廣州BD空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必耍性：研究單細(xì)胞是想要探究細(xì)胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細(xì)胞是將細(xì)胞解離成單細(xì)胞懸液，然后利用單細(xì)胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞建庫(kù)，這里比較大的問(wèn)題是是細(xì)胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個(gè)空間信息在實(shí)際研究中是非常重要。特別是在研究細(xì)胞命運(yùn)機(jī)制及細(xì)胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空問(wèn)轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實(shí)現(xiàn)細(xì)胞的位置信息的保留，對(duì)研究此類(lèi)細(xì)胞狀態(tài)尤為必要?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣，為從多維度揭示疾病進(jìn)展提供了強(qiáng)有力的工具。廣州BD空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段：1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分；2.Spot點(diǎn)陣的分群與定義；3.Spot分群的功能與生物學(xué)價(jià)值。每一個(gè)部分都不可或缺，其結(jié)果都對(duì)后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計(jì)。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過(guò)濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進(jìn)行后續(xù)分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣。廣州高通量測(cè)序空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)烈冰引進(jìn)國(guó)際主流空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)，提供保留組織內(nèi)部精細(xì)區(qū)域的空間信息的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。

烈冰生物生信分析團(tuán)隊(duì)緊追國(guó)際前沿、整合添加多項(xiàng)國(guó)際期刊認(rèn)可的空轉(zhuǎn)分析工具，構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程；精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器，可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞測(cè)序分析結(jié)果，詳細(xì)深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata（原始數(shù)據(jù)）到Spot-Gene的具有定位信息的表達(dá)矩陣的過(guò)程后，就進(jìn)入了空轉(zhuǎn)的第二步，去進(jìn)行Spot的Cluster的過(guò)程，熟悉單細(xì)胞測(cè)序的研究者知道，Cluster在單細(xì)胞測(cè)序中往往表示為細(xì)胞的類(lèi)型，也就是說(shuō)能聚在一起采用算法分為一個(gè)群體細(xì)胞是一個(gè)Celltype（當(dāng)然分情況也會(huì)有不同）。而在空轉(zhuǎn)中，也正是由于前面提到了細(xì)胞的非單一性，導(dǎo)致了這里的分群并不是單純的同一細(xì)胞類(lèi)型，而應(yīng)該認(rèn)為是具有相同細(xì)胞組成的點(diǎn)陣區(qū)域，或者說(shuō)是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域。

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析策略進(jìn)行分析，例如，利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時(shí)期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號(hào)通路及其關(guān)鍵基因的較大情況，揭示在特定發(fā)育時(shí)期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學(xué)過(guò)程。針對(duì)任何一個(gè)基因，空間轉(zhuǎn)錄組可以顯示表達(dá)該基因的點(diǎn)陣及其空間排布；單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組可以給出該基因表達(dá)的細(xì)胞類(lèi)群；原位測(cè)序可以給出該基因在細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)狀況。通過(guò)不同發(fā)育時(shí)間點(diǎn)的信息比較，可以分析細(xì)胞類(lèi)群在某個(gè)部位在不同時(shí)間點(diǎn)的差異，給出其在細(xì)胞內(nèi)的真實(shí)的演變狀況。助力探索生命時(shí)空多維度的動(dòng)態(tài)變化的生物學(xué)信息；助力生命健康醫(yī)療大時(shí)代！

當(dāng)組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時(shí)，通過(guò)透化處理，細(xì)胞內(nèi)的mRNA釋放出來(lái)，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開(kāi)始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過(guò)上機(jī)測(cè)序，可以將每個(gè)mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。Visium空間轉(zhuǎn)錄組的重點(diǎn)在于芯片部分：正式文庫(kù)構(gòu)建的芯片上有4個(gè)捕獲區(qū)域（6.5mmX6.5mm，可以檢測(cè)4個(gè)樣本）每個(gè)捕獲區(qū)域含有約5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcodedspots）每個(gè)spot直徑55μm，每個(gè)spot能捕獲1-10個(gè)細(xì)胞spot與spot中心點(diǎn)之間的距離為100μm每個(gè)spot含有上百萬(wàn)個(gè)可以與mRNA結(jié)合的捕獲探針，每個(gè)探針上都帶有獨(dú)特的spatialbarcodes，用以標(biāo)記捕獲的mRNA的空間位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，上海烈冰生物科技很靠譜。廣州BD空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)遍地開(kāi)花，烈冰服務(wù)讓您的生物醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。廣州BD空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)

烈冰提供空間轉(zhuǎn)錄組全流程服務(wù)，包括樣本包埋、貼片、選片、HE染色、拍照成像、組織透化、建庫(kù)測(cè)序以及后續(xù)的FISH驗(yàn)證等各個(gè)步驟，為您提供無(wú)憂(yōu)服務(wù)。烈冰搭建了以萊卡CM1950冷凍切片機(jī)、尼康多熒光通路全自動(dòng)掃描顯微鏡、3Dhistech-midi數(shù)字掃描儀為基礎(chǔ)的先進(jìn)實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，并制定嚴(yán)格規(guī)范的實(shí)驗(yàn)室SOP，經(jīng)過(guò)大量的切片、貼片實(shí)操演練，對(duì)不同類(lèi)型組織的切片厚度、溫度進(jìn)行優(yōu)化，確保獲得更好質(zhì)量的冷凍切片。利用NovelBrain云分析平臺(tái)，搭建0代碼需求的空間轉(zhuǎn)錄組分析流程，準(zhǔn)確快速解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。取同一樣本組織的相鄰區(qū)域進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的整合分析，判定空間區(qū)域內(nèi)的細(xì)胞類(lèi)別，精確解析組織空間內(nèi)的異質(zhì)化信息。廣州BD空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢(xún)，市場(chǎng)營(yíng)銷(xiāo)策劃，市場(chǎng)信息咨詢(xún)與調(diào)查（不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)），從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù)，計(jì)算機(jī)、軟件及耗材（除專(zhuān)控），軟件開(kāi)發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】的公司，致力于發(fā)展為創(chuàng)新務(wù)實(shí)、誠(chéng)實(shí)可信的企業(yè)。烈冰生物擁有一支經(jīng)驗(yàn)豐富、技術(shù)創(chuàng)新的專(zhuān)業(yè)研發(fā)團(tuán)隊(duì)，以高度的專(zhuān)注和執(zhí)著為客戶(hù)提供單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序。烈冰生物不斷開(kāi)拓創(chuàng)新，追求出色，以技術(shù)為先導(dǎo)，以產(chǎn)品為平臺(tái)，以應(yīng)用為重點(diǎn)，以服務(wù)為保證，不斷為客戶(hù)創(chuàng)造更高價(jià)值，提供更優(yōu)服務(wù)。烈冰生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康市場(chǎng)，以敏銳的市場(chǎng)洞察力，實(shí)現(xiàn)與客戶(hù)的成長(zhǎng)共贏。