江蘇常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容

定量蛋白質(zhì)組學(xué)的方法學(xué)背景和意義：從生命活動(dòng)的直接執(zhí)行者——蛋白質(zhì)的角度研究生命現(xiàn)象和規(guī)律（特別是疾病防治和病理研究）已成為研究生命科學(xué)的主要手段。而這些研究往往離不開對(duì)細(xì)胞、組織中含有蛋白質(zhì)種類和表達(dá)量的研究。對(duì)處不同時(shí)期、不同條件下蛋白質(zhì)表達(dá)水平變化的研究，識(shí)別功能模塊和路徑，監(jiān)控疾病的生物標(biāo)志物，這些研究都需要對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定和定量。生物質(zhì)譜技術(shù)的出現(xiàn)和不斷成熟為蛋白質(zhì)差異表達(dá)分析提供了更可靠、動(dòng)態(tài)范圍更廣的研究手段?；谫|(zhì)譜技術(shù)，科學(xué)家們不斷開發(fā)出新的定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法，來了解細(xì)胞、組織或生物體的整體蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)。蛋白質(zhì)組意指“一種基因組所表達(dá)的全套蛋白質(zhì)”，即包括一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。江蘇常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容

定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法學(xué)介紹：iTRAQ：iTRAQ定量是目前定量蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用比較普遍的技術(shù)，該技術(shù)的關(guān)鍵原理是多肽標(biāo)記和定量，將多肽的含量轉(zhuǎn)化為114、115、116和117同位素的含量(或113、114、115、116、117、118、119和121的8標(biāo)記)，從而簡化了定量的復(fù)雜性，然后通過多肽定量值回歸到蛋白的定量值，從而測定出不同樣本之間蛋白質(zhì)的差異。iTRAQ定量不依賴樣本，可檢測出較低豐度蛋白，胞漿蛋白、膜蛋白、胞外蛋白等，且定量準(zhǔn)確，可同時(shí)對(duì)8個(gè)樣本進(jìn)行分析，并可同時(shí)得出鑒定和定量的結(jié)果，特別適用于采用多種處理方式或來自多個(gè)處理時(shí)間的樣本的差異蛋白分析。江蘇常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)有等電聚焦。

常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)：Labelfree多肽組學(xué)：顧名思義，就是不使用任何標(biāo)記方法，直接對(duì)肽段進(jìn)行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實(shí)驗(yàn)流程簡單，只需要對(duì)蛋白進(jìn)行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機(jī)。定量方式分為兩種：峰面積（Peakintensity）和峰計(jì)數(shù)（Spectralcount），常用的是峰面積。不過，由于質(zhì)譜采集時(shí)只選取topN的母離子進(jìn)行二級(jí)碎裂和MS2檢測，所以會(huì)丟失一些豐度較低的肽段信息，缺失值比較多。TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)：TMT全稱是TandemMassTag，是經(jīng)典化學(xué)標(biāo)記試劑，普遍用于差異表達(dá)蛋白質(zhì)組分析研究中。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標(biāo)簽，與肽段的氨基發(fā)生共價(jià)結(jié)合反應(yīng)，可實(shí)現(xiàn)同時(shí)對(duì)6個(gè)/10個(gè)/16個(gè)不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。（目前16標(biāo)鹿明生物可提供技術(shù)服務(wù)）。

定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)：TMT定量蛋白組學(xué)技術(shù)：TMT(TandemMassTags)定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)多肽體外標(biāo)記定量技術(shù)。這種技術(shù)采用多個(gè)（2-10）穩(wěn)定同位素標(biāo)簽，特異性標(biāo)記多肽的氨基基團(tuán)進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜分析，能夠同時(shí)比較多達(dá)10種不同樣本中蛋白質(zhì)的相對(duì)含量，可用于研究不同病理?xiàng)l件下或者不同發(fā)育階段的組織樣品中蛋白質(zhì)表達(dá)水平的差異。iTRAQ定量蛋白組學(xué)技術(shù)是多肽體外標(biāo)記定量技術(shù)。這種技術(shù)同TMT定量蛋白組學(xué)技術(shù)相似，可研究不同病理?xiàng)l件下或者不同發(fā)育階段的組織樣品中蛋白質(zhì)表達(dá)水平的差異。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的本質(zhì)（從分析化學(xué)角度來看），就是對(duì)蛋白質(zhì)的定性定量分析。

蛋白組學(xué)樣本寄送前是否需要精確計(jì)數(shù)或是稱量？不同樣本寄送會(huì)有不同的送樣要求，按照收集方法提供可以保證實(shí)驗(yàn)用量充足。不需要精確計(jì)數(shù)或是稱量，項(xiàng)目開展前會(huì)進(jìn)行蛋白濃度的測定，后續(xù)也是不同樣本等蛋白量處理、上機(jī)檢測，但是要保證每個(gè)樣本的寄樣量達(dá)到實(shí)驗(yàn)要求。常規(guī)定量蛋白組實(shí)驗(yàn)的主要步驟有哪些，數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包含哪些？實(shí)驗(yàn)步驟：首先獲得生物學(xué)樣本，然后進(jìn)行蛋白提取，定量，SDS-PAGE跑膠質(zhì)控，還原烷基化，酶解，獲得肽段，（標(biāo)記+分組分），上機(jī)檢測，搜庫軟件搜庫，數(shù)據(jù)分析；數(shù)據(jù)分析：主要分為基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分析、?級(jí)數(shù)據(jù)分析和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析三個(gè)部分?；A(chǔ)分析主要包括差異表達(dá)蛋白篩選、層次聚類分析分析、COG注釋分析、亞細(xì)胞定位分析、GO注釋富集分析、KEGG注釋分析、PPI分析等。蛋白質(zhì)組的概念指由一個(gè)基因組，或一個(gè)細(xì)胞、組織表達(dá)的所有蛋白質(zhì)。深圳Label free非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜鑒定

蛋白質(zhì)組的概念與基因組的概念有許多差別。江蘇常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容

定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析（QuantitativeProteomics）是對(duì)一個(gè)基因組表達(dá)的全部蛋白質(zhì)或一個(gè)復(fù)雜混合體系內(nèi)所有蛋白質(zhì)進(jìn)行精確鑒定和定量?？捎糜诤Y選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達(dá)蛋白，結(jié)合生物信息學(xué)揭示細(xì)胞生理病理等功能，同時(shí)也可對(duì)某些關(guān)鍵蛋白進(jìn)行定性和定量分析。目前定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)常見標(biāo)記（Label）和非標(biāo)記的（LabelFree）定量策略。定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)常見的幾類主要包括：LabelFree定量蛋白組分析、SILAC與免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白組學(xué)分析、SILAC/Dimethyl標(biāo)記定量蛋白組分析、SWATH定量蛋白組學(xué)、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白組學(xué)分析。江蘇常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容

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