單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：10×genomics技術(shù)：首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段，DNA的片段由三部分組成：Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個(gè)堿基的長(zhǎng)度。一共有400萬(wàn)種Barcode，一個(gè)微珠是對(duì)應(yīng)于一種Barcode，通過(guò)這400萬(wàn)種Barcode，可以把凝膠微珠給區(qū)分開（通過(guò)barcode可以把cell分開）。UMI是一段隨機(jī)序列，也就是說(shuō)每一個(gè)DNA分子，都有自己的UMI序列（一個(gè)微珠上有很多種UMI，通過(guò)UMI可以把RNA分子分開，并可以標(biāo)記RNA分子的數(shù)量）。10個(gè)堿基長(zhǎng)的UMI，有100萬(wàn)種序列的變化（4^10=1,048,576），UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來(lái)自于一個(gè)原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復(fù)還是duplication及區(qū)分是真實(shí)的SNP位點(diǎn)還是PCR產(chǎn)生的突變。通過(guò)10×genomics儀器將單個(gè)細(xì)胞與單個(gè)凝膠微珠通過(guò)油相混在一起，形成油包水的小微滴。轉(zhuǎn)錄組學(xué)無(wú)需了解物種基因信息，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。湖北mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)服務(wù)
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的優(yōu)勢(shì)：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于第三代測(cè)序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組，通常來(lái)說(shuō)很難承擔(dān)，因此，全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相結(jié)合。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)是什么？宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)也稱為環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學(xué)，指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時(shí)期菌群群體全部基因轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機(jī)制，探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機(jī)理。上海轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測(cè)價(jià)格轉(zhuǎn)錄組學(xué)靈敏度高，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。
全轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)優(yōu)勢(shì)：文庫(kù)優(yōu)化：針對(duì)不同長(zhǎng)度的序列采用兩種文庫(kù)構(gòu)建方法，采用去核糖體的鏈特異性文庫(kù)可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。數(shù)據(jù)全：全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序完成后可獲取4類主要RNA（miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA）數(shù)據(jù)，可對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)分析及整合分析。關(guān)聯(lián)全：通過(guò)對(duì)mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列測(cè)定及后續(xù)分析，深入開展全轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(ceRNA網(wǎng)絡(luò))分析。樣本類型：細(xì)胞，組織，體液、血清、血漿、全血，總RNA等。建議總RNA起始量：＞15μg，濃度≥200ng/μL）。
轉(zhuǎn)錄組學(xué) (transcriptomics)是功能基因組學(xué) ( Functional Genomics)研究的重要組成部分，是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。隨著越來(lái)越多的基因組序列相繼被測(cè)定,生命科學(xué)的研究進(jìn)入了后基因組時(shí)代,各類組學(xué)技術(shù)得到迅速地發(fā)展與普遍地應(yīng)用包括以基因?yàn)檠芯繉?duì)象的基因組學(xué)(Genomics)、以轉(zhuǎn)錄過(guò)程為研究對(duì)象的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)。意義：1、轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達(dá)的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制。2、通過(guò)基于基因表達(dá)譜的分子標(biāo)簽,不只可以辨別細(xì)胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因？
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個(gè)簡(jiǎn)并堿基構(gòu)成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個(gè)堿基是A、C、G而非T的簡(jiǎn)并堿基，而倒數(shù)第1個(gè)為簡(jiǎn)并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個(gè)連接處，而不會(huì)結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個(gè)酶有個(gè)特點(diǎn)，就是它在轉(zhuǎn)錄到mRNA的5’端末端的時(shí)侯，會(huì)在新合成的cDNA的3’末端，多加出幾個(gè)C堿基來(lái)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？湖北mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)服務(wù)
轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)。湖北mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)服務(wù)
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測(cè)序技術(shù)具有測(cè)序讀長(zhǎng)的限制，因此在進(jìn)行測(cè)序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過(guò)與參考基因組比對(duì)或拼接的方式識(shí)別轉(zhuǎn)錄本，這就會(huì)造成一定的錯(cuò)誤比例，同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的優(yōu)勢(shì)：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于第三代測(cè)序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組，通常來(lái)說(shuō)很難承擔(dān)，因此，全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相結(jié)合。湖北mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)服務(wù)