重慶效果單細(xì)胞測(cè)序

2021年12月，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)學(xué)院楊倩教授及生命科學(xué)學(xué)院林建副教授，于Cell＆Bioscience(IF:7.133) 在線發(fā)表了IBDV ***雞法氏囊的單細(xì)胞測(cè)序的***研究成果。研究工作內(nèi)容的主要承擔(dān)者為Abid Ullah Shah博士。歐易生物提供高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（10x Genoimics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序）技術(shù)支持。該研究從雞傳染性法氏囊病毒的鼻腔***入手，一方面***闡述了IBDV 通過雞鼻腔傳播至法氏囊的傳播途徑及病毒***主要靶細(xì)胞；另一方面，研究初步闡明家禽細(xì)胞應(yīng)用RNAi抵抗IBDV的分子機(jī)制，為高效防控家禽RNA病毒奠定理論基礎(chǔ)。單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)的背景噪聲大。單個(gè)細(xì)胞 RNA 含量很少，擴(kuò)增和捕獲效率的微小變化。重慶效果單細(xì)胞測(cè)序

單細(xì)胞懸液制備難于標(biāo)準(zhǔn)化。

基于酶學(xué)的樣本處理方法，大都會(huì)存在一定程度的解離偏好性，即不同的酶處理不同的組織往往會(huì)有不太一樣的「效果」，而這種效果不僅*反應(yīng)在細(xì)胞得率，細(xì)胞活性和細(xì)胞碎片等參數(shù)上，往往也會(huì)在**終細(xì)胞類型有所反映，比如可能會(huì)導(dǎo)致部分稀有細(xì)胞的丟失，細(xì)胞比例的失真等，從而偏離組織的真實(shí)狀態(tài)。另外，細(xì)胞懸液的制備過程較長(zhǎng)，通常需要3-5小時(shí)，這個(gè)過程會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞處于「應(yīng)激狀態(tài)」中，轉(zhuǎn)錄的過程可能已經(jīng)發(fā)生變化，偏離臨床實(shí)驗(yàn)的終點(diǎn)設(shè)計(jì)，會(huì)對(duì)結(jié)果的判斷造成一定的影響。針對(duì)如上問題，歐易團(tuán)隊(duì)從已發(fā)表的高影響力的文獻(xiàn)中，匯總出針對(duì)不同類型組織的處理方法，確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果與文獻(xiàn)并軌（同頻）。對(duì)于應(yīng)激問題，我們也開發(fā)出了低溫解離方法，使樣本始終處于「休眠」?fàn)顟B(tài)，從而保證了樣本符合臨床取樣終點(diǎn)，還原其生物學(xué)的真實(shí)狀態(tài)。另外細(xì)胞核測(cè)序也是一個(gè)替代的選擇，對(duì)樣本的要求較低，可以解鎖大量臨床信息明確、低溫冷凍的標(biāo)本。細(xì)胞核制備也不依賴于酶學(xué)，全程在低溫環(huán)境，也能真實(shí)還原樣本的臨床狀態(tài)。歐易在細(xì)胞核測(cè)序的核懸液準(zhǔn)備上積累了很多經(jīng)驗(yàn)。 安徽效果單細(xì)胞測(cè)序單細(xì)胞蛋白組和代謝組受制于質(zhì)譜儀器的靈敏度，目前還存在一定的難度。

肝*是全球**相關(guān)死亡的第四大原因，肝細(xì)胞*（HCC）是肝*的主要形式。目前對(duì)于肝*的***手段通常是手術(shù)切除，但較高的術(shù)后復(fù)發(fā)率降低了患者的生存率，尤其是術(shù)后 2 年內(nèi)的早期復(fù)發(fā)占整體 HCC 復(fù)發(fā)病例的 70%。本研究中作者通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)υl(fā)及早期復(fù)發(fā)性 HCC 患者的**微環(huán)境進(jìn)行深入探索，試圖發(fā)現(xiàn)更有效的***策略。 材料：原發(fā)及早期復(fù)發(fā)性肝細(xì)胞***及配對(duì)*旁組織 期刊：Cell 方法：MIRALCS, 10x Genomics 影響因子：38.635 研究目的：描述原發(fā)及早期復(fù)發(fā)性 HCC **微環(huán)境特征。

歐易生物單細(xì)胞測(cè)序近期高分文章不斷，在接下來的幾篇單細(xì)胞文獻(xiàn)解讀軟文里，我們將為大家持續(xù)送上近期合作發(fā)表的單細(xì)胞文獻(xiàn)解讀。本篇文章為大家解讀今年5月由上海交通大學(xué)附屬上海市第一人民醫(yī)院劉堃團(tuán)隊(duì)在Diabetes(IF9.461)期刊發(fā)表的關(guān)于2型糖尿病小鼠視網(wǎng)膜組織的分子圖譜和異質(zhì)性的相關(guān)成果。

材料：3只2型糖尿病模型小鼠(db/db)；3只對(duì)照小鼠(db/m)的視網(wǎng)膜組織

期刊：Diabetes

發(fā)表時(shí)間：2021年5月

方法：歐易生物10xGenomicsscRNA-seq 早期受技術(shù)限制，單細(xì)胞層面的研究往往***在單個(gè)細(xì)胞或者微量群體細(xì)胞水平，能夠檢測(cè)到的信息相對(duì)有限。

h5Seurat 文件格式是專門為存儲(chǔ)和分析多模態(tài)單細(xì)胞和空間表達(dá)數(shù)據(jù)而設(shè)計(jì)的，比如 CITE-seq 或 10X Visium 技術(shù)。它能夠保存所有分子信息和相關(guān)描述的數(shù)據(jù)，包括降維信息、空間坐標(biāo)以及細(xì)胞群標(biāo)簽等。HDF  是用于存儲(chǔ)和分發(fā)科學(xué)數(shù)據(jù)的一種自我描述、多對(duì)象文件格式。HDF  由美國(guó)國(guó)家超級(jí)計(jì)算應(yīng)用中心（NCSA）創(chuàng)建，以滿足不同群體的科學(xué)家在不同工程項(xiàng)目領(lǐng)域之需要。后來由一個(gè)非盈利組織 HDF Group 支持，其版本包括了 HDF4 和現(xiàn)在大量使用的 HDF5。過去 5 年里，單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展極大地加速了生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的相關(guān)研究。陜西單細(xì)胞測(cè)序報(bào)價(jià)

3.更高效地滿足客戶的不同科研需求，在更大規(guī)模、更高分辨率上開展單細(xì)胞研究和單細(xì)胞測(cè)序。重慶效果單細(xì)胞測(cè)序

歐易生物是國(guó)內(nèi)少數(shù)具備10×Genomics和BD RhapsodyTM單細(xì)胞測(cè)序雙平臺(tái)的機(jī)構(gòu)之一，在醫(yī)學(xué)和農(nóng)林方向提供專業(yè)的單細(xì)胞建庫(kù)測(cè)序及分析服務(wù)，包括5’端和3’端基因表達(dá)分析、免疫組庫(kù)分析（TCR/BCR）、ATAC分析和表面蛋白分析等。歐易生物單細(xì)胞平臺(tái)具有豐富的項(xiàng)目處理經(jīng)驗(yàn)，每年成功處理單細(xì)胞樣本上千例；專業(yè)的售后團(tuán)隊(duì)，數(shù)十位生信**和研發(fā)工程師為您的項(xiàng)目保駕護(hù)航；優(yōu)化課題設(shè)計(jì)，解讀數(shù)據(jù)，讓客戶感受有“溫度的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)服務(wù)。 重慶效果單細(xì)胞測(cè)序

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