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當(dāng)前的技術(shù)主要有四種策略:1、基于組學(xué)實(shí)驗(yàn)結(jié)合空間重建的計(jì)算策略這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢(shì),從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而,這些推論方法在某些情況下只呈現(xiàn)空間趨勢(shì)或特定組織的總體布局。2激光切割與NGS測(cè)序結(jié)合的策略基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組,盡管其通量很低,但是在可以標(biāo)記成千上萬(wàn)個(gè)單個(gè)細(xì)胞位買的多路復(fù)用條形碼策路可行之前,將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成組織的巨大背景中,可能具有一定價(jià)值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學(xué)基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測(cè)區(qū)域,但也存在一些問(wèn)題,例如幾種smFISH方法很難從包括信號(hào)干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞。4、基于身核苷酸的空間條碼加上NGS測(cè)序?;驕y(cè)序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)已由實(shí)驗(yàn)室研究逐漸演變到臨床應(yīng)用,是下一個(gè)改變世界的技術(shù)。武漢BD空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),針對(duì)龐大的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細(xì)胞類型鑒定的快、精、準(zhǔn):一鍵導(dǎo)入genelist構(gòu)建個(gè)性化基因列表;輕松一點(diǎn)即可展示Marker基因的Featureplot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細(xì)胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達(dá)的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過(guò)調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來(lái)調(diào)節(jié)美觀。平臺(tái)上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團(tuán)隊(duì)和自主分析用戶實(shí)現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動(dòng)化分析,節(jié)省您的工作時(shí)間并提升整體工作效率。武漢烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序自主研發(fā)PanoCell單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)測(cè)序平臺(tái)。
空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析策略進(jìn)行分析,例如,利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時(shí)期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號(hào)通路及其關(guān)鍵基因的較大情況,揭示在特定發(fā)育時(shí)期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學(xué)過(guò)程。針對(duì)任何一個(gè)基因,空間轉(zhuǎn)錄組可以顯示表達(dá)該基因的點(diǎn)陣及其空間排布;單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組可以給出該基因表達(dá)的細(xì)胞類群;原位測(cè)序可以給出該基因在細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)狀況。通過(guò)不同發(fā)育時(shí)間點(diǎn)的信息比較,可以分析細(xì)胞類群在某個(gè)部位在不同時(shí)間點(diǎn)的差異,給出其在細(xì)胞內(nèi)的真實(shí)的演變狀況。
烈冰提供空間轉(zhuǎn)錄組全流程服務(wù),包括樣本包埋、貼片、選片、HE染色、拍照成像、組織透化、建庫(kù)測(cè)序以及后續(xù)的FISH驗(yàn)證等各個(gè)步驟,為您提供無(wú)憂服務(wù)。烈冰搭建了以萊卡CM1950冷凍切片機(jī)、尼康多熒光通路全自動(dòng)掃描顯微鏡、3Dhistech-midi數(shù)字掃描儀為基礎(chǔ)的先進(jìn)實(shí)驗(yàn)平臺(tái),并制定嚴(yán)格規(guī)范的實(shí)驗(yàn)室SOP,經(jīng)過(guò)大量的切片、貼片實(shí)操演練,對(duì)不同類型組織的切片厚度、溫度進(jìn)行優(yōu)化,確保獲得更好質(zhì)量的冷凍切片。利用NovelBrain云分析平臺(tái),搭建0代碼需求的空間轉(zhuǎn)錄組分析流程,準(zhǔn)確快速解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。取同一樣本組織的相鄰區(qū)域進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的整合分析,判定空間區(qū)域內(nèi)的細(xì)胞類別,精確解析組織空間內(nèi)的異質(zhì)化信息。烈冰科技成立10余年,為科研學(xué)者提供專注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。
在發(fā)育過(guò)程或疾病發(fā)生過(guò)程中,組織內(nèi)部的不同細(xì)胞經(jīng)歷了復(fù)雜的生物學(xué)過(guò)程,因此,組織內(nèi)部的異質(zhì)性研究是目前揭示重要生物學(xué)研究的一個(gè)重要研究手段。組織內(nèi)部的異質(zhì)性包括細(xì)胞類型的異質(zhì)性和空間位置的異質(zhì)性兩個(gè)層面,細(xì)胞類型異質(zhì)性可由單細(xì)胞測(cè)序來(lái)完美呈現(xiàn),而空間位置的異質(zhì)性,則需要可高通量地檢測(cè)全轉(zhuǎn)錄組空間信息的新型研究方法來(lái)解決。烈冰生物真正實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的全程把控,做到從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、空間信息標(biāo)記、建庫(kù)測(cè)序、定制化分析的全流程一站式服務(wù),助力高分文章發(fā)表??臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序機(jī)構(gòu),請(qǐng)認(rèn)準(zhǔn)上海烈冰生物科技。青島烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化
烈冰開展了空間轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞多組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案。武漢BD空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
單細(xì)胞測(cè)序是指針對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,可精確地描述每一個(gè)細(xì)胞的狀態(tài),在異質(zhì)性發(fā)育過(guò)程中具有不可忽視的應(yīng)用價(jià)值。然而,單細(xì)胞測(cè)序無(wú)法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息,對(duì)于揭示發(fā)育過(guò)程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性??臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序以點(diǎn)陣形式記錄病理切片細(xì)胞的空間信息并進(jìn)行測(cè)序,可以精確指示點(diǎn)陣內(nèi)的全部基因表達(dá)情況??臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的加入,無(wú)疑讓單細(xì)胞測(cè)序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質(zhì)性。武漢BD空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司位于江月路999號(hào)奇亞特中心22幢,是一家專業(yè)的生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場(chǎng)營(yíng)銷策劃,市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)),從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計(jì)算機(jī)、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】公司。專業(yè)的團(tuán)隊(duì)大多數(shù)員工都有多年工作經(jīng)驗(yàn),熟悉行業(yè)專業(yè)知識(shí)技能,致力于發(fā)展NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造的品牌。公司不僅*提供專業(yè)的生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場(chǎng)營(yíng)銷策劃,市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)),從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計(jì)算機(jī)、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】,同時(shí)還建立了完善的售后服務(wù)體系,為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。自公司成立以來(lái),一直秉承“以質(zhì)量求生存,以信譽(yù)求發(fā)展”的經(jīng)營(yíng)理念,始終堅(jiān)持以客戶的需求和滿意為重點(diǎn),為客戶提供良好的單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序,從而使公司不斷發(fā)展壯大。