江蘇DIA定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法

蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)：飛行時(shí)間質(zhì)譜：MALDI的基本原理是將分析物分散在基質(zhì)分子（尼古丁酸及其同系物）中并形成晶體，當(dāng)用激光（337nm的氮激光）照射晶體時(shí)，基質(zhì)分子吸收激光能量，樣品解吸附，基質(zhì)-樣品之間發(fā)生電荷轉(zhuǎn)移使樣品分子電離。它從固相標(biāo)本中產(chǎn)生離子，并在飛行管中測(cè)定其分子量，MALDI-TOF-MS一般用于肽質(zhì)量指紋圖譜，非?？焖伲看畏治鲋恍?~5min），靈敏（達(dá)到fmol水平），可以精確測(cè)量肽段質(zhì)量，但是如果在分析前不修飾肽段，MALDI-TOF-MS不能給出肽片段的序列。定量蛋白質(zhì)組學(xué)通過(guò)對(duì)蛋白質(zhì)的定量分析，以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達(dá)情況。江蘇DIA定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法

蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)：等電聚焦：等電聚焦（isoelectricfocusing，IEF）是一種利用有pH梯度的介質(zhì)分離等電點(diǎn)不同的蛋白質(zhì)的電泳技術(shù)。等電聚焦凝膠電泳依據(jù)蛋白質(zhì)分子的靜電荷或等電點(diǎn)進(jìn)行分離，等電聚焦中，蛋白質(zhì)分子在含有載體兩性電解質(zhì)形成的一個(gè)連續(xù)而穩(wěn)定的線性pH梯度中電泳。載體兩性電解質(zhì)是脂肪族多氨基多羧酸，在電場(chǎng)中形成正極為酸性，負(fù)極為堿性的連續(xù)的pH梯度。蛋白質(zhì)分子在偏離其等電點(diǎn)的pH條件下帶有電荷，因此可以在電場(chǎng)中移動(dòng)；當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)遷移至其等電點(diǎn)位置時(shí)，其靜電荷數(shù)為零，在電場(chǎng)中不再移動(dòng)，據(jù)此將蛋白質(zhì)分離。蛋白質(zhì)組學(xué)費(fèi)用蛋白質(zhì)組學(xué)研究的首要任務(wù)是建立獲取和分析蛋白質(zhì)的常規(guī)、可靠、有效的技術(shù)。

PRM靶向蛋白組學(xué)：PRM技術(shù)是一種根據(jù)已知實(shí)測(cè)信息或質(zhì)譜檢測(cè)規(guī)律的假定信息對(duì)樣品中的蛋白質(zhì)進(jìn)行靶向定量的技術(shù)。該技術(shù)主要應(yīng)用儀器為QExactive系列質(zhì)譜儀，首先以四極桿作為質(zhì)量過(guò)濾器，特異性地選擇與預(yù)先設(shè)定質(zhì)荷比相同的肽段離子（母離子）通過(guò)，隨后在高能碰撞池中碎裂母離子，之后通過(guò)Orbitrap分析碎片離子（子離子）得到肽段的二級(jí)質(zhì)譜信息。四極桿的高選擇性離子過(guò)濾與Orbitrap高分辨率測(cè)量技術(shù)的結(jié)合使得PRM技術(shù)有很高的特異性，并且有效的降低了背景噪音，去除了干擾離子，提高了靈敏度。在確保數(shù)據(jù)質(zhì)量的前提下，為了在一次分析中檢測(cè)更多的蛋白質(zhì)，可用預(yù)置PRM（ScheduledPRM,sPRM）的方法，這種方法需要知道每個(gè)肽段的保留時(shí)間信息，使得每個(gè)肽段只在其洗脫時(shí)間窗口內(nèi)執(zhí)行PRM檢測(cè)，很大程度上提高了檢測(cè)效率，可同時(shí)檢測(cè)上百種蛋白質(zhì)。PRM技術(shù)是目前應(yīng)用較普遍的質(zhì)譜蛋白質(zhì)靶向定量技術(shù)。

