貴陽PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-03-16

LabelFree(非標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)):在非標(biāo)記策略的定量模型中,主要涉及兩種不同的算法:其一,以肽段的色譜峰積分面積為基礎(chǔ),通過比較一對生物樣品中相對應(yīng)到蛋白質(zhì)酶解多肽的色譜積分面積而得到兩者的相對豐度;其二,以肽段被質(zhì)譜檢測的計(jì)數(shù)為基礎(chǔ),通過歸一化來表征被檢測蛋白質(zhì)的相對豐度。非標(biāo)記技術(shù)認(rèn)為肽段在質(zhì)譜中被捕獲檢測的頻率(Counts)與其在混合物中的豐度成正相關(guān),因此蛋白質(zhì)被質(zhì)譜檢測的計(jì)數(shù)反映了蛋白質(zhì)的豐度,通過適當(dāng)?shù)臄?shù)學(xué)公式可以將質(zhì)譜檢測計(jì)數(shù)與蛋白質(zhì)的量聯(lián)系起來,從而對蛋白質(zhì)進(jìn)行定量。蛋白質(zhì)組學(xué)研究的首要任務(wù)是建立獲取和分析蛋白質(zhì)的常規(guī)、可靠、有效的技術(shù)。貴陽PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究

蛋白質(zhì)組學(xué),指對某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究,以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動的分子網(wǎng)絡(luò)。研究的內(nèi)容主要包括:組成蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)氨基酸的序列特征、蛋白質(zhì)的豐度、蛋白質(zhì)活性、蛋白質(zhì)的修飾、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)之間的相互作用以及對蛋白質(zhì)的高階復(fù)合物結(jié)構(gòu)。質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展為這些研究提供了有力的技術(shù)支撐,使得許多有實(shí)際應(yīng)用的蛋白質(zhì)組功能研究成為可能,包括翻譯后修飾的整體分析,蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的重建和模式生物蛋白表達(dá)譜的定量研究;在臨床醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究中也越來越多地應(yīng)用到蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)。廣州蛋白質(zhì)組學(xué)價(jià)錢iTRAQ定量是目前定量蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用比較普遍的技術(shù)。

蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)療和健康方面有什么應(yīng)用?基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)是目前比較主流的高通量蛋白質(zhì)研究手段,當(dāng)前在醫(yī)療健康方面的應(yīng)用主要集中于基礎(chǔ)研究和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)。隨著質(zhì)譜、系統(tǒng)生物學(xué)、生物信息學(xué)等相關(guān)學(xué)科的發(fā)展,我認(rèn)為今后我們會更多地在現(xiàn)實(shí)生活中見到蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)的應(yīng)用。如定量胰島素、鑒定血紅蛋白氨基酸突變(鐮刀形紅細(xì)胞癥)、糖化血紅蛋白比例測定等。從測試體量估計(jì),應(yīng)該遠(yuǎn)小于1%的ELISA測試量。由于成本和通量等原因,蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)并不如ELISA適合大量的日常分析。但對于一些分析有問題的項(xiàng)目,采用基于質(zhì)譜(或二維膠等手段)的蛋白質(zhì)組學(xué)有獨(dú)特的技術(shù)優(yōu)勢。另外,蛋白質(zhì)組學(xué)方法開發(fā)和驗(yàn)證周期短,在中高級特殊應(yīng)用(如極少使用的特殊蛋白指標(biāo)臨床檢測、未知疾病研究和控制)中也有其獨(dú)特優(yōu)勢。

蛋白質(zhì)組學(xué):質(zhì)譜分析蛋白質(zhì)組學(xué)的基本原理主要是通過測定被測樣品離子的理化性質(zhì)來進(jìn)行分析,根據(jù)樣品的質(zhì)量譜圖和相關(guān)信息從而得到定性和定量結(jié)果。目前,蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析一般是根據(jù)保留時(shí)間(retentiontime)、質(zhì)荷比(m/z)、離子強(qiáng)度(intensity)這三個(gè)維度對肽蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定和定量,即3D蛋白質(zhì)組學(xué)。4D蛋白質(zhì)組學(xué)在3D蛋白質(zhì)組學(xué)的基礎(chǔ)之上增加了第四維度,離子淌度(mobility),主要根據(jù)離子的形狀和截面對離子進(jìn)行分離,能夠區(qū)分m/z差值非常小的肽段,使低豐度蛋白信號能夠被區(qū)分和識別出來。4D蛋白質(zhì)組學(xué)基于timsTOFPro質(zhì)譜儀,結(jié)合PASEF(ParallelAccumulationSerialFragmentation,同步累積連續(xù)碎裂)與TIMS(TrappedIonMobilitySpectrometry,離子遷移譜),可重復(fù)測量所有檢測離子的碰撞截面(CCS),能更快、更靈敏的進(jìn)行蛋白質(zhì)組定性和定量。在對早老性癡呆等人類重大疾病的臨床診斷和治理方面蛋白質(zhì)組技術(shù)也有十分誘人的前景。

蛋白質(zhì)組學(xué)主要以全蛋白組(組織、細(xì)胞)、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對象,通過對蛋白組進(jìn)行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析,揭示生物學(xué)功能、作用機(jī)制、疾病診斷的標(biāo)志物以及預(yù)測蛋白的上、下游變化關(guān)系。蛋白質(zhì)組學(xué)可以克服核酸水平預(yù)測的不確定性、反映核酸翻譯后修飾情況。常用技術(shù):非靶向蛋白組學(xué):蛋白質(zhì)定性(膠條鑒定和溶液鑒定),高通量定量蛋白組(Labelfree、iTRAQ/TMT和DIA定量),多肽組學(xué)。目前國際上許多大型藥物公司正投入大量的人力和物力進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)方面的應(yīng)用性研究。武漢Label free多肽組學(xué)質(zhì)譜分析

蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)有飛行時(shí)間質(zhì)譜。貴陽PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究

定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù):定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)主要分為標(biāo)記(label)和非標(biāo)記(labelfree)定量策略,標(biāo)記策略又分為體內(nèi)標(biāo)記和體外標(biāo)記兩種。細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)組豐度的動態(tài)變化對各種生命過程有重要影響。例如在許多疾病的發(fā)生和發(fā)展進(jìn)程中,常常伴隨著某些蛋白質(zhì)的表達(dá)異常。定量蛋白質(zhì)組學(xué)就是把一個(gè)基因組表達(dá)的全部蛋白質(zhì)或一個(gè)復(fù)雜的混合體系中所有的蛋白質(zhì)進(jìn)行精確的定量和鑒定。非標(biāo)記(labelfree)的定量蛋白組學(xué)技術(shù),Labelfree定量蛋白組學(xué)技術(shù)是通過液質(zhì)聯(lián)用技術(shù)對蛋白質(zhì)酶解肽段進(jìn)行質(zhì)譜分析,無需使用昂貴的穩(wěn)定同位素標(biāo)簽做內(nèi)部標(biāo)準(zhǔn),只需分析大規(guī)模鑒定蛋白質(zhì)時(shí)所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù),比較不同樣品中相應(yīng)肽段的信號強(qiáng)度,從而對肽段對應(yīng)的蛋白質(zhì)進(jìn)行相對定量。貴陽PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究

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