定量蛋白質組學的方法學背景和意義:從生命活動的直接執(zhí)行者——蛋白質的角度研究生命現(xiàn)象和規(guī)律(特別是疾病防治和病理研究)已成為研究生命科學的主要手段。而這些研究往往離不開對細胞、組織中含有蛋白質種類和表達量的研究。對處不同時期、不同條件下蛋白質表達水平變化的研究,識別功能模塊和路徑,監(jiān)控疾病的生物標志物,這些研究都需要對蛋白質進行鑒定和定量。生物質譜技術的出現(xiàn)和不斷成熟為蛋白質差異表達分析提供了更可靠、動態(tài)范圍更廣的研究手段?;谫|譜技術,科學家們不斷開發(fā)出新的定量蛋白質組學方法,來了解細胞、組織或生物體的整體蛋白質動力學。蛋白質組研究技術涉及到各種重要的生物學現(xiàn)象,如信號轉導、細胞分化、蛋白質折疊等。南京定量N糖基化蛋白質組學領域
蛋白質組學有什么用,能給我實驗帶來什么?可以大規(guī)模鑒定特定組織、細胞等各種樣本的蛋白質種類、修飾狀態(tài)以及蛋白質之間的相互作用,以及對這些蛋白質功能分析、分類;可以對不同條件下某一特定樣本進行大規(guī)模的蛋白質(包括翻譯后修飾蛋白)表達量變化分析,篩選潛在biomarker,篩選重要信號通路;依托大樣本量,可以實現(xiàn)疾病的分子分型分析、重要潛在靶標鑒定。質譜的蛋白質組學和芯片哪個更好出結果?若有對應物種的全基因組并有預測的全蛋白序列庫,可優(yōu)先選擇全蛋白序列庫;若無全蛋白序列庫,有對應物種對應組織的轉錄組測序結果并,可以使用轉錄組的測序結果(mRNA三框翻譯或者預測CDS,并翻譯成氨基酸序列);若基因組、轉錄組數(shù)據(jù)庫都沒有,優(yōu)先選擇同源性比較接近的物種的全蛋白數(shù)據(jù)庫,若近源物種沒有合適的全蛋白庫,則選擇更大的蛋白全庫(如動物全庫、綠色植物全庫、微生物庫等)。貴州蛋白質組學服務蛋白質組學技術的本質(從分析化學角度來看),就是對蛋白質的定性定量分析。
蛋白組學常見研究模式主要有兩種:1.通過蛋白質組學尋找疾病發(fā)生的發(fā)展的新型標志物;2.結合其它組學建立疾病或者研究主題的表達譜和分子機制。蛋白質組學( proteomics) 是指系統(tǒng)研究某一基因組所表達的所有蛋白質,包括組成蛋白質一級結構的氨基酸序列,蛋白質的豐度,蛋白質的修飾以及蛋白質之間的相互作用。蛋白質組和基因組( genome)在概念上有相關性,表示某一個蛋白質組的蛋白質是由基因組所編碼的,然而蛋白質組學和基因組學在研究對象和研究方法上有很大的區(qū)別。
蛋白質組學常用技術:非靶向蛋白組學:蛋白質定性(膠條鑒定和溶液鑒定),高通量定量蛋白組(Labelfree、iTRAQ/TMT和DIA定量),多肽組學。蛋白質組研究技術在研究對象上,覆蓋了原核微生物、真核微生物、植物和動物等范圍。蛋白質組學主要以全蛋白組(組織、細胞)、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對象,通過對蛋白組進行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析,揭示生物學功能、作用機制、疾病診斷的標志物以及預測蛋白的上、下游變化關系。蛋白質組學可以克服核酸水平預測的不確定性、反映核酸翻譯后修飾情況。蛋白質組可以隨著組織、甚至環(huán)境狀態(tài)的不同而改變。
PRM靶向蛋白質組學:產品分類:a.相對定量(目的同WB)。b.一定定量(目的同Elisa)。技術優(yōu)勢:(1)無需抗體,可直接對樣本中目標蛋白質進行定量分析。(2)高特異性、準確度和靈敏度,靶向檢測目標蛋白對應的多個unique肽段。(3)通量高,可以同時實現(xiàn)幾十個蛋白的定量檢測。樣本要求:動物及臨床組織標本100mg/sample,血清、血漿200μL/sample,細胞、微生物1×107cells/sample。應用方向:驗證修飾和非修飾定量蛋白組學結果;目標蛋白相對定量和一定定量分析。蛋白質組學屬于后基因組時代的科學研究,針對基因表達產物進行檢測與定量。蛋白質組學在生物學領域的研究中的應用是怎樣的?南京定量N糖基化蛋白質組學領域
蛋白質組學研究策略有什么?南京定量N糖基化蛋白質組學領域
蛋白質組學:蛋白質組一詞,源于蛋白質與基因組兩個詞的組合,意指“一種基因組所表達的全套蛋白質”,即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。蛋白質組學本質上指的是在大規(guī)模水平上研究蛋白質的特征,包括蛋白質的表達水平,翻譯后的修飾,蛋白與蛋白相互作用等,由此獲得蛋白質水平上的關于疾病發(fā)生,細胞代謝等過程的整體而全方面的認識。蛋白質組的研究不只能為生命活動規(guī)律提供物質基礎,也能為眾多種疾病機理的闡明及攻克提供理論根據(jù)和解決途徑。通過對正常個體及病理個體間的蛋白質組比較分析,我們可以找到某些“疾病特異性的蛋白質分子”,它們可成為新藥物設計的分子靶點,或者也會為疾病的早期診斷提供分子標志。確實,那些世界范圍內銷路*的藥物本身是蛋白質或其作用靶點為某種蛋白質分子。因此,蛋白質組學研究不只是探索生命奧秘的必須工作,也能為人類健康事業(yè)帶來巨大的利益。南京定量N糖基化蛋白質組學領域