Immunity、Nature Cell Biology、Nature Plants 、Advanced Science等生物領(lǐng)域國際主流學(xué)術(shù)期刊，已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機(jī)制，免疫研究、腦神經(jīng)、白血病、胚胎發(fā)育、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等。烈冰科技已建立了多種國際...

現(xiàn)有的單細(xì)胞測序技術(shù)陣營在幾個(gè)主要領(lǐng)域存在差別。一個(gè)是分隔單個(gè)細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺。在這個(gè)空間，單個(gè)細(xì)胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識別。現(xiàn)有技術(shù)的另一個(gè)主要區(qū)別是如何添加索引，就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細(xì)胞測序平臺采用動(dòng)態(tài)微流控技（Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理）。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，其中一列縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時(shí)候，就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。每一個(gè)油滴中會落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠...

烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè)，為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù)，先后經(jīng)歷基因芯片時(shí)代、基因測序、轉(zhuǎn)錄組測序時(shí)代...在科技日新月異的洪流中始終獨(dú)占鰲頭。2018年以來，單細(xì)胞測序進(jìn)入發(fā)展的快車道，烈冰作為國內(nèi)首批引進(jìn)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)雙平臺的公司，依托自主研發(fā)的NovelBrain?生物大數(shù)據(jù)分析平臺，為用戶提供一站式全流程的單細(xì)胞測序服務(wù)和解決方案。4年的單細(xì)胞技術(shù)的積累，烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種，皮膚、腦、脂肪、心臟、花序等50+組織類型，100+細(xì)胞類型，1000+靶標(biāo)基因，10000+樣本處理經(jīng)驗(yàn)。單細(xì)胞測序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)...

針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞上樣數(shù)，為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好？一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機(jī)細(xì)胞懸液濃度固定時(shí)，如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000，上樣細(xì)胞懸液體積勢必增加，在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想（細(xì)胞活性5%、結(jié)團(tuán)率均>5%）的情況下，引入的背景信號會增加，分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括：cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時(shí)，會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果！當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時(shí)，多細(xì)胞率會增加，數(shù)據(jù)分析時(shí)，此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢...

科研的魅力之處，在于無窮盡的探尋生命的本底，通過單細(xì)胞測序，我們對組織的分子基礎(chǔ)的研究也從初級到深層，并在單細(xì)胞層面逐漸達(dá)成一致，那么不禁要問一句，組織的空間位置到底重不重要？空間異質(zhì)性是功能的關(guān)鍵特征，細(xì)胞的位置信息更能反應(yīng)細(xì)胞命運(yùn)調(diào)控機(jī)制和細(xì)胞譜系發(fā)生過程。因此時(shí)間和空間即像組織的AB面，而不可否認(rèn)的是，此時(shí)空間坐標(biāo)的記錄，像一個(gè)還未長大的娃娃，雖未觸及分子基礎(chǔ)研究的深層，但仍在努力攀登探尋生命本底的下一個(gè)高峰。截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測序文章近20篇。長沙10X Chromium X單細(xì)胞測序百萬通量平臺一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲，小心得不償失，原因在這：單細(xì)胞測序所有的...

相對于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題，10X平臺普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細(xì)胞量，這個(gè)量級的測序細(xì)胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此，這兩種技術(shù)對于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上，無論是從細(xì)胞數(shù)量上來說還是表達(dá)檢測可靠性來說，都會更實(shí)用。同時(shí)依托Random Cell Label技術(shù)，使得其對于NovaSeq、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象，相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說，影響幾乎可以忽略不計(jì)（10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結(jié)果，顯示...

針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過濾標(biāo)準(zhǔn)：由于細(xì)胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中，并且測序中也會存在一些死細(xì)胞，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來過濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10× Genomics為例，細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn)，當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候，結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候，選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn)；否則，選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因...

細(xì)胞計(jì)數(shù)和活力評估在評估樣本質(zhì)量時(shí)，需要在細(xì)胞清洗和過濾之后測定細(xì)胞活力，這一點(diǎn)至關(guān)重要。測定細(xì)胞活力有許多種方法，烈冰多年單細(xì)胞測序經(jīng)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)臺盼藍(lán)法在鑒定活細(xì)胞與死細(xì)胞的比例時(shí)效果很好。細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性以及目標(biāo)回收量和實(shí)際回收量之間的一致性，取決于我們了解樣本中有多少個(gè)細(xì)胞。一旦過濾和清洗完成，可采用細(xì)胞計(jì)數(shù)設(shè)備（如血球計(jì)數(shù)器或自動(dòng)細(xì)胞計(jì)數(shù)儀）進(jìn)行定量。這些設(shè)備不但能提供準(zhǔn)確的細(xì)胞計(jì)數(shù)，還能計(jì)算出向微流體芯片上樣適量細(xì)胞所需的細(xì)胞懸液體積。烈冰測序服務(wù)已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表。廈門單細(xì)胞測序商業(yè)化服務(wù)從單細(xì)胞測序描述性分析轉(zhuǎn)向復(fù)雜樣本中不同細(xì)胞類型的功能解析，越來越需要一種多組學(xué)...