蛋白質(zhì)組學(xué)有什么用，能給我實(shí)驗(yàn)帶來(lái)什么？可以大規(guī)模鑒定特定組織、細(xì)胞等各種樣本的蛋白質(zhì)種類、修飾狀態(tài)以及蛋白質(zhì)之間的相互作用，以及對(duì)這些蛋白質(zhì)功能分析、分類；可以對(duì)不同條件下某一特定樣本進(jìn)行大規(guī)模的蛋白質(zhì)(包括翻譯后修飾蛋白)表達(dá)量變化分析，篩選潛在biomarker，篩選重要信號(hào)通路；依托大樣本量，可以實(shí)現(xiàn)疾病的分子分型分析、重要潛在靶標(biāo)鑒定。質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)和芯片哪個(gè)更好出結(jié)果？若有對(duì)應(yīng)物種的全基因組并有預(yù)測(cè)的全蛋白序列庫(kù)，可優(yōu)先選擇全蛋白序列庫(kù)；若無(wú)全蛋白序列庫(kù)，有對(duì)應(yīng)物種對(duì)應(yīng)組織的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果并，可以使用轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序結(jié)果（mRNA三框翻譯或者預(yù)測(cè)CDS，并翻譯成氨基酸序列）；若基因組、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)都沒(méi)有，優(yōu)先選擇同源性比較接近的物種的全蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)，若近源物種沒(méi)有合適的全蛋白庫(kù)，則選擇更大的蛋白全庫(kù)（如動(dòng)物全庫(kù)、綠色植物全庫(kù)、微生物庫(kù)等）。蛋白質(zhì)組學(xué)將成為尋找疾病分子標(biāo)記和藥物靶標(biāo)比較有效的方法之一。

定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)：定量蛋白質(zhì)組學(xué)是蛋白質(zhì)組研究的重要內(nèi)容，通過(guò)對(duì)基因表達(dá)產(chǎn)物——蛋白質(zhì)的定量分析，以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達(dá)情況。近年來(lái)，隨著非凝膠技術(shù)的發(fā)展，蛋白質(zhì)組學(xué)（“Shotgun”proteomics）技術(shù)，特別是多維蛋白質(zhì)鑒定（MultidimensionalProteinIdentification，MudPIT）已成為研究復(fù)雜生物樣本中大規(guī)模蛋白質(zhì)表達(dá)和定性和定量分析的強(qiáng)有力工具。蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)學(xué)的研究應(yīng)用：蛋白質(zhì)組學(xué)是研究細(xì)胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學(xué)。定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)主要分為標(biāo)記（label）和非標(biāo)記（label free）定量策略。廣東PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)

蛋白質(zhì)組研究有助于了解蛋白的結(jié)構(gòu)、細(xì)胞的功能、生命的本質(zhì)及活動(dòng)規(guī)律。江蘇DIA定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法

定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析（QuantitativeProteomics）是對(duì)一個(gè)基因組表達(dá)的全部蛋白質(zhì)或一個(gè)復(fù)雜混合體系內(nèi)所有蛋白質(zhì)進(jìn)行精確鑒定和定量?？捎糜诤Y選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達(dá)蛋白，結(jié)合生物信息學(xué)揭示細(xì)胞生理病理等功能，同時(shí)也可對(duì)某些關(guān)鍵蛋白進(jìn)行定性和定量分析。目前定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)常見(jiàn)標(biāo)記（Label）和非標(biāo)記的（LabelFree）定量策略。定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)常見(jiàn)的幾類主要包括：LabelFree定量蛋白組分析、SILAC與免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白組學(xué)分析、SILAC/Dimethyl標(biāo)記定量蛋白組分析、SWATH定量蛋白組學(xué)、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白組學(xué)分析。江蘇DIA定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法