深圳定量乙?;鞍踪|(zhì)組學(xué)技術(shù)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-05-07

定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析(QuantitativeProteomics)是對一個(gè)基因組表達(dá)的全部蛋白質(zhì)或一個(gè)復(fù)雜混合體系內(nèi)所有蛋白質(zhì)進(jìn)行精確鑒定和定量。可用于篩選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達(dá)蛋白,結(jié)合生物信息學(xué)揭示細(xì)胞生理病理等功能,同時(shí)也可對某些關(guān)鍵蛋白進(jìn)行定性和定量分析。目前定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)常見標(biāo)記(Label)和非標(biāo)記的(LabelFree)定量策略。定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)常見的幾類主要包括:LabelFree定量蛋白組分析、SILAC與免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白組學(xué)分析、SILAC/Dimethyl標(biāo)記定量蛋白組分析、SWATH定量蛋白組學(xué)、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白組學(xué)分析。對人類而言,蛋白質(zhì)組學(xué)的研究終究要服務(wù)于人類的健康。深圳定量乙?;鞍踪|(zhì)組學(xué)技術(shù)

LabelFree(非標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)):在非標(biāo)記策略的定量模型中,主要涉及兩種不同的算法:其一,以肽段的色譜峰積分面積為基礎(chǔ),通過比較一對生物樣品中相對應(yīng)到蛋白質(zhì)酶解多肽的色譜積分面積而得到兩者的相對豐度;其二,以肽段被質(zhì)譜檢測的計(jì)數(shù)為基礎(chǔ),通過歸一化來表征被檢測蛋白質(zhì)的相對豐度。非標(biāo)記技術(shù)認(rèn)為肽段在質(zhì)譜中被捕獲檢測的頻率(Counts)與其在混合物中的豐度成正相關(guān),因此蛋白質(zhì)被質(zhì)譜檢測的計(jì)數(shù)反映了蛋白質(zhì)的豐度,通過適當(dāng)?shù)臄?shù)學(xué)公式可以將質(zhì)譜檢測計(jì)數(shù)與蛋白質(zhì)的量聯(lián)系起來,從而對蛋白質(zhì)進(jìn)行定量。廣東DIA定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)可以對不同物種和不同的樣本類型可以同時(shí)開展蛋白定量分析。

蛋白質(zhì)組研究:蛋白質(zhì)組研究是指系統(tǒng)研究在某一特定時(shí)間、特定條件下,某一種特定組織中的所有蛋白質(zhì)。對蛋白質(zhì)的研究也不只是局限于蛋白質(zhì)的氨基酸序列,而是包括了蛋白質(zhì)的表達(dá)量,蛋白質(zhì)活性,被修飾的狀況以及和其他蛋白質(zhì)或分子的相互作用情況、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu)。這些信息對于全方面了解復(fù)雜的生物系統(tǒng)有著重要的意義。因此,蛋白質(zhì)組學(xué)研究目標(biāo)是大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究蛋白質(zhì)的特性,以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。

蛋白質(zhì)組學(xué)與基因組學(xué)的差異:蛋白質(zhì)組和基因組(genome)在概念上有相關(guān)性,某一個(gè)蛋白質(zhì)組的蛋白質(zhì)是由其基因組所編碼的,然而蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)在研究對象和研究方法上有很大的區(qū)別?;蚪M在所有的細(xì)胞中幾乎都是完整的,與之不同,蛋白質(zhì)組具有很高的細(xì)胞和組織特異性,不同的細(xì)胞組織表達(dá)不同的蛋白質(zhì)組。蛋白質(zhì)組的復(fù)雜性也遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于基因組,這是因?yàn)橐粋€(gè)基因≠一個(gè)轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物≠一個(gè)蛋白質(zhì)。比如據(jù)估計(jì)人的基因組由30000個(gè)基因組成,經(jīng)mRNA剪切和蛋白質(zhì)翻譯后修飾將產(chǎn)生20萬~200萬個(gè)蛋白質(zhì)。由于不同的轉(zhuǎn)錄起始和mRNA剪切使同一基因產(chǎn)生了不同的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。同樣由于不同的翻譯起始,一個(gè)mRNA可以翻譯成不同的蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組學(xué)的分析主要指蛋白的生信分析,依賴于數(shù)據(jù)庫的建立。

蛋白質(zhì)組學(xué)研究策略有什么?“自頂向下”策略并不依賴于蛋白酶的酶切,而是直接鑒定完整蛋白質(zhì),在翻譯后修飾和蛋白質(zhì)同素異構(gòu)體鑒定方面有一些潛在的優(yōu)勢??墒窃摬呗缘娜毕菔堑鞍踪|(zhì)在氣相中分離、電離及碎裂都十分困難。而鳥管法蛋白質(zhì)組學(xué)由于將蛋白質(zhì)酶解成肽段,使其在氣相中更容易被分離、電離和碎裂;所以鳥管法蛋白質(zhì)組學(xué)在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中得到了比較普遍的應(yīng)用。“自中向下”策略也依賴于蛋白酶的酶切,但是由于采用了另外的酶,比如OmpT,只能酶切(Lys/Arg-Lys/Arg),因此酶切之后的分子量較大,更利于后續(xù)的蛋白組裝環(huán)節(jié)。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的本質(zhì)(從分析化學(xué)角度來看),就是對蛋白質(zhì)的定性定量分析。貴州外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)費(fèi)用

蛋白質(zhì)組研究技術(shù)涉及到各種重要的生物學(xué)現(xiàn)象,如信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞分化、蛋白質(zhì)折疊等等。深圳定量乙?;鞍踪|(zhì)組學(xué)技術(shù)

定量蛋白質(zhì)組學(xué)的方法學(xué)背景和意義:從生命活動(dòng)的直接執(zhí)行者——蛋白質(zhì)的角度研究生命現(xiàn)象和規(guī)律(特別是疾病防治和病理研究)已成為研究生命科學(xué)的主要手段。而這些研究往往離不開對細(xì)胞、組織中含有蛋白質(zhì)種類和表達(dá)量的研究。對處不同時(shí)期、不同條件下蛋白質(zhì)表達(dá)水平變化的研究,識別功能模塊和路徑,監(jiān)控疾病的生物標(biāo)志物,這些研究都需要對蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定和定量。生物質(zhì)譜技術(shù)的出現(xiàn)和不斷成熟為蛋白質(zhì)差異表達(dá)分析提供了更可靠、動(dòng)態(tài)范圍更廣的研究手段。基于質(zhì)譜技術(shù),科學(xué)家們不斷開發(fā)出新的定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法,來了解細(xì)胞、組織或生物體的整體蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)。深圳定量乙?;鞍踪|(zhì)組學(xué)技術(shù)