江西應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前可選的一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達(dá)情況，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)前沿技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗。許多當(dāng)前時(shí)代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來(lái)的幾十年間建立的。江西應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組

如果只是通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組或者單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，研究人員在兩個(gè)樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細(xì)胞相關(guān)基因或者淋巴細(xì)胞群，無(wú)法解釋兩個(gè)樣本預(yù)后之間的差異。但是通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組，就能很清晰看到兩個(gè)樣本之間的差異。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)探究人類心臟在發(fā)育過(guò)程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化，發(fā)現(xiàn)對(duì)于每個(gè)發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域，都有獨(dú)特的基因表達(dá)特征。結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。 廣東歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組有什么用空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞通訊分析方法簡(jiǎn)介及實(shí)操。

第二，數(shù)據(jù)庫(kù)的建立。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長(zhǎng)，但尚未有對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成。第三，研究物種及組織的多樣化。在當(dāng)前時(shí)代，除 LCM 之外，研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究相對(duì)滯后。對(duì)除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化，將為開(kāi)發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。第四，集成度高、交互性強(qiáng)、易擴(kuò)展、文檔信息完善的開(kāi)源工作流程的開(kāi)發(fā)。該類工具的開(kāi)發(fā)將簡(jiǎn)化不同類型空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的整合和分析。

廣義上來(lái)說(shuō)，目前一共有4種解析“空間性轉(zhuǎn)錄組”的策略：2.第一種是利用計(jì)算機(jī)算法，根據(jù)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來(lái)模擬重構(gòu)組織的空間形態(tài)。例如Seurat，這是一個(gè)在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中***用到的R包，我們可以利用scRNA-seq數(shù)據(jù)，加上對(duì)markegene進(jìn)行原位測(cè)序的結(jié)果來(lái)重構(gòu)組織的空間信息。3.第二種，激光顯微切割+二代測(cè)序（LCM+NGS）。這種技術(shù)對(duì)儀器和實(shí)驗(yàn)人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低，如果組織非常珍貴或者研究的內(nèi)容十分精細(xì)，可以考慮這個(gè)。但是這種策略比較難被官方干運(yùn)用。4.第三種策略，就是基于高分辨圖像的原位測(cè)序。**經(jīng)典的是smFISH當(dāng)然，這種方法的通量比較低。當(dāng)然隨著技術(shù)的發(fā)現(xiàn)，剛發(fā)布的FISH-seq技術(shù)通過(guò)多輪雜交的方式，已經(jīng)把測(cè)序通量提高到了10000+個(gè)轉(zhuǎn)錄本。5.***就是“基于空間條形碼（spatialbarcodes）的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。本文主要討論的也就是這種技術(shù)。后面主要討論的都是基于這種策略。 除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化，將為開(kāi)發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。

10xVisium空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理為將新鮮冷凍的組織切片，置于文庫(kù)制備載玻片上，經(jīng)過(guò)固定、染色和透化后，釋放出mRNA，mRNA與空間條形碼捕獲探針相結(jié)合，從而捕獲基因表達(dá)信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測(cè)序文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序，并對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化分析?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當(dāng)今**前沿的科研技術(shù)，相信很多老師都希望將其運(yùn)用于自己的課題中，快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果為未來(lái)人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義。云南空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)

作者通過(guò)對(duì)三個(gè)人類腦皮層組織的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，可評(píng)估不同腦皮層區(qū)域中基因表達(dá)特征和細(xì)胞類型定位情況。江西應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組

早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強(qiáng)子捕獲篩選，開(kāi)發(fā)于二十世紀(jì)八十年代，當(dāng)時(shí) DNA 測(cè)序通量正在增加，動(dòng)物基因組是新開(kāi)放的前沿領(lǐng)域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進(jìn)行的，目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達(dá)情況。隨著通量的增加，增強(qiáng)子和基因捕獲技術(shù)在九十年代成為空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的技術(shù)，直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術(shù)的自動(dòng)化程度較高，避免了對(duì)轉(zhuǎn)基因品系的依賴，同時(shí)由于在二十一世紀(jì)初獲得物種的參考基因組信息變得越來(lái)越便利，探針設(shè)計(jì)因此也更為方便。江西應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組

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