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EndoH糖苷內(nèi)切酶H(EndoH)在實(shí)驗(yàn)中通常用于分析以下類型的糖鏈:1.**高甘露糖型糖鏈**:EndoH能夠特異性地識(shí)別并切割高甘露糖型N-連接糖鏈,這些糖鏈通常存在于未成熟的糖蛋白中。2.**某些雜合型糖鏈**:EndoH也能對(duì)某些雜合型寡聚糖的殼二糖結(jié)構(gòu)進(jìn)行切割,去除糖蛋白中的N-連接高甘露糖。3.**N-連接糖鏈**:EndoH主要用于去除糖蛋白中的N-連接高甘露糖,這有助于研究糖鏈結(jié)構(gòu)和糖基化模式。4.**抗體糖型分析**:在IgG中,F(xiàn)c區(qū)Asn297處的保守N-連接糖對(duì)其活性至關(guān)重要,EndoH可用于分析這些糖鏈。5.**糖蛋白的糖基化模式**:EndoH有助于分析糖蛋白的糖基化位點(diǎn)、糖基化程度以及糖鏈的具體結(jié)構(gòu)。6.**糖鏈分析和結(jié)構(gòu)表征**:在糖鏈分析的主要策略中,EndoH作為高效、準(zhǔn)確、穩(wěn)定的去糖基化方法,有助于從糖蛋白上游離糖鏈,然后進(jìn)行詳細(xì)的分析表征。EndoH的使用可以為研究者提供關(guān)于糖蛋白糖基化模式的重要信息,尤其是在抗體藥物研究和開發(fā)中,對(duì)于理解糖鏈如何影響藥物的活性、穩(wěn)定性和免疫原性具有重要意義。
EndoS酶在抗體藥物偶聯(lián)物(ADCs)研究中的具體應(yīng)用主要體現(xiàn)在糖鏈定點(diǎn)偶聯(lián)技術(shù)方面。根據(jù)上海藥物研究所的研究進(jìn)展,EndoS酶被用于實(shí)現(xiàn)定點(diǎn)ADC化合物的“一步”制備,這是一種新穎的糖鏈定點(diǎn)ADC制備策略。該策略利用了新穎截短型糖結(jié)構(gòu)的藥物-連接子和野生型糖苷內(nèi)切酶EndoS2,將小分子細(xì)胞毒藥物直接定點(diǎn)連接到抗體糖基化位點(diǎn),從而克服了傳統(tǒng)糖鏈定點(diǎn)ADC制備策略的限制。具體來(lái)說(shuō),研究人員通過(guò)篩選發(fā)現(xiàn),EndoS2酶可以將二糖底物L(fēng)acNAc轉(zhuǎn)移至去糖抗體N297位糖基化位點(diǎn),并且LacNAc半乳糖6號(hào)位唾液酸化修飾不影響EndoS2的轉(zhuǎn)糖基化活性。這一發(fā)現(xiàn)使得EndoS2和LacNAc的組合可以直接實(shí)現(xiàn)野生型抗體的糖基化改造,且EndoS2對(duì)多樣化LacNAc修飾的兼容性,可以高效獲得多樣性功能修飾的巖藻糖化或去巖藻糖化的糖工程抗體。此外,研究人員還利用疊氮化修飾的LacNAc底物實(shí)現(xiàn)了抗體糖基化位點(diǎn)的“一步”疊氮化修飾,并通過(guò)點(diǎn)擊化學(xué)反應(yīng)偶聯(lián)藥物-連接子,實(shí)現(xiàn)了“兩步”制備得到定點(diǎn)ADC化合物。
重組的化膿性鏈球菌Cas9蛋白(SpCas9)是一種用于基因組編輯的核酸酶。它是CRISPR-Cas系統(tǒng)的一部分,該系統(tǒng)是一種細(xì)菌和古菌的適應(yīng)性免疫防御機(jī)制,能夠識(shí)別并切割入侵的外源核酸。Cas9蛋白在CRISPR系統(tǒng)中起到關(guān)鍵作用,它能夠識(shí)別特定的原間隔子相鄰基序(PAM),在引導(dǎo)RNA(gRNA)的引導(dǎo)下與目標(biāo)DNA結(jié)合并進(jìn)行切割。