什么是轉(zhuǎn)錄組測(cè)序？轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狹義上指所有mRNA的組合。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，主要包括mRNA和ncRNA。轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性、組織特異性、空間特異性等特點(diǎn)。普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序適用于哪些情況？普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于兩大類(lèi)：一是不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序適用于哪些情況？湖北外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法
轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。全轉(zhuǎn)錄學(xué)組主要技術(shù)轉(zhuǎn)錄組學(xué)有高通量、更精確的數(shù)字信號(hào)。
轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測(cè)序分析技術(shù)之一。常見(jiàn)設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較，尋找差異基因、標(biāo)志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本，并進(jìn)行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析也相對(duì)成熟，從RNA提取、構(gòu)建文庫(kù)、上機(jī)測(cè)序再到結(jié)果解析既可以自己完成，又可以在專(zhuān)業(yè)公司進(jìn)行。概括來(lái)看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡(jiǎn)單，序列比對(duì)-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達(dá)定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個(gè)環(huán)節(jié)清晰流暢，可以作為剛開(kāi)始接觸高通量測(cè)序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序結(jié)果的影響因素？RNA的降解嚴(yán)重影響測(cè)序的質(zhì)量，RNA降解后，加入poly-A后無(wú)法捕獲純化mRNA，因此，隨機(jī)引物反轉(zhuǎn)錄無(wú)法得到全部的cDNA，導(dǎo)致測(cè)序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫(kù)中的poly-A多聚物的存在會(huì)對(duì)測(cè)序信號(hào)產(chǎn)生干擾，影響測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性；同時(shí)由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致，實(shí)驗(yàn)前需要對(duì)樣本進(jìn)行均一化處理，否則高豐度的表達(dá)基因會(huì)掩蓋低豐度表達(dá)基因，導(dǎo)致尋找新基因失敗或者是獲得大量無(wú)意義的重復(fù)序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切和融合基因。
單細(xì)胞 RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的工作流程：?jiǎn)渭?xì)胞 RNA 測(cè)序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對(duì)不同瘤和組織類(lèi)型（解離、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實(shí)驗(yàn)工作流程開(kāi)始，然后產(chǎn)生可以比對(duì)的序列，量化、質(zhì)量控制 (QC) 過(guò)濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化，以實(shí)現(xiàn)許多下游計(jì)算分析，例如聚類(lèi)分析以識(shí)別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類(lèi)型和亞群，等位基因分析以識(shí)別單核苷酸變異（SNV，用星號(hào)表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測(cè)或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合。武漢全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于表達(dá)差異的研究。湖北外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法
RNA-Seq，是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測(cè)序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以形成對(duì)該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化，針對(duì)關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。湖北外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法