10XVisium的實(shí)驗(yàn)主要分為兩部分:組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊。組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像,記錄切片的形態(tài)學(xué)信息;組學(xué)板塊包括cDNA的合成、擴(kuò)增、接頭連接和測序,記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息。具體實(shí)驗(yàn)流程如下:A、切片制備和優(yōu)化:取新鮮組織、冷凍、切片,并進(jìn)行HE染色成像,優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域。B、切片固定和透化:將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,并進(jìn)行固定和透化,使細(xì)胞中的mRNA得到釋放,并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上,從而獲取基因表達(dá)信息。C、逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建:以捕獲的RNA為模板,進(jìn)行cDNA合成,和測序文庫制備。D、高通量上機(jī)測序:對制備好的測序文庫,進(jìn)行二代高通量短讀長測序。E、數(shù)據(jù)可視化分析:結(jié)合HE結(jié)果,確定哪些基因有表達(dá),表達(dá)量高低,以及這些基因的空間位置信息烈冰空間轉(zhuǎn)錄組,多平臺任意選擇,隨心組合,優(yōu)化您的科學(xué)研究,助力探索新的科學(xué)視角。武漢scRNA空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
所謂的高通量測序技術(shù),又名大規(guī)模平行測序,是將DNA(或者cDNA)隨機(jī)片段化、加接頭,制備測序文庫,通過對文庫中數(shù)以萬計的克隆(colony)進(jìn)行延伸反應(yīng),檢測對應(yīng)的信號并獲取序列信息。與傳統(tǒng)測序法相比,高通量測序技術(shù)在處理大規(guī)模樣品時具有強(qiáng)大的優(yōu)勢,又快(兩天)又多(數(shù)百萬克?。?,成為目前組學(xué)研究的主要技術(shù)??臻g轉(zhuǎn)錄組測序是一個系統(tǒng)的工程,開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配,如果匹配,實(shí)驗(yàn)過程如何規(guī)劃,實(shí)驗(yàn)平臺如何選擇,樣本如何制備,數(shù)據(jù)如何分析等等,而在這一切開始之前,我們的服務(wù)就已經(jīng)開始了,從銷售到實(shí)驗(yàn)到專業(yè)技術(shù)支持,我們開通全線對接渠道,幫助您快速定位項目訴求,提供從實(shí)驗(yàn)設(shè)計到文章發(fā)表的全流程,我們始終是您貼心的科學(xué)合作伙伴。深圳BD空間轉(zhuǎn)錄組測序烈冰全線實(shí)驗(yàn)平臺滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復(fù)雜疾病研究的測序。
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Spatial Transcriptomics)是指在組織切片上完成,保留樣本空間信息的組學(xué)研究??臻g轉(zhuǎn)錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況,揭示精細(xì)病理區(qū)域中激發(fā)的信號通路,完成分子特征驅(qū)動病理特征的機(jī)制解析。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)完成了病理數(shù)字化結(jié)合病理影像化的技術(shù)革新,對于診斷標(biāo)志物、耐藥位點(diǎn)以及靶向藥物的研發(fā),免疫治等新興領(lǐng)域都具有重要作用。當(dāng)組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時,通過透化處理,細(xì)胞內(nèi)的mRNA釋放出來,從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機(jī)測序,可以將每個mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。
空間轉(zhuǎn)錄組測序的關(guān)鍵就在于,解決了空間位置保留的問題。被放置在芯片區(qū)域內(nèi)的冰凍組織切片在經(jīng)過H&E染色和成像記錄后,會被進(jìn)行透化處理,釋放細(xì)胞中的RNA。芯片上的捕獲引物的中段設(shè)置了帶有獨(dú)特標(biāo)識的條形碼區(qū)域。芯片被劃分為了數(shù)個不同的捕獲區(qū)域,每個捕獲區(qū)域中錨定的引物都帶有不同的條形碼序列。每個區(qū)域?qū)?yīng)的組織位置會被記錄下來,然后再進(jìn)行測序后,通過條形碼將不同區(qū)域的測序結(jié)果,映射到對應(yīng)的組織位置上,拼貼形成組織樣品的空間轉(zhuǎn)錄組圖像。烈冰生物成立于2010年,專注于空間轉(zhuǎn)錄組測序領(lǐng)域科研服務(wù)。
解決空間轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析中由于超大數(shù)據(jù)量、超高的質(zhì)控要求以及繁多分析需求而引起的分析困難,做到快速可定制化完成空間轉(zhuǎn)錄組分析;擁有行業(yè)先進(jìn)的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的數(shù)字切片掃描儀,可以同時實(shí)現(xiàn)明場與熒光場下冷凍切片的快速掃描成像;Z-Stack多層聚焦掃描及Extended Focus 景深擴(kuò)展多層融合掃描模式,進(jìn)一步提升分辨率和清晰度,保證切片高分辨的數(shù)字圖像信息精細(xì)采集;能夠滿足針對分析結(jié)果中感興趣基因的RNA-FISH驗(yàn)證以及組織切片的免疫組化的高清成像,獲取表達(dá)與定位信息。烈冰實(shí)驗(yàn)室包含從樣本處理到測序下機(jī)的全套實(shí)驗(yàn)平臺。西安BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司
豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),烈冰配套全程個性化、定制化地數(shù)據(jù)分析服務(wù)。武漢scRNA空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
烈冰生信團(tuán)隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,針對龐大的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細(xì)胞類型鑒定的快、精、準(zhǔn):一鍵導(dǎo)入genelist構(gòu)建個性化基因列表;輕松一點(diǎn)即可展示Marker基因的Featureplot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細(xì)胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達(dá)的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來調(diào)節(jié)美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團(tuán)隊和自主分析用戶實(shí)現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動化分析,節(jié)省您的工作時間并提升整體工作效率。武漢scRNA空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
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