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10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準確性高嗎?下圖是一個將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果,從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中,可以清晰看到Tmsb4x(B圖)和Selenow(C圖)在海馬體區(qū)域高表達,和已知的研究結(jié)果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準備?空間轉(zhuǎn)錄組是一項十分前沿的技術(shù),涉及到很多細節(jié)方面的準備工作,例如組織類型的選擇、前期預實驗的設(shè)計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素,處理不慎容易導致整個項目失敗。如何通過“HE染色”判斷空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本是否為“好的樣本”呢?江西空間轉(zhuǎn)錄組報價
空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個細胞中的RNA分子都包含著基因表達的信息。組織切片成像,以檢索組織學信息。這樣就可以看到一個細胞或一組細胞在組織中的位置??臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個捕獲的spot,這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個棋盤,帶有相同身份條形碼(barcode)的探測位于同一個正方形中。這樣就可以確定每個捕獲探針及其結(jié)合RNA的來源。組織切片固定。該芯片包含一個與組織切片一起成像的視覺可檢測框架。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量細胞通訊是單細胞研究中一個模擬與理解復雜組織生態(tài)系統(tǒng)動力學的適用方法。
10xVisium空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理為將新鮮冷凍的組織切片,置于文庫制備載玻片上,經(jīng)過固定、染色和透化后,釋放出mRNA,mRNA與空間條形碼捕獲探針相結(jié)合,從而捕獲基因表達信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測序文庫進行測序,并對數(shù)據(jù)進行可視化分析。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當今**前沿的科研技術(shù),相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中,快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。
本文利用空間轉(zhuǎn)錄組學研究了在AD小鼠模型中,淀粉樣斑塊周圍直徑為100mm的組織域中發(fā)生的轉(zhuǎn)錄變化。發(fā)現(xiàn)了富含髓鞘和少突膠質(zhì)細胞基因(OLIGs)的基因共表達網(wǎng)絡(luò)的早期改變,而斑塊誘導的基因(PIGs)的多細胞基因共表達網(wǎng)絡(luò)涉及補體系統(tǒng)、氧化應激、溶酶體和炎癥,在疾病的后期非常突出。此外作者通過對小鼠和人腦切片進行原位測序(ISS),證實了大多數(shù)觀察到的細胞水平的變化。空間轉(zhuǎn)錄組學分析為探究AD和其他腦部疾病致病特征附近失調(diào)的細胞網(wǎng)絡(luò)提供了可能。研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦,而其他***(例如肝臟)的空間轉(zhuǎn)錄組學研究相對滯后。
1. 10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域,每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,包含5000個被條形碼標記的點(barcoded spots),每個點的直徑為55 μm,點和點之間中心的距離為100 μm,并且每個點都有一個barcode序列。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實驗主要分為兩部分:組織學板塊和組學板塊。組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像,記錄切片的形態(tài)學信息;組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序,記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 ??臻g轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。浙江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組
Science發(fā)表了將組織擴展和原位RNA測序結(jié)合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq。江西空間轉(zhuǎn)錄組報價
歐易生物自引進10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組以來已經(jīng)完成了上百例樣本測序,在樣本包埋、切片、實驗和數(shù)據(jù)分析上積累了大量寶貴的經(jīng)驗。本次培訓班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點和方案設(shè)計,分享歐易生物在樣本處理、實驗和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗,助力各位科研工作者取得新的突破。招生對象:A、對空間轉(zhuǎn)錄組感興趣,期望了解空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù),或近期準備開展空間轉(zhuǎn)錄組測序項目B、項目已經(jīng)開展,需要深入挖掘數(shù)據(jù)的科研工作者。江西空間轉(zhuǎn)錄組報價
上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司擁有檢驗檢測服務(wù)。(依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準后方可開展經(jīng)營活動,具體經(jīng)營項目以相關(guān)部門批準文件或許可證件為準)一般項目:生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā),醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品(除危險品化學品、監(jiān)控化學品、易制毒化學品)的研發(fā)、銷售,儀器儀表的銷售,并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),會務(wù)服務(wù),企業(yè)管理咨詢。等多項業(yè)務(wù),主營業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù),科研檢測,學術(shù)研究,技術(shù)咨詢。公司目前擁有較多的高技術(shù)人才,以不斷增強企業(yè)重點競爭力,加快企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新,實現(xiàn)穩(wěn)健生產(chǎn)經(jīng)營。公司以誠信為本,業(yè)務(wù)領(lǐng)域涵蓋科研服務(wù),科研檢測,學術(shù)研究,技術(shù)咨詢,我們本著對客戶負責,對員工負責,更是對公司發(fā)展負責的態(tài)度,爭取做到讓每位客戶滿意。公司力求給客戶提供全數(shù)良好服務(wù),我們相信誠實正直、開拓進取地為公司發(fā)展做正確的事情,將為公司和個人帶來共同的利益和進步。經(jīng)過幾年的發(fā)展,已成為科研服務(wù),科研檢測,學術(shù)研究,技術(shù)咨詢行業(yè)出名企業(yè)。