寧波BD空間轉錄組數(shù)據(jù)分析

來源: 發(fā)布時間:2022-08-20

基因測序是基因檢測的方法之一,其又叫基因譜測序,是國際上公認的一種基因檢測標準。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定,被稱為下一代測序技術(nextgenerationsequencing),足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing)?;驕y序相關產(chǎn)品和技術已由實驗室研究逐漸演變到臨床應用,可以說,基因測序技術將是下一個改變世界的技術。國產(chǎn)化PanoCell空間轉錄組測序平臺,提供高性價比服務方案。寧波BD空間轉錄組數(shù)據(jù)分析

烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,針對龐大的單細胞測序數(shù)據(jù),能夠實現(xiàn)細胞類型鑒定的快、精、準:一鍵導入genelist構建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Featureplot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調節(jié)寬、高和系數(shù)比例來調節(jié)美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團隊和自主分析用戶實現(xiàn)分析工具和模板的快速調用和一站式全流程自動化分析,節(jié)省您的工作時間并提升整體工作效率。溫州空間轉錄組數(shù)據(jù)分析烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復雜疾病研究的測序。

所謂的高通量測序技術,又名大規(guī)模平行測序,是將DNA(或者cDNA)隨機片段化、加接頭,制備測序文庫,通過對文庫中數(shù)以萬計的克隆(colony)進行延伸反應,檢測對應的信號并獲取序列信息。與傳統(tǒng)測序法相比,高通量測序技術在處理大規(guī)模樣品時具有強大的優(yōu)勢,又快(兩天)又多(數(shù)百萬克?。?,成為目前組學研究的主要技術。空間轉錄組測序是一個系統(tǒng)的工程,開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配,如果匹配,實驗過程如何規(guī)劃,實驗平臺如何選擇,樣本如何制備,數(shù)據(jù)如何分析等等,而在這一切開始之前,我們的服務就已經(jīng)開始了,從銷售到實驗到專業(yè)技術支持,我們開通全線對接渠道,幫助您快速定位項目訴求,提供從實驗設計到文章發(fā)表的全流程,我們始終是您貼心的科學合作伙伴。

單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的科學突破。常規(guī)單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息,而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息。空間轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環(huán)境,將成為發(fā)育生物學、神經(jīng)生物學、免疫生物學等領域的研究利器。烈冰一站式多平臺測序服務:立足科學研究,解碼生命本質。

轉錄組分析指對細胞內(nèi)所有轉錄產(chǎn)物的分析。轉錄組測序一般是對用多聚胸腺嘧啶(oligo-dT)進行親和純化的RNA聚合酶II轉錄生成的成熟mRNA和ncRNA進行高通量測序。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉錄組測序無需預先針對已知序列設計探針,即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,提供更精確的數(shù)字化信號,是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。FFPE空間轉錄組技術原理 為同時獲得空間表達和組織學背景信息,該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進行組織學染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進行表達定量。烈冰智造空間轉錄組細胞捕獲,媲美國際主流的單細胞平臺。西安烈冰生物空間轉錄組服務機構

十二年測序經(jīng)驗,烈冰生物空間轉錄組領域的佼佼者。寧波BD空間轉錄組數(shù)據(jù)分析

空間轉錄組測序的數(shù)據(jù)質量和玻片有效區(qū)域的利用率、貼片的質量和透化時間息息相關。貼片質量不良會影響總的有效spot數(shù)等;而透化不合理會導致spot的reads數(shù)、基因中位數(shù)等參數(shù)。而在特異性基因表達方面,我們也可以統(tǒng)計空間轉錄組群體的特異性基因表達即Markergene,將他們在組織切片以及空轉上進行著色。我們也可以對于任意一個已知的基因或者數(shù)據(jù)庫中的一些細胞Marker,然后將其在基因表達在空間轉錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達進而了解,群體中的可能的細胞組成關系。寧波BD空間轉錄組數(shù)據(jù)分析

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