什么樣本可以做二代測(cè)序？① 1、血液樣本 全血：這是最常見(jiàn)的樣本類(lèi)型之一。血液中含有白細(xì)胞，其細(xì)胞核內(nèi)有完整的基因組DNA。通過(guò)提取白細(xì)胞中的DNA，可以進(jìn)行全基因組測(cè)序、全外顯子組測(cè)序等。例如，在遺傳病的基因診斷中，抽取患者的全血，提取DNA后，對(duì)與疾病相關(guān)的基因或整個(gè)外顯子組進(jìn)行測(cè)序，以尋找致病突變。 血漿/血清：其中含有游離的DNA（cfDNA）和RNA（cfRNA）。在**患者中，腫瘤細(xì)胞會(huì)釋放其DNA片段進(jìn)入血液循環(huán)，這些cfDNA被稱(chēng)為循環(huán)**DNA（ctDNA）。通過(guò)對(duì)血漿中的ctDNA進(jìn)行測(cè)序，可以實(shí)現(xiàn)**的早期篩查、***過(guò)程中的動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)等。例如，對(duì)于肺...

二代測(cè)序——甲基化的定義和概念 定義：甲基化（methylation）是指從活性甲基化合物（如S-腺苷基甲硫氨酸）上將甲基催化轉(zhuǎn)移到其他化合物的過(guò)程。在生物系統(tǒng)中，這是一種常見(jiàn)的化學(xué)修飾方式，主要涉及在DNA、RNA和蛋白質(zhì)等生物大分子上添加甲基基團(tuán)。 DNA甲基化 概念及位置：DNA甲基化主要是在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶（DNAmethyltransferase，DNMT）的作用下，將甲基基團(tuán)添加到DNA分子中的特定堿基上，最常見(jiàn)的是在CpG島（富含CpG二核苷酸的區(qū)域，CpG是指胞嘧啶-鳥(niǎo)嘌呤的堿基對(duì)）的胞嘧啶（C）的5’碳位上添加甲基。 RNA測(cè)序也是二代測(cè)序。湖南二代測(cè)序...

①二代測(cè)序一般多久出結(jié)果？ 二代測(cè)序（Next-GenerationSequencing，NGS）出結(jié)果的時(shí)間會(huì)受到多種因素的影響，一般在數(shù)天到數(shù)周不等。 1、樣本類(lèi)型和質(zhì)量 不同的樣本類(lèi)型處理時(shí)間不同。例如，血液樣本相對(duì)容易處理，提取DNA的過(guò)程比較常規(guī)。如果是組織樣本，可能需要先進(jìn)行樣本的解離等復(fù)雜操作。如果樣本質(zhì)量高，DNA提取和文庫(kù)構(gòu)建等前期工作會(huì)比較順利，能加快整體進(jìn)程。但如果樣本量少或者DNA有降解等質(zhì)量問(wèn)題，可能需要重新提取樣本或者進(jìn)行DNA修復(fù)等操作，這會(huì)**延長(zhǎng)時(shí)間。例如，對(duì)于新鮮血液樣本，DNA提取可能在1-2天內(nèi)完成；而對(duì)于一些福爾馬林固定石蠟包埋（...

二代測(cè)序的建庫(kù)步驟⑤ 五、文庫(kù)富集（可選步驟） PCR富集：對(duì)于一些起始樣本量較少或者連接效率較低的情況，可能需要進(jìn)行PCR富集。利用與接頭序列互補(bǔ)的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，增加文庫(kù)中目標(biāo)DNA片段的數(shù)量。在PCR反應(yīng)中，需要注意引物的設(shè)計(jì)要與接頭序列準(zhǔn)確匹配，并且要優(yōu)化PCR循環(huán)數(shù)，避免過(guò)度擴(kuò)增導(dǎo)致文庫(kù)多樣性降低或引入PCR偏差。一般會(huì)通過(guò)預(yù)實(shí)驗(yàn)確定合適的PCR循環(huán)數(shù)，例如從10-15個(gè)循環(huán)開(kāi)始嘗試，通過(guò)檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物的量和質(zhì)量來(lái)調(diào)整循環(huán)數(shù)。 擴(kuò)增子測(cè)序是二代測(cè)序嗎？四川哪里有二代測(cè)序分析 二代測(cè)序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異③ 孕婦及胎兒 優(yōu)勢(shì)：無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前篩查（N...

