四川IncRNA轉錄組學技術分析

轉錄組學(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調(diào)控規(guī)律的學科，從RNA水平研究基因的表達情況。轉錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉錄本及基因序列，可以用來研究基因表達量、基因功能、結構、可變剪接和預測新的轉錄本等等。轉錄組（transcriptome），是指特定生長階段某組織或細胞內(nèi)所有轉錄產(chǎn)物的匯合，狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進行轉錄組分析。四川IncRNA轉錄組學技術分析

宏轉錄學組概念：宏轉錄組測序是對某一特定時期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進行高通量測序，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉錄組信息的一種測序技術的新應用。宏轉錄組中不只包含有微生物的物種信息，還有微生物的基因表達信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群，那么宏轉錄組則能告訴我們這些微生物，這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動植物等關系的機制。宏轉錄組分析：從以G為單位的高通量測序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進行宏轉錄組研究必須經(jīng)歷的一步?，F(xiàn)在網(wǎng)絡上分析組學數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學工具中選擇出適合分析宏轉錄組數(shù)據(jù)的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉錄組分析pipline，直接關乎到后期數(shù)據(jù)分析的進行。廣州全轉錄學組分析研究轉錄組學可應用于炎癥發(fā)生機制的發(fā)現(xiàn)及干預。

RNA-Seq轉錄組學的應用：RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關系。RNA-Seq，是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法：首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA并進行mRNA富集，然后反轉錄為 cDNA后進行的新一代高通量測序，在此基礎上進行片段的拼接組裝，從而可得到一個個的轉錄本，進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。

轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調(diào)控規(guī)律的學科。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。轉錄組學（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調(diào)控規(guī)律的學科。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄學組測序能夠提供更普遍的檢測范圍。

circRNA轉錄組學：是一類具有閉合環(huán)狀結構的非編碼RNA分子，沒有5′ 帽子結構和3′ poly（A）結構，主要位于細胞質(zhì)或儲存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結構。轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉錄組分析策略進行組裝的話，難度較大，組裝結果存在較大風險。轉錄組學是研究特定的細胞、組織或個體在特定時間和狀態(tài)下所轉錄出所有 RNA 的學科。廣州全轉錄學組分析研究

轉錄組學能準確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區(qū)域。四川IncRNA轉錄組學技術分析

單細胞轉錄組學技術：10×genomics技術：首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段，DNA的片段由三部分組成：Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個堿基的長度。一共有400萬種Barcode，一個微珠是對應于一種Barcode，通過這400萬種Barcode，可以把凝膠微珠給區(qū)分開（通過barcode可以把cell分開）。UMI是一段隨機序列，也就是說每一個DNA分子，都有自己的UMI序列（一個微珠上有很多種UMI，通過UMI可以把RNA分子分開，并可以標記RNA分子的數(shù)量）。10個堿基長的UMI，有100萬種序列的變化（4^10=1,048,576），UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來自于一個原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復還是duplication及區(qū)分是真實的SNP位點還是PCR產(chǎn)生的突變。通過10×genomics儀器將單個細胞與單個凝膠微珠通過油相混在一起，形成油包水的小微滴。四川IncRNA轉錄組學技術分析