貴州轉錄組學分析鑒定

來源: 發(fā)布時間:2022-01-11

circRNA轉錄組學生物學功能:circRNA主要存在于細胞質或外泌體中,具有組織特異性、疾病特異性、時序特異性及高穩(wěn)定性等特征。近幾年,大量的研究表明circRNA在生物的生長發(fā)育、脅迫應答、疾病發(fā)生和發(fā)展等方面密切相關,并預測其在疾病診斷標記物等方面的應用前景,但其生物學功能在很大程度上仍然未知。目前認可度比較高的circRNA生物學功能。miRNAsponge。circRNA富含miRNA結合位點來充當miRNA海綿作用,阻止miRNA在3′非翻譯區(qū)與mRNA相互作用,進而間接調控miRNA下游靶基因的表達。轉錄學組測序是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。貴州轉錄組學分析鑒定

轉錄組學應用于胃腸瘤轉移機制研究:circRNA是一種非編碼RNA,可以多種方式參與生物學功能,如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉移等。近年來研究發(fā)現,環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結合蛋白參與轉錄后調控,從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復、凋亡、增殖、細胞轉運,以及介導瘤耐藥的細胞內酶,進而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調節(jié)作用。有研究證實通過干擾環(huán)狀RNA的表達,可以提高瘤對藥物的敏感性,提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點。南京SmalIRNA轉錄組學技術轉錄組學測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和。

轉錄組學應用領域:農林領域:生長發(fā)育機制,抗逆脅迫機制,育種,物種保護研究等;畜牧業(yè):生長發(fā)育機制,致病機理研究,肉類及乳制品品質研究等;海洋水產:生長發(fā)育機制,漁業(yè)資源,漁業(yè)環(huán)境與水產品安全等;微生物:致病機理,耐藥機制,病原體-宿主相互作用研究等;生物醫(yī)藥:生物標志物,疾病機理機制,疾病分型,藥物開發(fā),個性化醫(yī)治等;環(huán)境科學:發(fā)酵過程優(yōu)化,生物燃料生產,環(huán)境危害風險評估研究等;食品科學:食品儲藏及加工條件優(yōu)化,食品組分及品質鑒定,功能性食品開發(fā),食品安全監(jiān)檢測等。

轉錄組學(Transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內所有轉錄產物的匯合,包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉運RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA);狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組具有很強的時間和空間特性,是基因功能及結構研究的基礎和出發(fā)點,掌握了生物個體基因轉錄水平的變化,可深入了解其生命活動特征和調控機制。通過新一代高通量測序,能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉錄本的基因序列信息。轉錄組學測序必須做生物學重復么?

轉錄組學測序流程:1、樣品RNA準備。2、測序文庫構建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數據分析。轉錄組的分析大致有以下幾種情況:1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異;2、不同品系之間存在的差異表達基因;3、不同的外界條件處理,如細菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫,對基因表達的影響;4、同一個體,不同組織之間的基因表達差異。簡而言之,轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組學可以準確地識別可變剪切和融合基因。上海IncRNA轉錄組學分析

轉錄組學能準確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR區(qū)域。貴州轉錄組學分析鑒定

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