截至2022年6月，烈冰生物助力發(fā)表單細胞文章近40篇，從平臺應用比例來看，應用10X Genomics和BD Rhapsody兩大平臺發(fā)文比例各占50%左右，研究類型涵蓋疾病發(fā)展，靶點探索，免疫研究，神經發(fā)育，干細胞分化，植物發(fā)育，退行病變，糖尿病，COVID-19等等研究；從發(fā)表期刊水平來看，烈冰生物聯(lián)合發(fā)表的單細胞文章，CNS一區(qū)期刊占比在30%以上，其中包括immunity三篇，Nature子刊3篇（Nature cell biology,Nature Plants，Nature communication）,風濕類領域ARD期刊1篇，CUT 1篇，Advanced Science多篇，IF大于10分以上文章占比高達68.5%，烈冰專屬單細胞測序服務團隊，將與您攜手譜寫下一篇“高分”新文章。深度的單細胞測序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時代。南京二代測序單細胞測序技術支持
針對單細胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中：以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準，每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右；每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型，例如成熟的B，T，粒細胞數(shù)量較多的組織中，由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少，導致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等，他們的基因表達數(shù)較高，甚至可以超過1W，這就導致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此，我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時，需要考察實際組織的細胞組成。武漢10X Chromium X單細胞測序數(shù)據(jù)分析烈冰生物為您提供多平臺一站式全流程單細胞測序服務。
機體為響應各種應激，其細胞會從一種功能“狀態(tài)”轉變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當細胞在不同狀態(tài)之間轉變時，往往會經歷轉錄重組，導致一些基因被沉默，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細胞進行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態(tài)。擬時序分析，即根據(jù)不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況，構建細胞譜系發(fā)育，但這里的時間并不是真時間，而是一個虛擬的時間，是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中，也會存在多種不同的細胞形態(tài)。因此，不論測定了多少樣本，我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。
10XGenomics是一種基于drop的微流控技術，液體在配套芯片中的微管道中流動，因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制，微流體通道的直徑約為50~60um，因此捕獲細胞的直徑不能超過40um。當細胞直徑過大時，容易出現(xiàn)管道堵塞，造成GEM生成失敗，對于神經科學研究和心血管疾病研究的老師而言，準備采用單細胞技術用于課題研究的時候，往往會遇到一個尷尬的問題，就是目標細胞，例如神經元細胞、成熟心肌細胞由于體積過大，不適用于10X單細胞技術。其中神經元細胞的直徑很大，直接超過了芯片中管道的直徑，雖然心肌細胞直徑低于50um，但是成熟心肌細胞的長度很長，有可能堵塞通道造成實驗失敗，這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細胞文章，主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了，主要還是因為未發(fā)育成熟的心肌細胞比較小，不會出現(xiàn)堵塞管道的風險。因此可以考慮組織解離后過40um濾網，過濾掉大細胞，避免出現(xiàn)管道堵塞、實驗失敗的風險。此種方案的缺點是大細胞被過濾掉，丟失相關細胞數(shù)據(jù)；另外組織解離獲得高質量細胞懸液以后，繼續(xù)做細胞裂解抽細胞核，開展細胞核測序。具體可訪問烈冰官網給我們留言，烈小冰將安排專業(yè)技術為您詳細解答。烈冰測序服務已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表。
關于10XGenomics單細胞平臺的樣本類型和樣本制備：10X平臺在上機前需要注意細胞消化后的細胞團塊，獲得分離良好的細胞懸液、無細胞隨便、極少的細胞團塊，且細胞活力高（＞70%）；此外，了解您所研究細胞的大小范圍也很重要。細胞大小通常與細胞表達的轉錄本數(shù)量有關。各種尺寸不同的細胞（一般直徑不大于50μm）均可與我們基因表達解決方案中使用的10XGenomics平臺兼容。一般來說，細胞制備方案將根據(jù)組織來源和細胞類型而變化。每種組織類型都是獨特的，因此，必須在開始任何單細胞實驗之前優(yōu)化樣本制備，烈冰多年樣本解離消化經驗，累積10+物種、50+組織的消化protocol，若您的樣本為組織，且尚未成功將組織樣本消化成單細胞懸液，烈冰將盡可能提供技術及實驗上的幫助。烈冰專研單細胞多組學測序領域。長春烈冰生物單細胞測序
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樣本制備后的保存為了盡可能地減少轉錄組的變化，在對細胞進行清洗和計數(shù)后，單細胞懸液應當保存于冰上，直至用于后續(xù)的上機和文庫制備步驟。在理想狀況下，一旦制備好樣本，應當在3min鐘內將其用于下游步驟。然而，您還有必要了解各類細胞的不同性質，因為這可能會影響細胞應在冰上保存的時間，以及它們在制備后多久便應當被盡快使用。例如，有些細胞（如PBMC）如果在冰上放置一段時間，它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離，增加了堵塞的風險，而且每個團塊被當成單細胞計數(shù)，又降低了細胞計數(shù)的準確性。此外，有些細胞更加粘稠，形成團塊的速度更快。對于這些細胞，必須盡量減少制備和使用之間的時間差南京二代測序單細胞測序技術支持
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司一直專注于生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領域內的技術開發(fā)、技術服務、技術轉讓、技術咨詢，市場營銷策劃，市場信息咨詢與調查（不得從事社會調查、社會調研、民意調查、民意測驗），從事貨物及技術的進出口業(yè)務，計算機、軟件及耗材（除?？兀浖_發(fā)【依法須經批準的項目，經相關部門批準后方可開展經營活動】，是一家醫(yī)藥健康的企業(yè)，擁有自己**的技術體系。公司目前擁有較多的高技術人才，以不斷增強企業(yè)重點競爭力，加快企業(yè)技術創(chuàng)新，實現(xiàn)穩(wěn)健生產經營。公司以誠信為本，業(yè)務領域涵蓋單細胞測序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺，空間轉錄組測序，單細胞多組學測序，我們本著對客戶負責，對員工負責，更是對公司發(fā)展負責的態(tài)度，爭取做到讓每位客戶滿意。一直以來公司堅持以客戶為中心、單細胞測序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺，空間轉錄組測序，單細胞多組學測序市場為導向，重信譽，保質量，想客戶之所想，急用戶之所急，全力以赴滿足客戶的一切需要。