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10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達(dá)解決方案是目前***一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案巧妙的將單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)原理和組織切片染色結(jié)合在一起,從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組 mRNA 的表達(dá)情況,同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息??臻g轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的顯微解剖技術(shù)通常分為兩類:機(jī)械和光學(xué)。前者包括 Tomo-seq 等,通過(guò)沿感興趣軸,利用冷凍切片機(jī)進(jìn)行組織切片,然后在每個(gè)切片上均進(jìn)行 RNA 測(cè)序。10x 提供的載玻片分為兩種:用于摸索組織比較好透化時(shí)間的組織優(yōu)化玻片和用于正式實(shí)驗(yàn)的基因表達(dá)玻片??臻g轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞通訊分析方法簡(jiǎn)介及實(shí)操。海南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組價(jià)格
空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細(xì)胞組織圖像和基因表達(dá)數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對(duì)組織進(jìn)行滲透,這意味著在細(xì)胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過(guò)這些通道離開細(xì)胞,并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合。因此,基因表達(dá)信息被捕獲在芯片上。需要通過(guò)以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲(chǔ)的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的,因?yàn)閏dna - rna -雜交體的降解速度很快。此外,這是構(gòu)建可測(cè)序文庫(kù)之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來(lái),可以在線訪問。這意味著在實(shí)踐中,您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達(dá)。因此,你可以在一個(gè)單一的實(shí)驗(yàn)中進(jìn)行新分析。廣西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組過(guò)真實(shí)研究案例聚焦包括單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞基因組、單細(xì)胞代謝組、空間轉(zhuǎn)錄組。
高通量空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐,尤其是在預(yù)處理、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構(gòu)、基于微陣列數(shù)據(jù)的細(xì)胞類型去卷積、空間高變基因的識(shí)別、細(xì)胞間相互作用的推導(dǎo)等。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補(bǔ)性質(zhì)的新方法。對(duì)于未進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù),可通過(guò) scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達(dá)模式。此外,“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語(yǔ)的變體,也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細(xì)胞器的技術(shù)(例如 APEX-seq),盡管該技術(shù)沒有記錄任何空間坐標(biāo)。
空間轉(zhuǎn)錄組的方法和技術(shù)有哪些?廣義上講,現(xiàn)有的生成空間分辨轉(zhuǎn)錄組學(xué)的方法可分為四類:用于空間重建的計(jì)算策略和組學(xué)實(shí)驗(yàn)的組合,使用激光捕獲顯微切割(LCM)結(jié)合高通量進(jìn)行直接測(cè)量,使用熒光物質(zhì)的基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué) ,以及基于寡核苷酸的空間條形碼再加上高通量。每種方法都有其優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)??臻g重構(gòu)的計(jì)算策略:這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢(shì),從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而,這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢(shì)或特定組織的總體布局。基于LCM的方法:基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組,盡管其通量很低,但是在可以標(biāo)記成千上萬(wàn)個(gè)單個(gè)細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前,將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中,可能具有一定價(jià)值?;趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué):基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測(cè)區(qū)域,但也存在一些問題,例如幾種smFISH方法很難從包括信號(hào)干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞??臻g條形碼加高通量:費(fèi)用較高且無(wú)法在單個(gè)細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。除了皮膚、胰腺和骨頭組織外,其余樣本類型均可開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組研究。
空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的重要是根據(jù)每個(gè)芯片上每個(gè)spot的基因表達(dá)信息進(jìn)行聚類,然后將spot根據(jù)坐標(biāo)位置序列放回到組織的圖像上,同時(shí)可以對(duì)每個(gè)gene在組織上表達(dá)的空間位置進(jìn)行定位。獲得測(cè)序數(shù)據(jù)后,首先利用Space Ranger 軟件可以自動(dòng)化的對(duì)圖像進(jìn)行處理、數(shù)據(jù)比對(duì)和Barcode處理。另外一個(gè)軟件Loupe Cell Browser是一個(gè)適用于Windows和MacOS的桌面應(yīng)用程序,它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破??臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著。上海歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)
空間轉(zhuǎn)錄組使得我們?cè)跈z測(cè)基因表達(dá)的同時(shí)獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。海南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組價(jià)格
中國(guó)銷售產(chǎn)業(yè)憑借獨(dú)特資源和市場(chǎng)優(yōu)勢(shì),一舉成為資本角逐的重點(diǎn)領(lǐng)域之一。從世界范圍來(lái)看,美、歐、日等發(fā)達(dá)地區(qū)的銷售產(chǎn)業(yè)發(fā)展歷史悠久,無(wú)論是銷售產(chǎn)品制造業(yè)還是銷售服務(wù)業(yè),都處于全球優(yōu)先地位。如行家預(yù)判,服務(wù)型發(fā)展即將步入黃金時(shí)代,眾多企業(yè)圍繞醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)、商業(yè)領(lǐng)域及新興的互聯(lián)網(wǎng)醫(yī)藥等領(lǐng)域正在進(jìn)行廝殺。在我國(guó)政策的支持下,在社會(huì)資本的推動(dòng)下以及技術(shù)升級(jí)的帶動(dòng)下,互聯(lián)網(wǎng)巨頭、科技巨頭、地產(chǎn)巨頭等企業(yè)紛紛跨界進(jìn)入服務(wù)型。醫(yī)藥健康方面人才培養(yǎng)體制貧乏,經(jīng)調(diào)查,中國(guó)的大學(xué)中把物流管理與醫(yī)藥知識(shí)結(jié)合的專業(yè)少之又少,單方面精通的人才對(duì)于醫(yī)藥冷鏈物流無(wú)法完全勝任,通過(guò)調(diào)研冷鏈物流企業(yè),了解到培養(yǎng)物流人員有關(guān)冷鏈物流的相關(guān)知識(shí)來(lái)勝任冷鏈物流工作的計(jì)劃進(jìn)展緩慢,使得人才成為完善醫(yī)藥健康的重要制約因素。我國(guó)經(jīng)濟(jì)進(jìn)入“新常態(tài)”,總體上推動(dòng)科研服務(wù),科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢從粗放式增長(zhǎng)向注重質(zhì)量、效率方向轉(zhuǎn)變。民間資本的進(jìn)入也一定程度刺激我國(guó)科研服務(wù),科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢市場(chǎng)活力。社會(huì)對(duì)健康類產(chǎn)業(yè)的關(guān)注度越來(lái)越高,迫切需要對(duì)科研服務(wù),科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢的規(guī)模和結(jié)構(gòu)進(jìn)行核算。海南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組價(jià)格
上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司總部位于聯(lián)航路1188號(hào)25幢,是一家檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。(依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng),具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn))一般項(xiàng)目:生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā),醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品(除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品)的研發(fā)、銷售,儀器儀表的銷售,并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),會(huì)務(wù)服務(wù),企業(yè)管理咨詢。的公司。歐易生物擁有一支經(jīng)驗(yàn)豐富、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團(tuán)隊(duì),以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供科研服務(wù),科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢。歐易生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長(zhǎng),又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。歐易生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康市場(chǎng),以敏銳的市場(chǎng)洞察力,實(shí)現(xiàn)與客戶的成長(zhǎng)共贏。