實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組使用

如果只是通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組或者單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，研究人員在兩個(gè)樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細(xì)胞相關(guān)基因或者淋巴細(xì)胞群，無(wú)法解釋兩個(gè)樣本預(yù)后之間的差異。但是通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組，就能很清晰看到兩個(gè)樣本之間的差異。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)探究人類心臟在發(fā)育過(guò)程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化，發(fā)現(xiàn)對(duì)于每個(gè)發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域，都有獨(dú)特的基因表達(dá)特征。結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。 早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強(qiáng)子捕獲篩選。實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組使用

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必要性。研究單細(xì)胞我們想要探究細(xì)胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細(xì)胞是將細(xì)胞解離成單細(xì)胞懸液，然后利用單細(xì)胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞建庫(kù)，這里比較大的問(wèn)題是是細(xì)胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個(gè)空間信息在實(shí)際研究中有很重要。特別是在研究細(xì)胞命運(yùn)機(jī)制及細(xì)胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實(shí)現(xiàn)細(xì)胞的位置信息的保留，對(duì)研究此類細(xì)胞狀態(tài)尤為必要。黑龍江空間轉(zhuǎn)錄組除了皮膚、胰腺和骨頭組織外，其余樣本類型均可開(kāi)展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組研究。

10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達(dá)解決方案是目前***一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案巧妙的將單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)原理和組織切片染色結(jié)合在一起，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組 mRNA 的表達(dá)情況，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的顯微解剖技術(shù)通常分為兩類：機(jī)械和光學(xué)。前者包括 Tomo-seq 等，通過(guò)沿感興趣軸，利用冷凍切片機(jī)進(jìn)行組織切片，然后在每個(gè)切片上均進(jìn)行 RNA 測(cè)序。10x 提供的載玻片分為兩種：用于摸索組織比較好透化時(shí)間的組織優(yōu)化玻片和用于正式實(shí)驗(yàn)的基因表達(dá)玻片。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)現(xiàn)原理是什么？10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來(lái)自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。 空間轉(zhuǎn)錄組組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測(cè)基因表達(dá)的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失，使得我們?cè)跈z測(cè)基因表達(dá)的同時(shí)獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過(guò)程的特點(diǎn)，近年來(lái)關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無(wú)論是在技術(shù)開(kāi)發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。例如2019年4月，Science發(fā)文通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組揭示ALS（肌萎縮側(cè)索硬化癥，又稱漸凍癥）分子病理的時(shí)空動(dòng)態(tài)；2019年8月，Nature在線發(fā)表了景乃禾團(tuán)隊(duì)解析小鼠早期胚胎細(xì)胞的時(shí)空表達(dá)數(shù)據(jù)；2020年9月，Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細(xì)胞*的文章；2021年1月，Science發(fā)表了將組織擴(kuò)展和原位RNA測(cè)序結(jié)合起來(lái)的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq；2021年4月，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。遼寧應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組

除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化，將為開(kāi)發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組使用

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理是什么？當(dāng)組織冷凍切片附在空間轉(zhuǎn)錄組載片上時(shí)，條形碼引物結(jié)合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開(kāi)始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了空間條形碼。分析Illumina測(cè)序結(jié)果中空間條形碼的序列，可以將每個(gè)mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的起始位置。空間轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測(cè)序過(guò)程中位置信息的編碼和獲取成為可能。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組使用

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大，現(xiàn)有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)，各種專業(yè)設(shè)備齊全。致力于創(chuàng)造***的產(chǎn)品與服務(wù)，以誠(chéng)信、敬業(yè)、進(jìn)取為宗旨，以建歐易生物產(chǎn)品為目標(biāo)，努力打造成為同行業(yè)中具有影響力的企業(yè)。公司不僅*提供專業(yè)的檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢。，同時(shí)還建立了完善的售后服務(wù)體系，為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主營(yíng)業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢，堅(jiān)持“質(zhì)量保證、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針，贏得廣大客戶的支持和信賴。