遼寧空間轉(zhuǎn)錄組使用

早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強(qiáng)子捕獲篩選，開發(fā)于二十世紀(jì)八十年代，當(dāng)時(shí) DNA 測序通量正在增加，動(dòng)物基因組是新開放的前沿領(lǐng)域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進(jìn)行的，目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達(dá)情況。隨著通量的增加，增強(qiáng)子和基因捕獲技術(shù)在九十年代成為空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的技術(shù)，直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術(shù)的自動(dòng)化程度較高，避免了對轉(zhuǎn)基因品系的依賴，同時(shí)由于在二十一世紀(jì)初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利，探針設(shè)計(jì)因此也更為方便?？臻g轉(zhuǎn)錄組使得我們在檢測基因表達(dá)的同時(shí)獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組使用

如果只是通過空間轉(zhuǎn)錄組或者單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，研究人員在兩個(gè)樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細(xì)胞相關(guān)基因或者淋巴細(xì)胞群，無法解釋兩個(gè)樣本預(yù)后之間的差異。但是通過空間轉(zhuǎn)錄組，就能很清晰看到兩個(gè)樣本之間的差異。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)探究人類心臟在發(fā)育過程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化，發(fā)現(xiàn)對于每個(gè)發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域，都有獨(dú)特的基因表達(dá)特征。結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。 應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組多少錢研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究相對滯后。

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進(jìn)行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，并進(jìn)行固定和透化，使細(xì)胞中的 mRNA 得到釋放，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上，從而獲取基因表達(dá)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟c。逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建：以捕獲的 RNA 為模板，進(jìn)行 cDNA 合成，和測序文庫制備?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟d。高通量上機(jī)測序：對制備好的測序文庫，進(jìn)行二代高通量短讀長測序?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟e。數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果，確定哪些基因有表達(dá)，表達(dá)量高低，以及這些基因的空間位置信息。

歐易生物自引進(jìn)10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組以來已經(jīng)完成了上百例樣本測序，在樣本包埋、切片、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)分析上積累了大量寶貴的經(jīng)驗(yàn)。本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點(diǎn)和方案設(shè)計(jì)，分享歐易生物在樣本處理、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗(yàn)，助力各位科研工作者取得新的突破。招生對象：A、對空間轉(zhuǎn)錄組感興趣，期望了解空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，或近期準(zhǔn)備開展空間轉(zhuǎn)錄組測序項(xiàng)目B、項(xiàng)目已經(jīng)開展，需要深入挖掘數(shù)據(jù)的科研工作者?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)現(xiàn)原理是什么？10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫構(gòu)建并進(jìn)行測序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。 10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。福建技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時(shí)用于識別潛在的細(xì)胞間相互作用。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組使用

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些？一、發(fā)現(xiàn)疾病的空間異質(zhì)性：同時(shí)了解患病組織中的細(xì)胞類型及其定位有助于解決空間分辨的轉(zhuǎn)錄組學(xué)問題。在不同的環(huán)境下，明智地選擇這些方法在生物學(xué)研究中也是至關(guān)重要的，例如在神經(jīng)科學(xué)中，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法適用于小樣本（例如臨床樣本）以及整個(gè)轉(zhuǎn)錄組或基因組分析。二、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項(xiàng)研究通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)，得到多個(gè)***的時(shí)空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會(huì)在如下專輯更新）。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組使用

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司擁有檢驗(yàn)檢測服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動(dòng)，具體經(jīng)營項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢。等多項(xiàng)業(yè)務(wù)，主營業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢。公司目前擁有專業(yè)的技術(shù)員工，為員工提供廣闊的發(fā)展平臺(tái)與成長空間，為客戶提供高質(zhì)的產(chǎn)品服務(wù)，深受員工與客戶好評。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主營業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢，堅(jiān)持“質(zhì)量保證、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針，贏得廣大客戶的支持和信賴。公司憑著雄厚的技術(shù)力量、飽滿的工作態(tài)度、扎實(shí)的工作作風(fēng)、良好的職業(yè)道德，樹立了良好的科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢形象，贏得了社會(huì)各界的信任和認(rèn)可。