四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組使用

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理是什么？當(dāng)組織冷凍切片附在空間轉(zhuǎn)錄組載片上時(shí)，條形碼引物結(jié)合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了空間條形碼。分析Illumina測(cè)序結(jié)果中空間條形碼的序列，可以將每個(gè)mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的起始位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測(cè)序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點(diǎn)和方案設(shè)計(jì)。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組使用

10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達(dá)解決方案是目前***一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案巧妙的將單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)原理和組織切片染色結(jié)合在一起，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組 mRNA 的表達(dá)情況，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的顯微解剖技術(shù)通常分為兩類：機(jī)械和光學(xué)。前者包括 Tomo-seq 等，通過沿感興趣軸，利用冷凍切片機(jī)進(jìn)行組織切片，然后在每個(gè)切片上均進(jìn)行 RNA 測(cè)序。10x 提供的載玻片分為兩種：用于摸索組織比較好透化時(shí)間的組織優(yōu)化玻片和用于正式實(shí)驗(yàn)的基因表達(dá)玻片。云南空間轉(zhuǎn)錄組是什么Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細(xì)胞*的文章。

1. 10x  Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)主要分為兩部分：組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊。組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息；組學(xué)板塊包括cDNA的合成、擴(kuò)增、接頭連接和測(cè)序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 。

空間轉(zhuǎn)錄組（Spatial Transcriptomics）就是將基因的表達(dá)情況與關(guān)注的組織切片的免疫化學(xué)染色圖像進(jìn)行整合，從而將組織內(nèi)不同細(xì)胞的基因表達(dá)信息定位到組織的原始空間位置上去，進(jìn)而直接觀測(cè)組織中不同部位功能區(qū)基因表達(dá)的差異。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)利用了常規(guī)的原位技術(shù)和組學(xué)技術(shù)兩方面的優(yōu)勢(shì)。目前已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有主要有 Spatial Transcriptomics, Slide-seq, LCM-seq, seqFISH, MERFISH, Liver single cell zonation, Geo-seq 和 Tomo-seq, 涉及物種有人、小鼠、果蠅、秀麗隱桿線蟲、斑馬魚、擬南芥、楊樹和云杉等。HE 染色適用于空間轉(zhuǎn)錄組的組織學(xué)呈現(xiàn)方法。

廣義上來說，目前一共有4種解析“空間性轉(zhuǎn)錄組”的策略：2.第一種是利用計(jì)算機(jī)算法，根據(jù)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來模擬重構(gòu)組織的空間形態(tài)。例如Seurat，這是一個(gè)在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中***用到的R包，我們可以利用scRNA-seq數(shù)據(jù)，加上對(duì)markegene進(jìn)行原位測(cè)序的結(jié)果來重構(gòu)組織的空間信息。3.第二種，激光顯微切割+二代測(cè)序（LCM+NGS）。這種技術(shù)對(duì)儀器和實(shí)驗(yàn)人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低，如果組織非常珍貴或者研究的內(nèi)容十分精細(xì)，可以考慮這個(gè)。但是這種策略比較難被官方干運(yùn)用。4.第三種策略，就是基于高分辨圖像的原位測(cè)序。**經(jīng)典的是smFISH當(dāng)然，這種方法的通量比較低。當(dāng)然隨著技術(shù)的發(fā)現(xiàn)，剛發(fā)布的FISH-seq技術(shù)通過多輪雜交的方式，已經(jīng)把測(cè)序通量提高到了10000+個(gè)轉(zhuǎn)錄本。5.***就是“基于空間條形碼（spatialbarcodes）的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。本文主要討論的也就是這種技術(shù)。后面主要討論的都是基于這種策略。 有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，包括基因模式的識(shí)別，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義等。云南空間轉(zhuǎn)錄組是什么

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)在進(jìn)行 HE 染色的同時(shí)需要保證獲取組織基因表達(dá)信息。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組使用

轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取，目前已有多種技術(shù)策略被開發(fā)報(bào)道， 如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術(shù)，通過將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標(biāo)簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉(zhuǎn)錄本，并獲取全轉(zhuǎn)錄組水平的基因表達(dá)及位置信息。一些無需成像即可計(jì)算重建空間基因表達(dá)模式所需信息的技術(shù)也被開發(fā)了出來，其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù)，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對(duì)位置。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組使用

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