SpCas9蛋白由1053個(gè)氨基酸組成,相對(duì)較小的體積使其便于在體內(nèi)遞送,因此它在多種生物中都能進(jìn)行有效的基因組編輯。為了提高SpCas9的表達(dá)量和溶解度,研究人員采用了多種策略,例如使用GB1促溶標(biāo)簽和多重啟動(dòng)子策略,這些策略可以顯著提高蛋白的產(chǎn)量和活性,同時(shí)保持其功能活性不受影響。在基因編輯過(guò)程中,SpCas9與gRNA形成穩(wěn)定的核糖核的蛋白(RNP)復(fù)合物,通過(guò)gRNA與基因組DNA的序列匹配來(lái)識(shí)別目標(biāo)位點(diǎn),并在距離NGGPAM序列3個(gè)堿基以內(nèi)的位置切割DNA。為了增強(qiáng)SpCas9的基因組編輯效率,研究人員還開發(fā)了嵌合融合蛋白,例如與5’至3’核酸外切酶重組J(RecJ)或GFP融合的SpyCas9蛋白,這些嵌合蛋白可以顯著提高靶向基因編輯效率,同時(shí)保持較低的脫靶效應(yīng)。
PNGaseF(肽-N-糖苷酶F,Peptide-N-glycosidaseF),也稱為N-糖酰胺酶F,是一種用于糖蛋白研究的酶,它可以從糖蛋白的N-連接糖鏈上去除糖基。以下是PNGaseF的一些關(guān)鍵特性和應(yīng)用:1.**作用機(jī)制**:PNGaseF能夠特異性地切割位于天冬酰胺殘基上的N-連接糖鏈,釋放出未被糖基化的多肽部分和糖鏈。2.**應(yīng)用領(lǐng)域**:PNGaseF在糖生物學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)研究中非常重要,用于分析糖蛋白的糖基化模式和結(jié)構(gòu)。3.**酶的來(lái)源**:PNGaseF開始是從大腸桿菌(Escherichiacoli)中分離出來(lái)的,現(xiàn)在也可以通過(guò)重組DNA技術(shù)在其他宿主細(xì)胞中表達(dá)。4.**酶的純度和活性**:商業(yè)化的PNGaseF通常具有高純度和高比活性,確保了在實(shí)驗(yàn)中的高效性和可重復(fù)性。5.**使用條件**:PNGaseF在溫和的條件下工作,通常在pH7.5至9.0之間,溫度在37°C左右。6.**穩(wěn)定性**:PNGaseF在儲(chǔ)存時(shí)通常需要冷凍保存,以保持其活性。在適當(dāng)?shù)臈l件下,該酶可以保持穩(wěn)定和活躍。7.**樣品準(zhǔn)備**:在使用PNGaseF之前,糖蛋白樣品需要適當(dāng)準(zhǔn)備,可能包括純化和緩沖液交換,以確保反應(yīng)條件的一致性。泛素蛋白的C末端通常通過(guò)酰胺鍵與靶蛋白的氨基團(tuán)連接在一起,最常見(jiàn)的是與靶蛋白賴氨酸的ε氨基團(tuán)相連。
在進(jìn)行IdeSProtease的分子改造時(shí),平衡酶的活性和穩(wěn)定性是一個(gè)關(guān)鍵的挑戰(zhàn)。以下是一些策略,這些策略可以幫助研究者在提高酶穩(wěn)定性的同時(shí)保持或甚至提高其催化活性:1.**定向進(jìn)化**:使用定向進(jìn)化技術(shù)進(jìn)行多輪的突變和篩選,以獲得在所需條件下具有改進(jìn)穩(wěn)定性的酶變體,同時(shí)監(jiān)測(cè)其催化活性,確保改造后的酶保持高效催化能力。2.**結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)的理性設(shè)計(jì)**:基于IdeSProtease的三維結(jié)構(gòu)信息,識(shí)別可能影響穩(wěn)定性和活性的關(guān)鍵氨基酸殘基,通過(guò)點(diǎn)突變或小肽插入來(lái)優(yōu)化這些區(qū)域。