單細(xì)胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定?烈冰2000+項(xiàng)目消化經(jīng)驗(yàn),100+組織類型解離protocol,精心設(shè)計(jì)不同組織實(shí)驗(yàn)的解離、細(xì)胞懸浮實(shí)驗(yàn)體系,確保單細(xì)胞的獲得。凍存樣本無法實(shí)驗(yàn),珍貴樣本無法使用?烈冰采用國際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)胞過濾技術(shù),確保凍存組織使用。珍貴樣本,細(xì)胞數(shù)量太少,消化背景雜無法做單細(xì)胞?采用國際認(rèn)可的10XGenomics,BDRhapsody雙平臺模式,根據(jù)樣本實(shí)際情況和用戶需求提供客觀有效的實(shí)驗(yàn)方案,細(xì)胞量少,背景雜也能做單細(xì)胞。單細(xì)胞RNA分類精度不足,部分細(xì)胞無法細(xì)分?烈冰同時(shí)采用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),真正做到從上游到下游的全流程檢測,確保超高的細(xì)胞分類精度。單細(xì)胞測序因其強(qiáng)大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系,一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”。南通烈冰單細(xì)胞測序
10XGenomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,一列縱向孔道輸入細(xì)胞,凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時(shí)候,就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。每一個(gè)油滴中會落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠,那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構(gòu)建文庫。淄博10X Genomics單細(xì)胞測序豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),烈冰配套全程個(gè)性化、定制化地?cái)?shù)據(jù)分析服務(wù)。
RNA測序(RNA-seq)或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法作為一類強(qiáng)大的工具,可提供混合樣本的基因表達(dá)平均數(shù)據(jù),幫助科學(xué)家開始揭示這種異質(zhì)性。隨后,技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細(xì)胞技術(shù)上達(dá)到新高度——使得科學(xué)家能夠定義細(xì)胞類型特異的基因表達(dá),從過去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動(dòng)其表達(dá)模式的細(xì)胞異質(zhì)性。這讓研究人員能夠更詳細(xì)地表征組織異質(zhì)性,鑒定稀有細(xì)胞類型,并逐個(gè)細(xì)胞地仔細(xì)分析其分子機(jī)制。當(dāng)獲得了對其研究的生物系統(tǒng)更為真實(shí)的圖譜后,研究人員就有了更為堅(jiān)實(shí)可靠的知識基礎(chǔ),并能在這個(gè)基礎(chǔ)上規(guī)劃下一步實(shí)驗(yàn),以獲取更深入的可行動(dòng)見解。
針對單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析時(shí)的reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個(gè)細(xì)胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn),每個(gè)細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個(gè)細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型,例如成熟的B,T,粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等,他們的基因表達(dá)數(shù)較高,甚至可以超過1W,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時(shí),需要考察實(shí)際組織的細(xì)胞組成。烈冰專精單細(xì)胞多組學(xué)測序領(lǐng)域。
細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時(shí)間和空間順序發(fā)生,因此細(xì)胞類型和基因表達(dá)具有時(shí)間特異性和空間特異性。時(shí)間特異性可以通過收集不同時(shí)間點(diǎn)的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細(xì)胞懸液制備的過程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個(gè)問題,其以點(diǎn)陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性。ATCG堿基的排列組合構(gòu)成了測序的龐大世界。陜西10X Chromium X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化
單細(xì)胞科聯(lián)合空間轉(zhuǎn)錄組,展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況,揭示精細(xì)病理區(qū)域中“喚醒”的信號通路。南通烈冰單細(xì)胞測序
關(guān)于10XGenomics單細(xì)胞平臺的樣本類型和樣本制備:10X平臺在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊,獲得分離良好的細(xì)胞懸液、無細(xì)胞隨便、極少的細(xì)胞團(tuán)塊,且細(xì)胞活力高(>70%);此外,了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān)。各種尺寸不同的細(xì)胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達(dá)解決方案中使用的10XGenomics平臺兼容。一般來說,細(xì)胞制備方案將根據(jù)組織來源和細(xì)胞類型而變化。每種組織類型都是獨(dú)特的,因此,必須在開始任何單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)之前優(yōu)化樣本制備,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗(yàn),累積10+物種、50+組織的消化protocol,若您的樣本為組織,且尚未成功將組織樣本消化成單細(xì)胞懸液,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實(shí)驗(yàn)上的幫助。南通烈冰單細(xì)胞測序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司坐落在江月路999號奇亞特中心22幢,是一家專業(yè)的生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗(yàn)),從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計(jì)算機(jī)、軟件及耗材(除專控),軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動(dòng)】公司。公司目前擁有較多的高技術(shù)人才,以不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競爭力,加快企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新,實(shí)現(xiàn)穩(wěn)健生產(chǎn)經(jīng)營。公司以誠信為本,業(yè)務(wù)領(lǐng)域涵蓋單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序,我們本著對客戶負(fù)責(zé),對員工負(fù)責(zé),更是對公司發(fā)展負(fù)責(zé)的態(tài)度,爭取做到讓每位客戶滿意。公司力求給客戶提供全數(shù)良好服務(wù),我們相信誠實(shí)正直、開拓進(jìn)取地為公司發(fā)展做正確的事情,將為公司和個(gè)人帶來共同的利益和進(jìn)步。經(jīng)過幾年的發(fā)展,已成為單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序行業(yè)出名企業(yè)。