單細胞RNA-seq轉錄組學工作流程:單細胞RNA測序等高通量單細胞轉錄組學技術通常從針對不同瘤和組織類型(解離、分選和分離細胞等)量身定制的實驗工作流程開始,然后產生可以比對的序列,量化、質量控制(QC)過濾和以不同方式標準化,以實現許多下游計算分析,例如聚類分析以識別轉錄不同的細胞類型和亞群,等位基因分析以識別單核苷酸變異(SNV,用星號表示)或拷貝數變體(CNV)、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境(TME)相互作用的推斷中。單細胞轉錄組學數據的分析通常因精心設計的研究設計而變得復雜,這些設計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點(例如,診療前和診療后)收集的同一個人的多個樣本,或來自表現出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設計可以發(fā)現患者共享的轉錄特征,這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。普通轉錄組學測序適用于哪些情況?杭州RNA轉錄組學服務
轉錄組學應用于胃腸瘤轉移機制研究:circRNA是一種非編碼RNA,可以多種方式參與生物學功能,如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉移等。近年來研究發(fā)現,環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結合蛋白參與轉錄后調控,從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復、凋亡、增殖、細胞轉運,以及介導瘤耐藥的細胞內酶,進而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調節(jié)作用。有研究證實通過干擾環(huán)狀RNA的表達,可以提高瘤對藥物的敏感性,提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點。南京SmalIRNA轉錄組學轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。
什么是轉錄組學測序?轉錄組廣義上指在某一生理條件下,細胞內所有轉錄組產物的組合,包括:mRNA、ncRNA、rRNA等;狹義上指所有mRNA的組合。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和,主要包括mRNA和ncRNA。轉錄組具有時間特異性、組織特異性、空間特異性等特點。無參轉錄組和有參轉錄組的區(qū)別?如果所研究的物種有組裝注釋質量較好基因組序列,且和該基因組序列比對效率較高,那么可以采用有參轉錄組的分析策略,直接進行分析。反之,則需要按照無參轉錄組的分析策略進行轉錄本組裝,構建unigene庫,然后進行后續(xù)分析。
轉錄組測序推薦的測序數據量?轉錄組測序所需數據量與所研究物種的基因組大小有關,基因組越大,則所需數據量越大。按照我們的經驗來說:常規(guī)物種一般建議6G數據即可;基因組較大的物種推薦8G以上數據,比如:小麥建議10G數據起,甘蔗、甘薯建議至少8G數據。轉錄組測序必須做生物學重復么?需要幾個重復?生物學重復是生物實驗所必須的,轉錄組測序也不例外,至少3 次生物學重復。準備生物重復樣品時,通過對實驗的預先設計和控制,盡可能將與實驗處理無關的背景條件控制在同一水平,減少批次效應對結果的影響。轉錄組學可應用于非生物環(huán)境關系研究、植物與微生物、在表型鑒定中的應用、代謝途徑及功能基因組研究。
宏轉錄學組的概念:宏轉錄組是特定時期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA(轉錄本)的匯合。通過對這些轉錄本進行大規(guī)模高通量測序,可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉錄組信息。這種技術不只具有宏基因組技術的全部優(yōu)點,可以檢測環(huán)境中的活性微生物、活性轉錄本以及活性功能進行研究,還可以比較不同環(huán)境下的差異表達基因和差異功能途徑,揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應機制,探索環(huán)境與微生物之間的互作機理。轉錄組學測序樣品純度要求,OD值應在1.8至2.2之間。上海靶向轉錄組學費用
RNA-Seq轉錄組學即對轉錄組進行測序和分析。杭州RNA轉錄組學服務
RNA-Seq轉錄組學的應用:RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數據自己進行后續(xù)的生信分析(質控,mapping,差異基因表達分析,SNV分析等)。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,不同組織:研究基因在不同部分的表達情況。同一物種,同一組織:研究基因在不同處理下,不同條件下的表達變化。同一組織,不同物種:研究基因的進化關系。RNA-Seq,是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法:首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA并進行mRNA富集,然后反轉錄為 cDNA后進行的新一代高通量測序,在此基礎上進行片段的拼接組裝,從而可得到一個個的轉錄本,進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。杭州RNA轉錄組學服務