普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序適用于哪些情況？普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于兩大類：一是不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么？需要幾個(gè)重復(fù)？生物學(xué)重復(fù)是生物實(shí)驗(yàn)所必須的，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序也不例外，至少3次生物學(xué)重復(fù)。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時(shí)，通過對(duì)實(shí)驗(yàn)的預(yù)先設(shè)計(jì)和控制，盡可能將與實(shí)驗(yàn)處理無關(guān)的背景條件控制在同一水平，減少批次效應(yīng)對(duì)結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序只能測(cè)到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序通過構(gòu)建兩個(gè)測(cè)序文庫(kù)（一是小RNA測(cè)序文庫(kù)、二是lncRNA測(cè)序文庫(kù)）是可以測(cè)到以上4種RNA的。轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時(shí)，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本。濟(jì)南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來去提取RNA，然后建庫(kù)測(cè)序，獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性，且存在異質(zhì)性。而且這些細(xì)胞群中會(huì)存在不同類型的細(xì)胞，尤其是當(dāng)我們對(duì)整個(gè)組織進(jìn)行測(cè)序時(shí)，它們本身就是由不同類型的細(xì)胞組成的，而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測(cè)序，相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類型的差異，展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài)，所以說單細(xì)胞從這個(gè)來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測(cè)，不是用一堆細(xì)胞測(cè)。浙江靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針。
RNA-Seq，是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測(cè)序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以形成對(duì)該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化，針對(duì)關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測(cè)序技術(shù)具有測(cè)序讀長(zhǎng)的限制，因此在進(jìn)行測(cè)序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過與參考基因組比對(duì)或拼接的方式識(shí)別轉(zhuǎn)錄本，這就會(huì)造成一定的錯(cuò)誤比例，同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的優(yōu)勢(shì)：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于第三代測(cè)序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組，通常來說很難承擔(dān)，因此，全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相結(jié)合。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。
宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組的概念：宏轉(zhuǎn)錄組是特定時(shí)期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA（轉(zhuǎn)錄本）的匯合。通過對(duì)這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行大規(guī)模高通量測(cè)序，可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。這種技術(shù)不只具有宏基因組技術(shù)的全部?jī)?yōu)點(diǎn)，可以檢測(cè)環(huán)境中的活性微生物、活性轉(zhuǎn)錄本以及活性功能進(jìn)行研究，還可以比較不同環(huán)境下的差異表達(dá)基因和差異功能途徑，揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機(jī)制，探索環(huán)境與微生物之間的互作機(jī)理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測(cè)范圍廣，高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍。濟(jì)南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠檢測(cè)未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本。濟(jì)南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個(gè)簡(jiǎn)并堿基構(gòu)成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個(gè)堿基是A、C、G而非T的簡(jiǎn)并堿基，而倒數(shù)第1個(gè)為簡(jiǎn)并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個(gè)連接處，而不會(huì)結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個(gè)酶有個(gè)特點(diǎn)，就是它在轉(zhuǎn)錄到mRNA的5’端末端的時(shí)侯，會(huì)在新合成的cDNA的3’末端，多加出幾個(gè)C堿基來。濟(jì)南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)
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