陜西BD單細(xì)胞平臺(tái)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-08-31

對(duì)于單細(xì)胞測(cè)序而言,常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項(xiàng)分析,并且數(shù)據(jù)分析時(shí)以細(xì)胞聚類(cellcluster)為討論對(duì)象,而不是像常規(guī)Bulk測(cè)序一樣以組別為分析對(duì)象,因此單細(xì)胞測(cè)序項(xiàng)目對(duì)樣本入組要求沒有Bulk測(cè)序那樣嚴(yán)格,但是單細(xì)胞測(cè)序,特別是目的為圖譜研究時(shí),需要通過提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細(xì)胞圖譜信息。因此,單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)設(shè)計(jì)時(shí)首先需要保證生物學(xué)重復(fù),不同樣本來源的樣本建議單獨(dú)進(jìn)行細(xì)胞解離和捕獲、建庫、測(cè)序,以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù),單個(gè)樣本分別捕獲細(xì)胞時(shí),后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準(zhǔn)確性?;凇办o態(tài)蜂巢”技術(shù),實(shí)現(xiàn)落孔細(xì)胞的物力分割和磁珠的一對(duì)一匹配。陜西BD單細(xì)胞平臺(tái)

多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時(shí),各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計(jì)算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進(jìn)行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測(cè)序深度標(biāo)化到同一水平,從而避免因測(cè)序深度差異導(dǎo)致的基因檢測(cè)數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!廣州BD Rhapsody單細(xì)胞平臺(tái)BD Scanner,是您實(shí)驗(yàn)過程的又一雙眼睛,實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè),精細(xì)質(zhì)控。

據(jù)不完全統(tǒng)計(jì),截至2022年6月,烈冰生物助力發(fā)表單細(xì)胞文章近40篇,從平臺(tái)應(yīng)用比例來看,應(yīng)用10XGenomics和BDRhapsody兩大平臺(tái)發(fā)文比例各占50%左右,研究類型涵蓋疾病發(fā)展,靶點(diǎn)探索,免疫研究,神經(jīng)發(fā)育,干細(xì)胞分化,植物發(fā)育,退行病變,糖尿病,COVID-19等等研究;從發(fā)表期刊水平來看,烈冰生物聯(lián)合發(fā)表的單細(xì)胞文章,CNS一區(qū)期刊占比在30%以上,其中包括immunity三篇,Nature子刊3篇(Naturecellbiology,NaturePlants,Naturecommunication),風(fēng)濕類領(lǐng)域ARD期刊1篇,CUT1篇,AdvancedScience多篇,IF大于10分以上文章占比高達(dá)68.5%,烈冰專屬單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)團(tuán)隊(duì),將與您攜手譜寫下一篇“高分”新文章。

對(duì)于稀有樣本,或細(xì)胞量比較少的稀有組織,樣本中每一粒細(xì)胞都很珍貴,BDRhapsody單細(xì)胞捕獲平臺(tái)對(duì)該種類型的樣本能實(shí)現(xiàn)友好包容,如果在實(shí)際實(shí)驗(yàn)中,我們發(fā)現(xiàn)因?yàn)闃颖绢愋秃椭苽鋯渭?xì)胞懸液方法的不同,容易出現(xiàn)單細(xì)胞懸液中死亡細(xì)胞的比例較高的情況。也會(huì)和您探討是否考慮去除單細(xì)胞懸液中的死細(xì)胞和其他污染物的操作,以獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)是至關(guān)重要的。這是因?yàn)椋劳龅募?xì)胞易裂解導(dǎo)致其中的RNA釋放出來。這種cell-freeRNA會(huì)導(dǎo)致檢測(cè)的背景噪聲,并會(huì)影響單細(xì)胞數(shù)據(jù)的質(zhì)量。因此當(dāng)樣本活性較差時(shí),對(duì)細(xì)胞懸液中細(xì)胞活性檢測(cè)后,需要進(jìn)行一般死細(xì)胞去除的工作(一般懸液活性小于70%時(shí)考慮此操作),以保證較高的上機(jī)捕獲細(xì)胞的質(zhì)量。單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái),烈冰提供高性價(jià)比服務(wù)方案。

烈冰生物BD Rhapsody平臺(tái),采用精簡(jiǎn)的工作流程助力您的實(shí)驗(yàn)成功: 1.制備單細(xì)胞懸液:可使用碧迪醫(yī)療單細(xì)胞多樣本分析試劑盒和 /或BD Ab-seq寡核苷酸偶聯(lián)抗體( Ab-Oligos)將細(xì)胞染色 2.微孔板預(yù)充和處理:使用自動(dòng)移液器進(jìn)行液體交換 3.單細(xì)胞捕獲工作流程: (1)細(xì)胞上樣:上樣 575微升細(xì)胞懸液;系統(tǒng)未采用微流體通道設(shè)計(jì),無需擔(dān)心通道堵寨;通過重力輕輕沉淀細(xì)胞,可捕獲脆弱細(xì)胞,BD Rhapsody微孔板包含大于220,000個(gè)分區(qū),可在低雙細(xì)胞率下捕獲多達(dá)40000個(gè)細(xì)胞 (2)細(xì)胞上樣掃描:估算捕獲的活細(xì)胞數(shù)量和細(xì)胞多態(tài)率 (3)磁珠上樣:微孔的正六邊形幾何形狀和尺寸可防止磁珠多重分配在微孔中 (4)磁珠上樣和磁珠洗滌掃描:估算包含活細(xì)胞和磁珠的微孔數(shù)量;測(cè)定細(xì)胞存留率,評(píng)估是否發(fā)生細(xì)胞損失 (5)細(xì)胞裂解:使用裂解緩沖液,確保細(xì)胞完全裂解 (6)磁珠回收:輕松、高效地磁性回收磁珠并采用Scanner掃描磁珠回收情況助力探索生命時(shí)空多維度的動(dòng)態(tài)變化的生物學(xué)信息;助力醫(yī)療健康時(shí)代!杭州BD單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序

烈冰實(shí)驗(yàn)室包含從樣本處理到測(cè)序下機(jī)的全套實(shí)驗(yàn)平臺(tái)。陜西BD單細(xì)胞平臺(tái)

從單細(xì)胞測(cè)序描述性分析轉(zhuǎn)向復(fù)雜樣本中不同細(xì)胞類型的功能解析,越來越需要一種多組學(xué)的細(xì)胞生物學(xué)視角。通過單細(xì)胞多組學(xué)——即對(duì)不同組學(xué)的數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和整合——科學(xué)家能夠從同一個(gè)單細(xì)胞來源中檢測(cè)多種細(xì)胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)、細(xì)胞表面蛋白表達(dá)、免疫組庫序列(包括T細(xì)胞和B細(xì)胞受體)以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個(gè)實(shí)驗(yàn)可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù),研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應(yīng)引起的錯(cuò)誤,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時(shí)間)。陜西BD單細(xì)胞平臺(tái)

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