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，一列縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時(shí)候，就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。每一個(gè)油滴中會落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠，那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測序文章近20篇。烈冰科技單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)...

單細(xì)胞測序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量，龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺和分析能力有著很高的要求，首先針對下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié)：單細(xì)胞測序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列，不可避免的會出現(xiàn)低質(zhì)量的測序結(jié)果，存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評估就會變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過測序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征，即堿基測序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性，為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。十二年測序經(jīng)驗(yàn)，累計(jì)服務(wù)與5000余項(xiàng)重要科研項(xiàng)目。二代測序單細(xì)胞測序多組學(xué)測序單細(xì)胞測序技術(shù)（Single Cell Sequenc...

RNA測序（RNA-seq）或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法作為一類強(qiáng)大的工具，可提供混合樣本的基因表達(dá)平均數(shù)據(jù)，幫助科學(xué)家開始揭示這種異質(zhì)性。隨后，技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細(xì)胞技術(shù)上達(dá)到新高度——使得科學(xué)家能夠定義細(xì)胞類型特異的基因表達(dá)，從過去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動(dòng)其表達(dá)模式的細(xì)胞異質(zhì)性。這讓研究人員能夠更詳細(xì)地表征組織異質(zhì)性，鑒定稀有細(xì)胞類型，并逐個(gè)細(xì)胞地仔細(xì)分析其分子機(jī)制。當(dāng)獲得了對其研究的生物系統(tǒng)更為真實(shí)的圖譜后，研究人員就有了更為堅(jiān)實(shí)可靠的知識基礎(chǔ)，并能在這個(gè)基礎(chǔ)上規(guī)劃下一步實(shí)驗(yàn)，以獲取更深入的可行動(dòng)見解。單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài)，并鑒定細(xì)胞的類型。溫州烈冰單細(xì)胞測序單細(xì)胞多...

現(xiàn)有的單細(xì)胞測序技術(shù)陣營在幾個(gè)主要領(lǐng)域存在差別。一個(gè)是分隔單個(gè)細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺。在這個(gè)空間，單個(gè)細(xì)胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識別?，F(xiàn)有技術(shù)的另一個(gè)主要區(qū)別是如何添加索引，就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細(xì)胞測序平臺采用動(dòng)態(tài)微流控技（Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理）。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，其中一列縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時(shí)候，就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。每一個(gè)油滴中會落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠...

單細(xì)胞多組學(xué)帶來的突破 單細(xì)胞測序方法不但改進(jìn)了實(shí)驗(yàn)過程，還幫助科學(xué)家在健康和疾病研究的關(guān)鍵領(lǐng)域取得新進(jìn)展。那些過去從轉(zhuǎn)錄平均值或單項(xiàng)參數(shù)讀取中無法獲得的新發(fā)現(xiàn)正在改變我們對傳染病、神經(jīng)退行性疾病等疾病的認(rèn)識。從鑒定新的細(xì)胞類型和狀態(tài)，到揭開疾病用藥應(yīng)答和耐藥的潛在機(jī)制，單細(xì)胞測序正在推動(dòng)突破性的研究，有望改變生物學(xué)和醫(yī)療。無論是無法解釋的疾病，還是人體或自然界中尚未探索的系統(tǒng)，曾經(jīng)模糊的東西正變得越來越清晰。隨著我們邁向科學(xué)的未來，我們手頭的工具就像伽利略的望遠(yuǎn)鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數(shù)，而定義科學(xué)未來的知識新深度是十年前的人們所無法想象的。全線搭建10x Genomics單細(xì)胞測序平臺...

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，一列縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時(shí)候，就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。每一個(gè)油滴中會落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠，那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。十二年測序經(jīng)驗(yàn)，烈冰生物單細(xì)胞多組學(xué)領(lǐng)域的佼佼者。武漢10X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可...

基于10X Geomics 動(dòng)態(tài)微流控技術(shù)，利用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切開放染色質(zhì)，形成短片段，單細(xì)胞ATAC測序在表觀基因組學(xué)水平上，揭示單細(xì)胞染色質(zhì)的可及性問題，區(qū)分細(xì)胞異質(zhì)性，獲得開放染色質(zhì)的位置、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息，是單細(xì)胞表觀遺傳學(xué)的重要突破：分析每個(gè)細(xì)胞數(shù)千個(gè)獨(dú)特的染色質(zhì)開放區(qū)域，識別細(xì)胞類型和細(xì)胞狀態(tài)；識別重要的轉(zhuǎn)錄因子，進(jìn)行譜系和發(fā)育追蹤；探究驅(qū)動(dòng)細(xì)胞類型和狀態(tài)之間基因表達(dá)差異的非編碼序列；探究細(xì)胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征等。是當(dāng)前重要的多組學(xué)研究基因表達(dá)和表觀遺傳學(xué)的手段。測序可準(zhǔn)確地分析基因表達(dá)差異、基因結(jié)構(gòu)變異、篩選分子標(biāo)記（SNPs或SS...