海南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2021-11-14

空間基因表達(dá)技術(shù)能夠在保留空間背景信息的同時(shí),多角度測(cè)量轉(zhuǎn)錄組譜。然而,現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術(shù)分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團(tuán)隊(duì)開發(fā)了BayesSpace,這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計(jì)方法,它使用來自空間鄰域的信息來增強(qiáng)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進(jìn)行聚類分析?;鶞?zhǔn)測(cè)試證明BayesSpace在識(shí)別具有相似表達(dá)譜的空間簇和提高空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分辨率方面的效用,其既克服了有效利用空間信息進(jìn)行表達(dá)數(shù)據(jù)聚類的挑戰(zhàn),又克服了目前空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)分辨率有限的問題。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補(bǔ)性質(zhì)的新方法。海南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片,分別為組織優(yōu)化芯片(Tissue Optimization)和基因表達(dá)芯片(Library Preparation)。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時(shí)間,基因表達(dá)芯片用來進(jìn)行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)。其中基因表達(dá)芯片上有 4 個(gè)捕獲區(qū)域,每個(gè)區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm,每個(gè)捕獲區(qū)域中有 5000 個(gè)帶有特異地址序列的探針簇,稱為 barcoded spots,每個(gè) spot 直徑為 55um,包含數(shù)百萬個(gè)用于捕獲的 oligo 探針序列,相鄰兩個(gè) spot 的中心距離為 100um。探針序列的結(jié)構(gòu)為:測(cè)序引物結(jié)合序列,16nt 的位置序列,12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。天津歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組使用空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù),從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA。

1. 空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù),從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA??臻g條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測(cè)序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細(xì)胞RNA測(cè)序或組織樣本RNA測(cè)序,均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息,為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。

Visium空間轉(zhuǎn)錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么?10X Genomics測(cè)試過很多組織類型,絕大多數(shù)都可以用于空間轉(zhuǎn)錄組的分析。下圖是他們官網(wǎng)上測(cè)試過的組織類型的列表,測(cè)試過的組織都可以運(yùn)用在空間轉(zhuǎn)錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達(dá)玻片做正式實(shí)驗(yàn)前,務(wù)必用組織優(yōu)化的玻片測(cè)試一下,看組織能否用于空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn),同時(shí)也找到比較好的組織通透時(shí)間。切片厚度基本上以10μm為主,但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破??臻g轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的顯微解剖技術(shù)通常分為兩類:機(jī)械和光學(xué)。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)現(xiàn)原理是什么?10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域,每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)(barcoded spots),每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm,點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm,并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA,遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列,然后進(jìn)行文庫構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個(gè)位置,從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。 過真實(shí)研究案例聚焦包括單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞基因組、單細(xì)胞代謝組、空間轉(zhuǎn)錄組。歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組多少錢

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果為未來人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義。海南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)

 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(ST)是一種方法,允許在組織樣本中可視化和定量分析轉(zhuǎn)錄組與空間分辨率。通過在載玻片上排列含有位置條形碼的寡核苷酸的組織切片,該方法聲稱可以生成具有精確位置信息的高質(zhì)量的RNA-seq cDNA文庫。條形碼芯片有1007個(gè)帶有獨(dú)特條形碼序列的引物位點(diǎn)。每個(gè)位置都有一個(gè)直徑100μm(對(duì)應(yīng)于一個(gè)組織域)中心到中心的距離是200μm。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),在空間轉(zhuǎn)錄組樣本處理、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗(yàn),致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。海南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)

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