3.**計(jì)算模擬**:利用分子動(dòng)力學(xué)模擬和計(jì)算化學(xué)方法預(yù)測(cè)突變對(duì)酶穩(wěn)定性和活性的影響,以指導(dǎo)理性設(shè)計(jì)。4.**糖基化修飾**:通過(guò)糖基化可以增加酶的溶解性和穩(wěn)定性,但需注意不要干擾酶的活性位點(diǎn)或底物結(jié)合位點(diǎn)。5.**活性位點(diǎn)附近的柔性區(qū)域改造**:通過(guò)剛化柔性區(qū)域的策略提高酶的熱穩(wěn)定性,同時(shí)保持活性位點(diǎn)的柔性以維持催化活性。6.**長(zhǎng)距離相互作用分析**:研究蛋白質(zhì)內(nèi)部的長(zhǎng)距離相互作用,識(shí)別影響穩(wěn)定性和活性的遠(yuǎn)程突變,通過(guò)這些突變優(yōu)化酶的性能。7.**酶活性和穩(wěn)定性的權(quán)衡分析**:通過(guò)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),分析酶活性和穩(wěn)定性之間的關(guān)系,找到比較好平衡點(diǎn)。泛素從E1轉(zhuǎn)移到泛素結(jié)合酶E2的活性位點(diǎn)半胱氨酸殘基上,形成E2-泛素硫酯中間體。腸激酶
Probe qPCR Mix (2×) 支持多重qPCR,即在單個(gè)反應(yīng)中同時(shí)檢測(cè)多個(gè)靶標(biāo)基因 。Recombinant Mouse MASP2 Protein,His Tag
IdeSProtease是一種免疫球蛋白G(IgG)特異性降解酶,它能夠在IgG的鉸鏈區(qū)下方的一個(gè)特定位點(diǎn)進(jìn)行切割,產(chǎn)生F(ab')2和Fc片段。這種酶是通過(guò)大腸桿菌(E.coli)表達(dá)系統(tǒng)重組表達(dá)生產(chǎn)的,并且經(jīng)過(guò)分子改造,使其具有更高的酶活和更廣的底物特異性。在生產(chǎn)過(guò)程中,確保IdeSProtease符合GMP(良好生產(chǎn)規(guī)范)標(biāo)準(zhǔn),需要進(jìn)行以下步驟:1.**分子改造**:通過(guò)分子生物學(xué)技術(shù)對(duì)IdeS進(jìn)行改造,增強(qiáng)其穩(wěn)定性和比活性。2.**大腸桿菌表達(dá)系統(tǒng)**:利用大腸桿菌表達(dá)系統(tǒng)進(jìn)行IdeS的重組表達(dá),確保無(wú)動(dòng)物源性成分,減少病毒污染風(fēng)險(xiǎn)。3.**純化**:通過(guò)高度純化過(guò)程,確保IdeS的純度達(dá)到≥95%。4.**酶活定義**:1個(gè)酶活力單位定義為在37°C條件下,30分鐘內(nèi)酶切1μg重組單克隆IgG所需的酶量。5.**質(zhì)量控制**:每批產(chǎn)品都經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)量控制,以確保產(chǎn)品批間穩(wěn)定性和高穩(wěn)定性。6.**儲(chǔ)存條件**:采用適當(dāng)?shù)膬?chǔ)存條件,如-30℃至-10℃凍存,確保產(chǎn)品在有效期內(nèi)保持活性和穩(wěn)定性。7.**微生物學(xué)安全性檢測(cè)**:進(jìn)行無(wú)菌檢測(cè)、體內(nèi)有毒物質(zhì)的檢測(cè)、抗生物質(zhì)殘留檢測(cè)、宿主細(xì)胞蛋白殘留檢測(cè)和病毒安全性檢測(cè),確保產(chǎn)品符合微生物學(xué)安全性要求。