二代測(cè)序不同應(yīng)用場(chǎng)景下的速度有多快？ 病原微生物檢測(cè)：一般來(lái)說(shuō)，二代測(cè)序用于檢測(cè)病原微生物時(shí)，能夠在幾個(gè)小時(shí)到一天左右出結(jié)果。比如在快速檢測(cè)血液中的病原微生物時(shí)，通?？梢栽趲讉€(gè)小時(shí)內(nèi)獲得檢測(cè)結(jié)果，相比傳統(tǒng)的血液培養(yǎng)方法，時(shí)間大幅縮短，傳統(tǒng)血液培養(yǎng)一般需要幾天到一周的時(shí)間 。 全基因組測(cè)序：如果是對(duì)人類(lèi)全基因組進(jìn)行測(cè)序，以目前的技術(shù)水平，使用二代測(cè)序技術(shù)完成一個(gè)人的全基因組測(cè)序，一般需要 1-2 天左右的時(shí)間。而在十幾年前，人類(lèi)全基因組測(cè)序計(jì)劃***完成時(shí)，耗費(fèi)了大量的時(shí)間和精力，相比之下二代測(cè)序技術(shù)的速度提升***。 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的時(shí)間相對(duì)較短，一般幾個(gè)小時(shí)內(nèi)可...

不同二代測(cè)序技術(shù)平臺(tái)的速度 Illumina 測(cè)序平臺(tái)：這是目前市場(chǎng)上應(yīng)用較為***的二代測(cè)序平臺(tái)之一，其測(cè)序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列，一次運(yùn)行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)，通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長(zhǎng)，能夠滿(mǎn)足大規(guī)?；蚪M學(xué)研究和臨床檢測(cè)的需求。 Roche 454 測(cè)序平臺(tái)：Roche 454 測(cè)序系統(tǒng)的測(cè)序速度也較快，其特點(diǎn)是測(cè)序片段比較長(zhǎng)，高質(zhì)量的讀長(zhǎng)能達(dá)到 400bp 左右，一次運(yùn)行可以在 24 小時(shí)左右完成對(duì)一定數(shù)量樣本的測(cè)序。 BGISEQ 系列：華大智造的 BGISEQ 系列測(cè)序儀在速度上也有出色表現(xiàn)，如全球二代測(cè)序速度...

不同二代測(cè)序技術(shù)平臺(tái)的速度 Illumina 測(cè)序平臺(tái)：這是目前市場(chǎng)上應(yīng)用較為***的二代測(cè)序平臺(tái)之一，其測(cè)序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列，一次運(yùn)行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)，通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長(zhǎng)，能夠滿(mǎn)足大規(guī)模基因組學(xué)研究和臨床檢測(cè)的需求。 Roche 454 測(cè)序平臺(tái)：Roche 454 測(cè)序系統(tǒng)的測(cè)序速度也較快，其特點(diǎn)是測(cè)序片段比較長(zhǎng)，高質(zhì)量的讀長(zhǎng)能達(dá)到 400bp 左右，一次運(yùn)行可以在 24 小時(shí)左右完成對(duì)一定數(shù)量樣本的測(cè)序。 BGISEQ 系列：華大智造的 BGISEQ 系列測(cè)序儀在速度上也有出色表現(xiàn)，如全球二代測(cè)序速度...

二代測(cè)序——技術(shù)原理類(lèi)問(wèn)題 二代測(cè)序與一代測(cè)序的區(qū)別是什么：一代測(cè)序技術(shù)如Sanger測(cè)序，一次只能讀取一條DNA序列，通量低、速度慢、成本高，但準(zhǔn)確性高，適用于對(duì)少量基因片段的精確測(cè)序。而二代測(cè)序技術(shù)具有高通量、速度快、成本低等優(yōu)點(diǎn)，可以同時(shí)對(duì)大量DNA分子進(jìn)行測(cè)序，但在單個(gè)堿基的準(zhǔn)確性上稍低于一代測(cè)序，二者在不同的應(yīng)用場(chǎng)景中各有優(yōu)勢(shì)。二代測(cè)序有哪些主要的測(cè)序原理：主要包括邊合成邊測(cè)序和連接法測(cè)序。邊合成邊測(cè)序是在DNA聚合酶的作用下，逐個(gè)添加帶有熒光標(biāo)記的dNTP，通過(guò)檢測(cè)釋放的熒光信號(hào)來(lái)確定堿基序列；連接法測(cè)序則是利用DNA連接酶將寡核苷酸探針連接到模板DNA上，根據(jù)連接的探針...

二代測(cè)序——蛋白質(zhì)甲基化 概念及位置：蛋白質(zhì)甲基化是指在蛋白質(zhì)的氨基酸殘基上添加甲基基團(tuán)。常見(jiàn)的甲基化修飾位點(diǎn)包括精氨酸（Arg）和賴(lài)氨酸（Lys）殘基。 作用 1、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用：例如，組蛋白（染色體的組成成分）的甲基化可以改變?nèi)旧|(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能，影響基因的可及性。當(dāng)組蛋白 H3 的賴(lài)氨酸殘基（如 H3K4、H3K9 等）發(fā)生甲基化時(shí)，會(huì)招募不同的蛋白質(zhì)復(fù)合物，從而***或抑制基因轉(zhuǎn)錄。2、調(diào)節(jié)酶的活性：某些酶的活性可以通過(guò)蛋白質(zhì)甲基化來(lái)調(diào)節(jié)。甲基化可能改變酶的活性中心的結(jié)構(gòu)或者影響其與底物的結(jié)合能力。 檢測(cè)方法：質(zhì)譜分析：這是一種***用于檢測(cè)蛋...

二代測(cè)序——甲基化的定義和概念 定義：甲基化（methylation）是指從活性甲基化合物（如S-腺苷基甲硫氨酸）上將甲基催化轉(zhuǎn)移到其他化合物的過(guò)程。在生物系統(tǒng)中，這是一種常見(jiàn)的化學(xué)修飾方式，主要涉及在DNA、RNA和蛋白質(zhì)等生物大分子上添加甲基基團(tuán)。 DNA甲基化 概念及位置：DNA甲基化主要是在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶（DNAmethyltransferase，DNMT）的作用下，將甲基基團(tuán)添加到DNA分子中的特定堿基上，最常見(jiàn)的是在CpG島（富含CpG二核苷酸的區(qū)域，CpG是指胞嘧啶-鳥(niǎo)嘌呤的堿基對(duì)）的胞嘧啶（C）的5’碳位上添加甲基。 二代測(cè)序又可以稱(chēng)之為什么？新疆嘉安健...

二代測(cè)序——甲基化的作用和檢測(cè)方法有哪些？ 作用 基因表達(dá)調(diào)控：DNA 甲基化通常與基因沉默有關(guān)。例如，在**發(fā)生過(guò)程中，某些抑*基因的啟動(dòng)子區(qū)域（調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄起始的 DNA 序列）可能會(huì)發(fā)生高甲基化，導(dǎo)致這些基因無(wú)法正常表達(dá)，從而失去對(duì)腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的抑制作用。 發(fā)育調(diào)控：在胚胎發(fā)育過(guò)程中，DNA 甲基化模式的動(dòng)態(tài)變化對(duì)于細(xì)胞分化和組織***形成至關(guān)重要。不同的細(xì)胞類(lèi)型具有特定的 DNA 甲基化圖譜，這些圖譜引導(dǎo)細(xì)胞向特定的方向分化。 檢測(cè)方法 亞硫酸鹽測(cè)序法：這是一種能夠精確檢測(cè) DNA 甲基化狀態(tài)的方法。其原理是利用亞硫酸鹽處理 DNA，未甲基化的胞嘧啶會(huì)...

二代測(cè)序——數(shù)據(jù)分析類(lèi)問(wèn)題 二代測(cè)序數(shù)據(jù)分析的主要內(nèi)容和挑戰(zhàn)是什么：主要內(nèi)容包括數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制、序列比對(duì)、變異檢測(cè)、基因表達(dá)定量、功能注釋等。挑戰(zhàn)在于數(shù)據(jù)量巨大，需要高效的計(jì)算資源和復(fù)雜的生物信息學(xué)算法來(lái)處理；數(shù)據(jù)質(zhì)量參差不齊，需要嚴(yán)格的質(zhì)量控制和過(guò)濾；變異解讀復(fù)雜，需要結(jié)合生物學(xué)知識(shí)和數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行準(zhǔn)確的評(píng)估。如何從海量的二代測(cè)序數(shù)據(jù)中篩選出有意義的信息：通過(guò)設(shè)定合理的質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)過(guò)濾低質(zhì)量數(shù)據(jù)，然后根據(jù)研究目的進(jìn)行針對(duì)性的分析，如在疾病研究中，重點(diǎn)關(guān)注與疾病相關(guān)的基因區(qū)域的變異和表達(dá)變化；利用已知的生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和功能注釋信息對(duì)檢測(cè)到的變異和基因進(jìn)行注釋和篩選，優(yōu)先關(guān)注那些對(duì)蛋白質(zhì)功能...

二代測(cè)序——技術(shù)原理類(lèi)問(wèn)題 二代測(cè)序與一代測(cè)序的區(qū)別是什么：一代測(cè)序技術(shù)如Sanger測(cè)序，一次只能讀取一條DNA序列，通量低、速度慢、成本高，但準(zhǔn)確性高，適用于對(duì)少量基因片段的精確測(cè)序。而二代測(cè)序技術(shù)具有高通量、速度快、成本低等優(yōu)點(diǎn)，可以同時(shí)對(duì)大量DNA分子進(jìn)行測(cè)序，但在單個(gè)堿基的準(zhǔn)確性上稍低于一代測(cè)序，二者在不同的應(yīng)用場(chǎng)景中各有優(yōu)勢(shì)。二代測(cè)序有哪些主要的測(cè)序原理：主要包括邊合成邊測(cè)序和連接法測(cè)序。邊合成邊測(cè)序是在DNA聚合酶的作用下，逐個(gè)添加帶有熒光標(biāo)記的dNTP，通過(guò)檢測(cè)釋放的熒光信號(hào)來(lái)確定堿基序列；連接法測(cè)序則是利用DNA連接酶將寡核苷酸探針連接到模板DNA上，根據(jù)連接的探針...

二代測(cè)序的建庫(kù)步驟④ 四、接頭連接 接頭選擇：根據(jù)測(cè)序平臺(tái)的要求選擇合適的接頭。不同的二代測(cè)序平臺(tái)（如Illumina、IonTorrent等）有各自特定設(shè)計(jì)的接頭。這些接頭包含與測(cè)序平臺(tái)的流動(dòng)池（flowcell）表面互補(bǔ)的序列，用于將DNA片段固定在測(cè)序芯片上，還包含用于區(qū)分不同樣本的索引序列（index）等。 連接反應(yīng)：使用DNA連接酶將接頭與DNA片段連接。T4DNA連接酶是常用的連接酶，它可以在ATP（三磷酸腺苷）存在下，將接頭的5'-磷酸基團(tuán)與DNA片段的3'-羥基形成磷酸二酯鍵，從而將接頭連接到DNA片段的兩端。連接反應(yīng)的條件（如溫度、連接酶的用量、反應(yīng)時(shí)間...

宏基因組二代測(cè)序，你了解多少？ 宏基因組二代測(cè)序（mNGS）是一項(xiàng)覆蓋病原譜廣且高通量的檢測(cè)技術(shù)，已在臨床領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。對(duì)于血液病患者，病原mNGS通過(guò)對(duì)樣本快速高通量測(cè)序，可以獲得更準(zhǔn)確、相對(duì)無(wú)偏倚的病原信息，對(duì)病原診斷起到積極的作用，尤其對(duì)傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)未覆蓋到或檢測(cè)周期較長(zhǎng)、陽(yáng)性率較低的病原可提高檢出率。對(duì)于臨床相關(guān)樣本應(yīng)首先完善傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)，病理、無(wú)菌標(biāo)本培養(yǎng)仍然是診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，病原mNGS是對(duì)傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)的有力補(bǔ)充和延展而非替代。病原mNGS的報(bào)告解讀應(yīng)充分評(píng)估檢出微生物的致病性、流行病學(xué)、生物信息學(xué)信息，同時(shí)在結(jié)合患者臨床特征的基礎(chǔ)上進(jìn)行綜合判斷。 一代...

二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)和劣勢(shì)分別有哪些？ 優(yōu)勢(shì)：能夠同時(shí)得到大量的序列數(shù)據(jù)，相比于一代測(cè)序技術(shù)，通量提高了成千上萬(wàn)倍;單條序列成本非常低廉。 劣勢(shì)：序列讀長(zhǎng)較短，Illumina平臺(tái)為250-300bp，454平臺(tái)也只有500bp左右;由于建庫(kù)中利用了PCR富集序列，因此有一些含量較少的序列可能無(wú)法被大量擴(kuò)增，造成一些信息的丟失，且PCR過(guò)程中有一定概率會(huì)引入錯(cuò)配堿基。想要得到準(zhǔn)確和長(zhǎng)度較長(zhǎng)的拼接結(jié)果，需要測(cè)序的覆蓋率較高導(dǎo)致結(jié)果錯(cuò)誤較多和成本增加。 二代測(cè)序需要多久才能完成？江蘇嘉安健達(dá)二代測(cè)序原理 二代測(cè)序的建庫(kù)步驟⑤ 五、文庫(kù)富集（可選步驟） PCR富集：對(duì)于一些起...

①二代測(cè)序一般多久出結(jié)果？ 二代測(cè)序（Next-GenerationSequencing，NGS）出結(jié)果的時(shí)間會(huì)受到多種因素的影響，一般在數(shù)天到數(shù)周不等。 1、樣本類(lèi)型和質(zhì)量 不同的樣本類(lèi)型處理時(shí)間不同。例如，血液樣本相對(duì)容易處理，提取DNA的過(guò)程比較常規(guī)。如果是組織樣本，可能需要先進(jìn)行樣本的解離等復(fù)雜操作。如果樣本質(zhì)量高，DNA提取和文庫(kù)構(gòu)建等前期工作會(huì)比較順利，能加快整體進(jìn)程。但如果樣本量少或者DNA有降解等質(zhì)量問(wèn)題，可能需要重新提取樣本或者進(jìn)行DNA修復(fù)等操作，這會(huì)**延長(zhǎng)時(shí)間。例如，對(duì)于新鮮血液樣本，DNA提取可能在1-2天內(nèi)完成；而對(duì)于一些福爾馬林固定石蠟包埋（...

二代測(cè)序——RNA甲基化的概念、作用和檢測(cè)方法 RNA 甲基化概念及位置：RNA 甲基化是在 RNA 分子上添加甲基基團(tuán)，其中 N6 - 甲基腺苷（m6A）是最常見(jiàn)的一種 RNA 甲基化修飾形式，它主要發(fā)生在 mRNA（信使 RNA）的腺嘌呤（A）殘基上。 作用 1、影響 RNA 的穩(wěn)定性：m6A 修飾可以影響 mRNA 的穩(wěn)定性。例如，一些帶有 m6A 修飾的 mRNA 更容易被降解，從而調(diào)控基因表達(dá)的時(shí)間和水平。2、調(diào)節(jié) RNA 的剪接和翻譯：m6A 修飾還能夠調(diào)節(jié) mRNA 的剪接過(guò)程，影響不同轉(zhuǎn)錄本的生成。同時(shí)，它也可以在翻譯水平上發(fā)揮作用，影響蛋白質(zhì)合成的效率。...