江蘇外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用

蛋白質(zhì)組學(xué)有什么用，能給我實(shí)驗(yàn)帶來(lái)什么？可以大規(guī)模鑒定特定組織、細(xì)胞等各種樣本的蛋白質(zhì)種類、修飾狀態(tài)以及蛋白質(zhì)之間的相互作用，以及對(duì)這些蛋白質(zhì)功能分析、分類；可以對(duì)不同條件下某一特定樣本進(jìn)行大規(guī)模的蛋白質(zhì)(包括翻譯后修飾蛋白)表達(dá)量變化分析，篩選潛在biomarker，篩選重要信號(hào)通路；依托大樣本量，可以實(shí)現(xiàn)疾病的分子分型分析、重要潛在靶標(biāo)鑒定。質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)和芯片哪個(gè)更好出結(jié)果？若有對(duì)應(yīng)物種的全基因組并有預(yù)測(cè)的全蛋白序列庫(kù)，可優(yōu)先選擇全蛋白序列庫(kù)；若無(wú)全蛋白序列庫(kù)，有對(duì)應(yīng)物種對(duì)應(yīng)組織的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果并，可以使用轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序結(jié)果（mRNA三框翻譯或者預(yù)測(cè)CDS，并翻譯成氨基酸序列）；若基因組、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)都沒(méi)有，優(yōu)先選擇同源性比較接近的物種的全蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)，若近源物種沒(méi)有合適的全蛋白庫(kù)，則選擇更大的蛋白全庫(kù)（如動(dòng)物全庫(kù)、綠色植物全庫(kù)、微生物庫(kù)等）。蛋白質(zhì)組學(xué)為農(nóng)業(yè)作物的進(jìn)一步開(kāi)發(fā)利用提供巨大的參考價(jià)值。江蘇外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用

蛋白質(zhì)組學(xué)介紹：蛋白質(zhì)組學(xué)，指對(duì)某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究，以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。研究的內(nèi)容主要包括：組成蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)氨基酸的序列特征、蛋白質(zhì)的豐度、蛋白質(zhì)活性、蛋白質(zhì)的修飾、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)之間的相互作用以及對(duì)蛋白質(zhì)的高階復(fù)合物結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)組主要通過(guò)蛋白質(zhì)雙向電泳、氨基酸序列測(cè)定、質(zhì)譜、生物信息等方法，研究某個(gè)基因組對(duì)應(yīng)的所有蛋白質(zhì)特征，包括蛋白質(zhì)含量、亞細(xì)胞定位、活性以及蛋白修飾等內(nèi)容。江蘇TMT／iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)多少錢蛋白質(zhì)組意指“一種基因組所表達(dá)的全套蛋白質(zhì)”，即包括一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。

蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)：飛行時(shí)間質(zhì)譜：MALDI的基本原理是將分析物分散在基質(zhì)分子（尼古丁酸及其同系物）中并形成晶體，當(dāng)用激光（337nm的氮激光）照射晶體時(shí)，基質(zhì)分子吸收激光能量，樣品解吸附，基質(zhì)-樣品之間發(fā)生電荷轉(zhuǎn)移使樣品分子電離。它從固相標(biāo)本中產(chǎn)生離子，并在飛行管中測(cè)定其分子量，MALDI-TOF-MS一般用于肽質(zhì)量指紋圖譜，非?？焖伲看畏治鲋恍?~5min），靈敏（達(dá)到fmol水平），可以精確測(cè)量肽段質(zhì)量，但是如果在分析前不修飾肽段，MALDI-TOF-MS不能給出肽片段的序列。

蛋白質(zhì)組學(xué)的重要應(yīng)用領(lǐng)域有：在臨床疾病中的應(yīng)用、在微生物蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用、在植物研究中的應(yīng)用、在腎臟病學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用。我們通過(guò)研究蛋白質(zhì)組，可以為患者提供有用的疾病診斷、預(yù)后評(píng)估信息；可以早期更為準(zhǔn)確的診斷出胰腺病；也可以為AD的診斷、治理藥物的設(shè)計(jì)和篩選奠定基礎(chǔ)。這項(xiàng)研究技術(shù)其實(shí)離我們生活非常近，對(duì)我們生命而言尤為重要。近年來(lái)，高通量蛋白質(zhì)分離與鑒定技術(shù)，如雙向電泳、生物質(zhì)譜、蛋白質(zhì)芯片、酵母雙雜交系統(tǒng)、生物信息學(xué)等相繼建立并日趨完善，加速了蛋白質(zhì)組學(xué)的發(fā)展。Label Free 非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)處理步驟簡(jiǎn)單，成本低。

常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)：Labelfree多肽組學(xué)：顧名思義，就是不使用任何標(biāo)記方法，直接對(duì)肽段進(jìn)行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實(shí)驗(yàn)流程簡(jiǎn)單，只需要對(duì)蛋白進(jìn)行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機(jī)。定量方式分為兩種：峰面積（Peakintensity）和峰計(jì)數(shù)（Spectralcount），常用的是峰面積。不過(guò)，由于質(zhì)譜采集時(shí)只選取topN的母離子進(jìn)行二級(jí)碎裂和MS2檢測(cè)，所以會(huì)丟失一些豐度較低的肽段信息，缺失值比較多。TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)：TMT全稱是TandemMassTag，是經(jīng)典化學(xué)標(biāo)記試劑，普遍用于差異表達(dá)蛋白質(zhì)組分析研究中。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標(biāo)簽，與肽段的氨基發(fā)生共價(jià)結(jié)合反應(yīng)，可實(shí)現(xiàn)同時(shí)對(duì)6個(gè)/10個(gè)/16個(gè)不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。（目前16標(biāo)鹿明生物可提供技術(shù)服務(wù)）。蛋白質(zhì)組的概念指由一個(gè)基因組，或一個(gè)細(xì)胞、組織表達(dá)的所有蛋白質(zhì)。哈爾濱4D定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法

DIA 定量蛋白質(zhì)組學(xué)是高通量，能同時(shí)監(jiān)測(cè)所有目標(biāo)蛋白。江蘇外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用

蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)：電噴霧質(zhì)譜：ESI-MS是利用高電場(chǎng)使質(zhì)譜進(jìn)樣端的毛細(xì)管柱流出的液滴帶電，在N2氣流的作用下，液滴溶劑蒸發(fā)，表面積縮小，表面電荷密度不斷增加，直至產(chǎn)生的庫(kù)侖力與液滴表面張力達(dá)到雷利極限，液滴爆裂為帶電的子液滴，這一過(guò)程不斷重復(fù)使液滴非常細(xì)小呈噴霧狀，這時(shí)液滴表面的電場(chǎng)非常強(qiáng)大，使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進(jìn)入質(zhì)量分析器。ESI-MS從液相中產(chǎn)生離子，一般說(shuō)來(lái)，肽段的混合物經(jīng)過(guò)液相色譜分離后，經(jīng)過(guò)偶聯(lián)的與在線連接的離子阱質(zhì)譜分析，給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時(shí)間一般較長(zhǎng)。目前，許多實(shí)驗(yàn)室兩種質(zhì)譜方法連用，獲得有意義的蛋白質(zhì)的肽段序列，設(shè)計(jì)探針或引物來(lái)獲得有意義的基因。隨著蛋白質(zhì)組研究的深入，又有多種新型質(zhì)譜儀出現(xiàn)，主要是在上述質(zhì)譜儀的基礎(chǔ)上進(jìn)行改進(jìn)與重新組合。江蘇外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用