實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組做什么

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準(zhǔn)確性高嗎？下圖是一個(gè)將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達(dá)，和已知的研究結(jié)果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準(zhǔn)備？空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)十分前沿的技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗。了解空間轉(zhuǎn)錄組樣本準(zhǔn)備注意事項(xiàng)。實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組做什么

基于原位測(cè)序的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)?；谠粶y(cè)序（ISS）的方法通過測(cè)序產(chǎn)生空間轉(zhuǎn)錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個(gè)探針與模板匹配，不匹配的探針就會(huì)被洗掉。2013年開發(fā)的ISS中，每個(gè)探針使用一個(gè)查詢堿基來測(cè)序基因條形碼。FISSEQ和后來的EXeq使用了SOLiD，每個(gè)探針使用兩個(gè)查詢堿基來測(cè)序環(huán)化和RCA擴(kuò)增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測(cè)序，其中還使用了兩個(gè)類似固體的查詢堿基來避免錯(cuò)誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針?；贗SS技術(shù)的優(yōu)勢(shì)包括：?jiǎn)渭?xì)胞分辨率、亞細(xì)胞轉(zhuǎn)錄物定位和可應(yīng)用于更大的組織區(qū)域。缺點(diǎn)是：檢測(cè)效率較低。青海歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組規(guī)格空間轉(zhuǎn)錄組組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測(cè)基因表達(dá)的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失，使得我們?cè)跈z測(cè)基因表達(dá)的同時(shí)獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點(diǎn)，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。例如2019年4月，Science發(fā)文通過空間轉(zhuǎn)錄組揭示ALS（肌萎縮側(cè)索硬化癥，又稱漸凍癥）分子病理的時(shí)空動(dòng)態(tài)；2019年8月，Nature在線發(fā)表了景乃禾團(tuán)隊(duì)解析小鼠早期胚胎細(xì)胞的時(shí)空表達(dá)數(shù)據(jù)；2020年9月，Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細(xì)胞*的文章；2021年1月，Science發(fā)表了將組織擴(kuò)展和原位RNA測(cè)序結(jié)合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq；2021年4月，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。

本文利用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究了在AD小鼠模型中，淀粉樣斑塊周圍直徑為100mm的組織域中發(fā)生的轉(zhuǎn)錄變化。發(fā)現(xiàn)了富含髓鞘和少突膠質(zhì)細(xì)胞基因（OLIGs）的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的早期改變，而斑塊誘導(dǎo)的基因（PIGs）的多細(xì)胞基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)涉及補(bǔ)體系統(tǒng)、氧化應(yīng)激、溶酶體和炎癥，在疾病的后期非常突出。此外作者通過對(duì)小鼠和人腦切片進(jìn)行原位測(cè)序（ISS），證實(shí)了大多數(shù)觀察到的細(xì)胞水平的變化?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析為探究AD和其他腦部疾病致病特征附近失調(diào)的細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)提供了可能?？臻g轉(zhuǎn)錄組的組學(xué)板塊包括cDNA的合成、擴(kuò)增、接頭連接和測(cè)序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 。

和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組一樣，空間轉(zhuǎn)錄組也可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時(shí)用于識(shí)別潛在的細(xì)胞間相互作用。通常通過了解配體受體（LR）對(duì)并測(cè)試 LR 對(duì)是否更有可能在鄰近細(xì)胞或 spot 中表達(dá)來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，包括基因模式的識(shí)別，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義， 基因間的相互作用推斷，轉(zhuǎn)錄本的亞細(xì)胞定位以及基于H＆E圖像的基因表達(dá)估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。10X Genomics 繼單細(xì)胞測(cè)序后也推出了空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)。湖南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用

空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)前沿技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作。實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組做什么

 空間重構(gòu)的計(jì)算策略：這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢(shì)，從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢(shì)或特定組織的總體布局?；贚CM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標(biāo)記成千上萬個(gè)單個(gè)細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價(jià)值?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測(cè)區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號(hào)干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞?？臻g條形碼加高通量：費(fèi)用較高且無法在單個(gè)細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組做什么

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主營(yíng)品牌有歐易生物，發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大，該公司服務(wù)型的公司。是一家私營(yíng)合伙企業(yè)企業(yè)，隨著市場(chǎng)的發(fā)展和生產(chǎn)的需求，與多家企業(yè)合作研究，在原有產(chǎn)品的基礎(chǔ)上經(jīng)過不斷改進(jìn)，追求新型，在強(qiáng)化內(nèi)部管理，完善結(jié)構(gòu)調(diào)整的同時(shí)，良好的質(zhì)量、合理的價(jià)格、完善的服務(wù)，在業(yè)界受到寬泛好評(píng)。公司業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢，價(jià)格合理，品質(zhì)有保證，深受廣大客戶的歡迎。歐易生物順應(yīng)時(shí)代發(fā)展和市場(chǎng)需求，通過**技術(shù)，力圖保證高規(guī)格高質(zhì)量的科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢。