北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)

來源: 發(fā)布時間:2022-01-16

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)測試步驟:第1步就是把單個細(xì)胞分選出來。分選的方式也比較多,物理切割,酶消化,F(xiàn)ACS分選等。假如已經(jīng)分到了一個單細(xì)胞,跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細(xì)胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細(xì)胞里的RNA含量是比較少的,難建庫成功。這個里面“量”的概念很有意思。比如說單細(xì)胞量少,需要特殊處理。因?yàn)閱渭?xì)胞里面RNA的量少,所以說整個富集的過程中會出現(xiàn)一部分基因在一個細(xì)胞里能檢測到,在另外一個細(xì)胞里面檢測不到,而每個細(xì)胞里面的檢測存在一個隨機(jī)性,同時單細(xì)胞測序深度比較低,所以說分析時相比于普通轉(zhuǎn)錄組有一些是需要特別注意,但整體的分析思路是類似的。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更高的檢測通量。北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組是干什么用的,和表達(dá)譜有什么區(qū)別?轉(zhuǎn)錄組,指細(xì)胞某一時期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平。轉(zhuǎn)錄組學(xué),是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。對RNA的分析。分析應(yīng)該是分幾個維度的DNA到RNA,RNA的剪切拼接,RNA的翻譯。表達(dá)譜有兩種,分別是基因表達(dá)譜和蛋白質(zhì)表達(dá)譜。基因表達(dá)譜是指細(xì)胞中所有基因表達(dá)的格局。通過比較分析基因表達(dá)譜,可從整體水平研究代謝機(jī)制,認(rèn)識基因相互作用的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,發(fā)現(xiàn)重要基因。廣東全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組研究轉(zhuǎn)錄組學(xué)靈敏度高,可以檢測細(xì)胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué):是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子,沒有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly(A)結(jié)構(gòu),主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲存于外泌體中,不受RNA外切酶影響,表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解,已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成,也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時由于circRNA含有大量的miRNA應(yīng)答原件(MREs),能與AGO蛋白形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)的催化關(guān)鍵,然后導(dǎo)致circRNA降解。根據(jù)來源,circRNA可大致分為四類:全外顯子型的circRNA,內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA,內(nèi)含子組成的套索型ciRNA,由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序流程:1、樣品RNA準(zhǔn)備。2、測序文庫構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增。4、高通量測序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況:1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異;2、不同品系之間存在的差異表達(dá)基因;3、不同的外界條件處理,如細(xì)菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫,對基因表達(dá)的影響;4、同一個體,不同組織之間的基因表達(dá)差異。簡而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。什么是轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序?

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):10×genomics技術(shù):首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段,DNA的片段由三部分組成:Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個堿基的長度。一共有400萬種Barcode,一個微珠是對應(yīng)于一種Barcode,通過這400萬種Barcode,可以把凝膠微珠給區(qū)分開(通過barcode可以把cell分開)。UMI是一段隨機(jī)序列,也就是說每一個DNA分子,都有自己的UMI序列(一個微珠上有很多種UMI,通過UMI可以把RNA分子分開,并可以標(biāo)記RNA分子的數(shù)量)。10個堿基長的UMI,有100萬種序列的變化(4^10=1,048,576),UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來自于一個原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復(fù)還是duplication及區(qū)分是真實(shí)的SNP位點(diǎn)還是PCR產(chǎn)生的突變。通過10×genomics儀器將單個細(xì)胞與單個凝膠微珠通過油相混在一起,形成油包水的小微滴。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能準(zhǔn)確地識別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,UTR區(qū)域。廣東全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組研究

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟:單細(xì)胞的分離和捕獲:溫和分離,稀有細(xì)胞。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴(kuò)增:RNA測序需要0.1-1.0ugtotalRNA,捕獲效率10%(5-**NA測序需要1ngDNA,極限稀釋加移液分離單細(xì)胞;顯微操作分選單細(xì)胞;流式分選帶有表面Marker的單細(xì)胞;激光切割實(shí)體組織;微流控技術(shù);磁珠捕獲,主要用于CTC。它的一個優(yōu)點(diǎn)是可以結(jié)合流式細(xì)胞熒光分選(FACS,fluorescentactivatedcellsorting)根據(jù)表面Marker分選細(xì)胞。因此特別適合分選細(xì)胞子集用于測序。它的另一個優(yōu)點(diǎn)是可以獲得細(xì)胞形態(tài)全覽圖,提供另外一個維度的信息,可用于鑒定微孔中是否有損傷的細(xì)胞或雙份細(xì)胞,主要缺點(diǎn)是通量低且每個細(xì)胞所需的工作量相當(dāng)大。北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)

上海拜譜生物科技有限公司位于東川路555號丙樓1171室。公司業(yè)務(wù)分為多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)等,目前不斷進(jìn)行創(chuàng)新和服務(wù)改進(jìn),為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。公司從事商務(wù)服務(wù)多年,有著創(chuàng)新的設(shè)計、強(qiáng)大的技術(shù),還有一批**的專業(yè)化的隊伍,確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務(wù)。在社會各界的鼎力支持下,持續(xù)創(chuàng)新,不斷鑄造***服務(wù)體驗(yàn),為客戶成功提供堅實(shí)有力的支持。