山西應用空間轉錄組

轉錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉錄本來獲取，目前已有多種技術策略被開發(fā)報道， 如空間轉錄組技術（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術，通過將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉錄本，并獲取全轉錄組水平的基因表達及位置信息。一些無需成像即可計算重建空間基因表達模式所需信息的技術也被開發(fā)了出來，其中之一就是是 DNA 顯微技術，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉錄本之間的相對位置。本次培訓班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉錄組的研究熱點和方案設計。山西應用空間轉錄組

空間轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術，與bulk RNA-seq或單細胞轉錄組測序相比，空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。已發(fā)表的關于空間轉錄組技術有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。正是由于空間轉錄組可以從多維度解析生物學過程的特點，近年來關于空間轉錄組無論是在技術開發(fā)，還是大規(guī)模應用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。

黑龍江空間轉錄組應用該類工具的開發(fā)將簡化不同類型空間轉錄組學數(shù)據(jù)的整合和分析。

歐易生物自引進10x Visium空間轉錄組以來已經(jīng)完成了上百例樣本測序，在樣本包埋、切片、實驗和數(shù)據(jù)分析上積累了大量寶貴的經(jīng)驗。本次培訓班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉錄組的研究熱點和方案設計，分享歐易生物在樣本處理、實驗和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗，助力各位科研工作者取得新的突破。招生對象：A、對空間轉錄組感興趣，期望了解空間轉錄組技術，或近期準備開展空間轉錄組測序項目B、項目已經(jīng)開展，需要深入挖掘數(shù)據(jù)的科研工作者。

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前可選的一個高通量空間轉錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉錄組學技術應用到組織切片和染色的標準方法中，從而研究空間分辨率下整個轉錄組mRNA的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息?？臻g轉錄組是一項前沿技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗?？臻g轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失。

許多當前時代空間轉錄組技術的基礎都是在自七十年代以來的幾十年間建立的。例如，于1976 年首先使用紫外線激光來切割組織。當前流行的技術，例如空間轉錄組學（ST）和 10X Visium 依靠這種微陣列技術，區(qū)別就在于是從放置在微陣列載玻片上的組織上而不是從溶液中來捕獲轉錄本信息。當前時代的空間轉錄組技術大致分為五類方向：激光顯微切割（LCM），單分子熒光原位雜交（smFISH），靶向原位測序（ISS），原位陣列捕獲和 其他非成像技術?？臻g轉錄組這對于發(fā)育生物學等眾多領域的研究都具有重要的意義。浙江歐易生物空間轉錄組規(guī)格

研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉錄組學研究相對滯后。山西應用空間轉錄組

空間轉錄組的一般流程。將準備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉錄組芯片上。每個細胞中的RNA分子都包含著基因表達的信息。組織切片成像，以檢索組織學信息。這樣就可以看到一個細胞或一組細胞在組織中的位置?？臻g轉錄組芯片上含有上千個捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個棋盤，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測位于同一個正方形中。這樣就可以確定每個捕獲探針及其結合RNA的來源。組織切片固定。該芯片包含一個與組織切片一起成像的視覺可檢測框架。山西應用空間轉錄組

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